seq1 = pF1KE4321.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE4321/gi568815590f_143995100.tfa (gi568815590f:143995100_144197333), 202234 bp

>pF1KE4321 975
>gi568815590f:143995100_144197333 (Chr8)

1-129  (100001-100129)   99% ->
130-326  (100734-100930)   99% ->
327-453  (101025-101151)   100% ->
454-611  (101238-101395)   100% ->
612-772  (101485-101645)   100% ->
773-873  (101935-102035)   100% ->
874-975  (102133-102234)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCAGCTGCGGCTTCGCTTCGCGGGGTAGTGTTGGGCCCGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCAGCTGCGGCTTCGCTTCGCGGGGTAGTGTTGGGCCCGCGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGGGCTCCCGGGCGCGCGTGCCCGGGGTCTGCTGTGCAGCGCGCGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100051 CGCGGGGCTCCCGGGCGCGCGTGCCCGGGGTCTGCTGTGCAGCGCGCGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGGCAGCTCCCGCTACGGACACCTCAG         GCAGTGGCCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 CCGGGCAGCTCCCGCTACGGACACCTCAGGTG...CAGGCAGTGGCCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCGTCGAAGTCTGGCCTTTCCCGAGGCCGGAAAGTGATGCTGTCAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100746 TCGTCGAAGTCTGGCCTTTCCCGAGGCCGGAAAGTGATGCTGTCAGCGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGCATGCTGGCGGCAGGGGGTGCGGGGCTGGCCGTGGCTCTGCATTCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100796 GGGCATGCTGGCGGCAGGGGGTGCGGGGCTGGCCATGGCTCTGCATTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGTGAGTGCCAGTGACCTGGAGCTGCACCCCCCCAGCTATCCGTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100846 CTGTGAGTGCCAGTGACCTGGAGCTGCACCCCCCCAGCTATCCGTGGTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACCGTGGCCTCCTCTCTTCCTTGGACCACACCAG         CATCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100896 CACCGTGGCCTCCTCTCTTCCTTGGACCACACCAGGTG...CAGCATCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGGGGTTTCCAGGTATATAAGCAGGTGTGCGCCTCCTGCCACAGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101031 GAGGGGTTTCCAGGTATATAAGCAGGTGTGCGCCTCCTGCCACAGCATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTTCGTGGCCTACCGCCACCTGGTGGGCGTGTGCTACACGGAGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101081 ACTTCGTGGCCTACCGCCACCTGGTGGGCGTGTGCTACACGGAGGATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCTAAGGAGCTGGCTGCGGAG         GTGGAGGTTCAAGACGGCCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101131 GCTAAGGAGCTGGCTGCGGAGGTG...CAGGTGGAGGTTCAAGACGGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAATGAAGATGGGGAGATGTTCATGCGGCCAGGGAAGCTGTTCGACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101258 CAATGAAGATGGGGAGATGTTCATGCGGCCAGGGAAGCTGTTCGACTATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCCAAAACCATACCCCAACAGTGAGGCTGCTCGAGCTGCCAACAACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101308 TCCCAAAACCATACCCCAACAGTGAGGCTGCTCGAGCTGCCAACAACGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCATTGCCCCCTGACCTCAGCTACATCGTGCGAGCTAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101358 GCATTGCCCCCTGACCTCAGCTACATCGTGCGAGCTAGGTA...TAGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGTGGTGAGGACTACGTCTTCTCCCTGCTCACGGGCTACTGCGAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101488 TGGTGGTGAGGACTACGTCTTCTCCCTGCTCACGGGCTACTGCGAGCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCACCGGGGTGTCACTGCGGGAAGGTCTCTACTTCAACCCCTACTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101538 CCACCGGGGTGTCACTGCGGGAAGGTCTCTACTTCAACCCCTACTTTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCCAGGCCATTGCCATGGCCCCTCCCATCTACACAGATGTCTTAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101588 GGCCAGGCCATTGCCATGGCCCCTCCCATCTACACAGATGTCTTAGAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGACGATG         GCACCCCAGCTACCATGTCCCAGATAGCCAAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101638 TGACGATGGTA...CAGGCACCCCAGCTACCATGTCCCAGATAGCCAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGTGTGCACCTTCCTGCGCTGGGCATCTGAGCCAGAGCACGACCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101968 ATGTGTGCACCTTCCTGCGCTGGGCATCTGAGCCAGAGCACGACCATCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAACGCATGGGGCTCAAG         ATGTTGATGATGATGGCTCTGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102018 AAACGCATGGGGCTCAAGGTA...CAGATGTTGATGATGATGGCTCTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGTGCCCCTGGTCTACACCATAAAGCGGCACAAGTGGTCAGTCCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102156 GGTGCCCCTGGTCTACACCATAAAGCGGCACAAGTGGTCAGTCCTGAAGA

   1000     .    :    .    :    .
    947 GTCGGAAGCTGGCATATCGGCCGCCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 102206 GTCGGAAGCTGGCATATCGGCCGCCCAAG