seq1 = pF1KE4309.tfa, 954 bp
seq2 = pF1KE4309/gi568815594r_51923960.tfa (gi568815594r:51923960_52133642), 209683 bp

>pF1KE4309 954
>gi568815594r:51923960_52133642 (Chr4)

(complement)

1-33  (95384-95416)   100% ->
34-243  (100003-100212)   100% ->
244-429  (103780-103965)   100% ->
430-621  (104722-104913)   100% ->
622-753  (105544-105675)   100% ->
754-954  (109483-109683)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGAACAG         CAAAGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  95384 ATGGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGAACAGGTC...TAGCAAAGTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAATGGTCCTGTAAAGAAGTCCATGCGTGAGAAGGCTGTTGAGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 CAATGGTCCTGTAAAGAAGTCCATGCGTGAGAAGGCTGTTGAGAGAAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGTCAATAAAGAGCACAACAGTAACTTTAAAGCTGGATACATTCCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 GTGTCAATAAAGAGCACAACAGTAACTTTAAAGCTGGATACATTCCGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGAAGATCGTCTCCACAAAACAGGGTTGAGAGGAAGAAAGGGCAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100111 GATGAAGATCGTCTCCACAAAACAGGGTTGAGAGGAAGAAAGGGCAATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCATCTGTGTGATTATCCTCTTGTTTATCCTGGCTGTCATCAATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100161 AGCCATCTGTGTGATTATCCTCTTGTTTATCCTGGCTGTCATCAATTTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TA         ATAACACTTGTTATTTGGGCCGTGATTCGCATTGGACCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100211 TAGTG...CAGATAACACTTGTTATTTGGGCCGTGATTCGCATTGGACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGGCTGTGATAGTATGGAGTTTCATGAAAGTGGCCTGCTTCGATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103819 AATGGCTGTGATAGTATGGAGTTTCATGAAAGTGGCCTGCTTCGATTTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAAGTATCTGACATGGGAGTGATCCACCCTCTTTATAAAAGCACAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103869 GCAAGTATCTGACATGGGAGTGATCCACCCTCTTTATAAAAGCACAGTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGGAAGGCGAAATGAAAATTTGGTCATCACTGGCAACAACCAGCCT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103919 GAGGAAGGCGAAATGAAAATTTGGTCATCACTGGCAACAACCAGCCTGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       ATTGTTTTTCAGCAAGGGACAACAAAGCTCAGTGTAGAAAACAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103969 ...AAGATTGTTTTTCAGCAAGGGACAACAAAGCTCAGTGTAGAAAACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAAACTTCTATTACAAGTGACATCGGCATGCAGTTTTTTGACCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104766 CAAAACTTCTATTACAAGTGACATCGGCATGCAGTTTTTTGACCCGAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTCAAAATATCTTATTCAGCACAGACTATGAAACTCATGAGTTTCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104816 CTCAAAATATCTTATTCAGCACAGACTATGAAACTCATGAGTTTCATTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCAAGTGGAGTGAAAAGTTTGAATGTTCAAAAGGCATCTACTGAAAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104866 CCAAGTGGAGTGAAAAGTTTGAATGTTCAAAAGGCATCTACTGAAAGGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    622        ATTACCAGCAATGCTACCAGTGATTTAAATATAAAAGTTGATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104916 A...CAGATTACCAGCAATGCTACCAGTGATTTAAATATAAAAGTTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGCGTGCTATTGTGCGTGGAAATGAAGGTGTATTCATTATGGGCAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105587 GGCGTGCTATTGTGCGTGGAAATGAAGGTGTATTCATTATGGGCAAAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATTGAATTTCACATGGGTGGTAATATGGAGTTAAAGGCG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105637 ATTGAATTTCACATGGGTGGTAATATGGAGTTAAAGGCGGTG...TAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAACAGTATCATCCTAAATGGATCTGTGATGGTCAGCACCACCCGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109485 AAACAGTATCATCCTAAATGGATCTGTGATGGTCAGCACCACCCGCCTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCAGTTCCTCCAGTGGAGACCAGTTGGGTAGTGGTGACTGGGTACGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109535 CCAGTTCCTCCAGTGGAGACCAGTTGGGTAGTGGTGACTGGGTACGCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGCTCTGCATGTGTGCTGATGGGACGCTCTTCAAGGTGCAAGTAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109585 AAGCTCTGCATGTGTGCTGATGGGACGCTCTTCAAGGTGCAAGTAACCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    906 CCAGAACATGGGCTGCCAAATCTCAGACAACCCCTGTGGAAACACTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109635 CCAGAACATGGGCTGCCAAATCTCAGACAACCCCTGTGGAAACACTCAT