seq1 = pF1KE4329.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KE4329/gi568815586r_21535545.tfa (gi568815586r:21535545_21754671), 219127 bp

>pF1KE4329 1002
>gi568815586r:21535545_21754671 (Chr12)

(complement)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-247  (107656-107773)   100% ->
248-421  (110564-110737)   99% ->
422-595  (112547-112720)   100% ->
596-713  (116202-116319)   100% ->
714-837  (117478-117601)   100% ->
838-1002  (118963-119127)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACTCTTAAGGAAAAACTCATTGCACCAGTTGCGGAAGAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACTCTTAAGGAAAAACTCATTGCACCAGTTGCGGAAGAAGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACAGTTCCAAACAATAAGATCACTGTAGTGGGTGTTGGACAAGTTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACAGTTCCAAACAATAAGATCACTGTAGTGGGTGTTGGACAAGTTGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCGTGTGCTATCAGCATTCTGGGAAAG         TCTCTGGCTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 TGGCGTGTGCTATCAGCATTCTGGGAAAGGTA...CAGTCTCTGGCTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAACTTGCTCTTGTGGATGTTTTGGAAGATAAGCTTAAAGGAGAAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107668 GAACTTGCTCTTGTGGATGTTTTGGAAGATAAGCTTAAAGGAGAAATGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATCTGCAGCATGGGAGCTTATTTCTTCAGACACCTAAAATTGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107718 GGATCTGCAGCATGGGAGCTTATTTCTTCAGACACCTAAAATTGTGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATAAAG         ATTATTCTGTGACCGCCAATTCTAAGATTGTAGTG
        ||||||>>>...>>>||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 107768 ATAAAGGTA...AAGATTATTCTGTGACTGCCAATTCTAAGATTGTAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTAACTGCAGGAGTCCGTCAGCAAGAAGGGGAGAGTCGGCTCAATCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110599 GTAACTGCAGGAGTCCGTCAGCAAGAAGGGGAGAGTCGGCTCAATCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGAGAAATGTTAATGTCTTCAAATTCATTATTCCTCAGATCGTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110649 GCAGAGAAATGTTAATGTCTTCAAATTCATTATTCCTCAGATCGTCAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAGTCCTGATTGCATCATAATTGTGGTTTCCAACCCAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110699 ACAGTCCTGATTGCATCATAATTGTGGTTTCCAACCCAGGTA...TAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACATTCTTACGTATGTTACCTGGAAACTAAGTGGATTACCCAAACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112549 GACATTCTTACGTATGTTACCTGGAAACTAAGTGGATTACCCAAACACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGTGATTGGAAGTGGATGTAATCTGGATTCTGCTAGATTTCGCTACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112599 CGTGATTGGAAGTGGATGTAATCTGGATTCTGCTAGATTTCGCTACCTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGCTGAAAAACTTGGCATTCATCCCAGCAGCTGCCATGGATGGATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112649 TGGCTGAAAAACTTGGCATTCATCCCAGCAGCTGCCATGGATGGATTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGGGAACATGGCGACTCAAGTG         TGGCTGTGTGGAGTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112699 GGGGAACATGGCGACTCAAGTGGTA...CAGTGGCTGTGTGGAGTGGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAATGTGGCAGGTGTTTCTCTCCAGGAATTGAATCCAGAAATGGGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116221 GAATGTGGCAGGTGTTTCTCTCCAGGAATTGAATCCAGAAATGGGAACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACAATGATAGTGAAAATTGGAAGGAAGTGCATAAGATGGTGGTTGAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116271 ACAATGATAGTGAAAATTGGAAGGAAGTGCATAAGATGGTGGTTGAAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714         TGCCTATGAAGTCATCAAGCTAAAAGGATATACCAACTGGGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116321 TA...AAGTGCCTATGAAGTCATCAAGCTAAAAGGATATACCAACTGGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TATTGGATTAAGTGTGGCTGATCTTATTGAATCCATGTTGAAAAATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117520 TATTGGATTAAGTGTGGCTGATCTTATTGAATCCATGTTGAAAAATCTAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCAGGATTCATCCCGTGTCAACAATGGTAAAG         GGGATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 117570 CCAGGATTCATCCCGTGTCAACAATGGTAAAGGTA...CAGGGGATGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGCATTGAGAATGAAGTCTTCCTGAGCCTTCCATGTATCCTCAATGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118972 GGCATTGAGAATGAAGTCTTCCTGAGCCTTCCATGTATCCTCAATGCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGATTAACCAGCGTTATCAACCAGAAGCTAAAGGATGATGAGGTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119022 GGGATTAACCAGCGTTATCAACCAGAAGCTAAAGGATGATGAGGTTGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCTCAAGAAAAGTGCAGATACCCTGTGGGACATCCAGAAGGACCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119072 AGCTCAAGAAAAGTGCAGATACCCTGTGGGACATCCAGAAGGACCTAAAA

   1050     .
    997 GACCTG
        ||||||
 119122 GACCTG