seq1 = pF1KE4334.tfa, 1032 bp
seq2 = pF1KE4334/gi568815593f_53380792.tfa (gi568815593f:53380792_53586030), 205239 bp

>pF1KE4334 1032
>gi568815593f:53380792_53586030 (Chr5)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-277  (102089-102280)   100% ->
278-496  (102713-102931)   100% ->
497-721  (103278-103502)   100% ->
722-952  (104206-104436)   100% ->
953-1032  (105160-105239)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCCGCGCGAGGCACCAGCCGGGTGGGCTTTGCCTCCTGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCCGCGCGAGGCACCAGCCGGGTGGGCTTTGCCTCCTGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCTGCCAGTTCATGGAGGACCGCAGTGCCCAGG         CTGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 GCTCTGCCAGTTCATGGAGGACCGCAGTGCCCAGGGTA...CAGCTGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTGCTGGCTCCGTCAAGCGAAGAACGGCCGCTGCCAGGTCCTGTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102095 ACTGCTGGCTCCGTCAAGCGAAGAACGGCCGCTGCCAGGTCCTGTACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCGAACTGAGCAAGGAGGAGTGCTGCAGCACCGGCCGGCTGAGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102145 ACCGAACTGAGCAAGGAGGAGTGCTGCAGCACCGGCCGGCTGAGCACCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTGGACCGAGGAGGACGTGAATGACAACACACTCTTCAAGTGGATGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102195 GTGGACCGAGGAGGACGTGAATGACAACACACTCTTCAAGTGGATGATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAACGGGGGCGCCCCCAACTGCATCCCCTGTAAAG         AAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102245 TCAACGGGGGCGCCCCCAACTGCATCCCCTGTAAAGGTA...CAGAAACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTGAGAACGTGGACTGTGGACCTGGGAAAAAATGCCGAATGAACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102718 TGTGAGAACGTGGACTGTGGACCTGGGAAAAAATGCCGAATGAACAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAACAAACCCCGCTGCGTCTGCGCCCCGGATTGTTCCAACATCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102768 GAACAAACCCCGCTGCGTCTGCGCCCCGGATTGTTCCAACATCACCTGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGGTCCAGTCTGCGGGCTGGATGGGAAAACCTACCGCAATGAATGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102818 AGGGTCCAGTCTGCGGGCTGGATGGGAAAACCTACCGCAATGAATGTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCCTAAAGGCAAGATGTAAAGAGCAGCCAGAACTGGAAGTCCAGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102868 CTCCTAAAGGCAAGATGTAAAGAGCAGCCAGAACTGGAAGTCCAGTACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGGCAGATGTAAAA         AGACTTGTCGGGATGTTTTCTGTCCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102918 AGGCAGATGTAAAAGTA...CAGAGACTTGTCGGGATGTTTTCTGTCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCAGCTCCACATGTGTGGTGGACCAGACCAATAATGCCTACTGTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103305 GCAGCTCCACATGTGTGGTGGACCAGACCAATAATGCCTACTGTGTGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGTAATCGGATTTGCCCAGAGCCTGCTTCCTCTGAGCAATATCTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103355 TGTAATCGGATTTGCCCAGAGCCTGCTTCCTCTGAGCAATATCTCTGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAATGATGGAGTCACCTACTCCAGTGCCTGCCACCTGAGAAAGGCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103405 GAATGATGGAGTCACCTACTCCAGTGCCTGCCACCTGAGAAAGGCTACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCCTGCTGGGCAGATCTATTGGATTAGCCTATGAGGGAAAGTGTATCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103455 GCCTGCTGGGCAGATCTATTGGATTAGCCTATGAGGGAAAGTGTATCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    722        AAGCAAAGTCCTGTGAAGATATCCAGTGCACTGGTGGGAAAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103505 A...TAGAAGCAAAGTCCTGTGAAGATATCCAGTGCACTGGTGGGAAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATGTTTATGGGATTTCAAGGTTGGGAGAGGCCGGTGTTCCCTCTGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104249 ATGTTTATGGGATTTCAAGGTTGGGAGAGGCCGGTGTTCCCTCTGTGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGCTGTGCCCTGACAGTAAGTCGGATGAGCCTGTCTGTGCCAGTGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104299 AGCTGTGCCCTGACAGTAAGTCGGATGAGCCTGTCTGTGCCAGTGACAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCCACTTATGCCAGCGAGTGTGCCATGAAGGAAGCTGCCTGCTCCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104349 GCCACTTATGCCAGCGAGTGTGCCATGAAGGAAGCTGCCTGCTCCTCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGTGCTACTGGAAGTAAAGCACTCCGGATCTTGCAACT         CCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104399 TGTGCTACTGGAAGTAAAGCACTCCGGATCTTGCAACTGTA...TAGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTTCGGAAGACACCGAGGAAGAGGAGGAAGATGAAGACCAGGACTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105163 TTTCGGAAGACACCGAGGAAGAGGAGGAAGATGAAGACCAGGACTACAGC

   1050     .    :    .    :    .
   1006 TTTCCTATATCTTCTATTCTAGAGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||
 105213 TTTCCTATATCTTCTATTCTAGAGTGG