seq1 = pF1KE4314.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KE4314/gi568815588r_4889999.tfa (gi568815588r:4889999_5103835), 213837 bp

>pF1KE4314 969
>gi568815588r:4889999_5103835 (Chr10)

(complement)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-252  (102155-102322)   100% ->
253-369  (103170-103286)   100% ->
370-447  (104559-104636)   100% ->
448-570  (105089-105211)   100% ->
571-680  (107971-108080)   100% ->
681-846  (108352-108517)   100% ->
847-929  (111923-112005)   100% ->
930-969  (113798-113837)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCGAAATACCAGTGTGTGAAGCTGAATGATGGTCACTTCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCGAAATACCAGTGTGTGAAGCTGAATGATGGTCACTTCATGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCCTGGGATTTGGCACCTATGCGCCTGCAGAG         GTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 TGTCCTGGGATTTGGCACCTATGCGCCTGCAGAGGTA...CAGGTTCCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAGTAAAGCTCTAGAGGCCGTCAAATTGGCAATAGAAGCCGGGTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102162 AAAGTAAAGCTCTAGAGGCCGTCAAATTGGCAATAGAAGCCGGGTTCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATATTGATTCTGCACATGTTTACAATAATGAGGAGCAGGTTGGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102212 CATATTGATTCTGCACATGTTTACAATAATGAGGAGCAGGTTGGACTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCGAAGCAAGATTGCAGATGGCAGTGTGAAGAGAGAAGACATATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102262 CATCCGAAGCAAGATTGCAGATGGCAGTGTGAAGAGAGAAGACATATTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACTTCAAAG         CTTTGGAGCAATTCCCATCGACCAGAGTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102312 ACACTTCAAAGGTA...CAGCTTTGGAGCAATTCCCATCGACCAGAGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCCGACCAGCCTTGGAAAGGTCACTGAAAAATCTTCAATTGGACTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103200 GTCCGACCAGCCTTGGAAAGGTCACTGAAAAATCTTCAATTGGACTATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCTCTATCTTATTCATTTTCCAGTGTCTGTAAAG         CCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103250 TGACCTCTATCTTATTCATTTTCCAGTGTCTGTAAAGGTA...CAGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGAGGAAGTGATCCCAAAAGATGAAAATGGAAAAATACTATTTGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104563 GTGAGGAAGTGATCCCAAAAGATGAAAATGGAAAAATACTATTTGACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGATCTCTGTGCCACATGGGAG         GCCATGGAGAAGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104613 GTGGATCTCTGTGCCACATGGGAGGTG...CAGGCCATGGAGAAGTGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGATGCAGGATTGGCCAAGTCCATCGGGGTGTCCAACTTCAACCACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105106 AGATGCAGGATTGGCCAAGTCCATCGGGGTGTCCAACTTCAACCACAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCTGGAGATGATCCTCAACAAGCCAGGGCTCAAGTACAAGCCTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105156 TGCTGGAGATGATCCTCAACAAGCCAGGGCTCAAGTACAAGCCTGTCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACCAG         GTGGAATGTCATCCTTACTTCAACCAGAGAAAACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105206 AACCAGGTG...CAGGTGGAATGTCATCCTTACTTCAACCAGAGAAAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGGATTTCTGCAAGTCAAAAGACATTGTTCTGGTTGCCTATAGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108006 GCTGGATTTCTGCAAGTCAAAAGACATTGTTCTGGTTGCCTATAGTGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGGATCCCATCGAGAAGAACCATG         GGTGGACCCGAACTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108056 TGGGATCCCATCGAGAAGAACCATGGTA...CAGGGTGGACCCGAACTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCGGTGCTCTTGGAGGACCCAGTCCTTTGTGCCTTGGCAAAAAAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108368 CCGGTGCTCTTGGAGGACCCAGTCCTTTGTGCCTTGGCAAAAAAGCACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCGAACCCCAGCCCTGATTGCCCTGCGCTACCAGCTGCAGCGTGGGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108418 GCGAACCCCAGCCCTGATTGCCCTGCGCTACCAGCTGCAGCGTGGGGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTCCTGGCCAAGAGCTACAATGAGCAGCGCATCAGACAGAACGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108468 TGGTCCTGGCCAAGAGCTACAATGAGCAGCGCATCAGACAGAACGTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          GTGTTTGAATTCCAGTTGACTTCAGAGGAGATGAAAGCCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108518 GTG...TAGGTGTTTGAATTCCAGTTGACTTCAGAGGAGATGAAAGCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGATGGCCTAAACAGAAATGTGCGATATTTGACCCTTGATAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111964 AGATGGCCTAAACAGAAATGTGCGATATTTGACCCTTGATATGTA...CA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    930  TTTTGCTGGCCCCCCTAATTATCCATTTTCTGATGAATAT
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113797 GTTTTGCTGGCCCCCCTAATTATCCATTTTCTGATGAATAT