seq1 = pF1KE4305.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KE4305/gi568815595f_190288120.tfa (gi568815595f:190288120_190510033), 221914 bp

>pF1KE4305 915
>gi568815595f:190288120_190510033 (Chr3)

1-324  (100001-100324)   100% ->
325-427  (114218-114320)   100% ->
428-592  (116643-116807)   100% ->
593-784  (120195-120386)   100% ->
785-915  (121784-121914)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCTCCAGGACCCCACTGTTGGTTACAGCCTGTTTGTATTATTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCTCCAGGACCCCACTGTTGGTTACAGCCTGTTTGTATTATTCTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCAACTCAAGACACCTGCAGCAGGGCGTGAGAAAAAGTAAAAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCAACTCAAGACACCTGCAGCAGGGCGTGAGAAAAAGTAAAAGACCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATTTTCACATTGCCAGGTACCAGAAACACAGAAGACTGACACCCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TATTTTCACATTGCCAGGTACCAGAAACACAGAAGACTGACACCCGCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTAAGTGGGGCCAGGGCTGGTGTCTGCCCATGTTGCCATCCTGATGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTAAGTGGGGCCAGGGCTGGTGTCTGCCCATGTTGCCATCCTGATGGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTTGCCACAATGAGGGATCTTCTTCAATACATCGCTTGCTTCTTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTTGCCACAATGAGGGATCTTCTTCAATACATCGCTTGCTTCTTTGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTTCTCTGCTGGGTTTTTGATTGTGGCCACCTGGACTGACTGTTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTTCTCTGCTGGGTTTTTGATTGTGGCCACCTGGACTGACTGTTGGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGAATGCTGATGACTCTCTGGAG         GTGAGCACAAAATGCCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100301 GTGAATGCTGATGACTCTCTGGAGGTA...TAGGTGAGCACAAAATGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGGCCTCTGGTGGGAATGCGTCACAAATGCTTTTGATGGGATTCGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114235 AGGCCTCTGGTGGGAATGCGTCACAAATGCTTTTGATGGGATTCGCACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTGATGAGTACGATTCCATACTTGCGGAGCATCCCT         TGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114285 GTGATGAGTACGATTCCATACTTGCGGAGCATCCCTGTA...CAGTGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGTGGTAACTCGAGCGTTGATGATTACTGCAGATATTCTAGCTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116648 CTGGTGGTAACTCGAGCGTTGATGATTACTGCAGATATTCTAGCTGGGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGATTTCTCACCCTGCTCCTTGGTCTTGACTGCGTGAAATTCCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116698 TGGATTTCTCACCCTGCTCCTTGGTCTTGACTGCGTGAAATTCCTCCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATGAGCCGTACATTAAAGTCCGCATCTGCTTTGTTGCTGGAGCCACGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116748 ATGAGCCGTACATTAAAGTCCGCATCTGCTTTGTTGCTGGAGCCACGTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTAATAGCAG         GTACCCCAGGAATCATTGGCTCTGTGTGGTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 116798 CTAATAGCAGGTA...CAGGTACCCCAGGAATCATTGGCTCTGTGTGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCTGTTGATGTGTATGTGGAACGTTCTACTTTGGTTTTGCACAATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120226 TGCTGTTGATGTGTATGTGGAACGTTCTACTTTGGTTTTGCACAATATAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTCTTGGTATCCAATATAAATTTGGTTGGTCCTGTTGGCTCGGAATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120276 TTCTTGGTATCCAATATAAATTTGGTTGGTCCTGTTGGCTCGGAATGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGTCTCTGGGTTGCTTTTTGGCTGGAGCTGTTCTCACCTGCTGCTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120326 GGGTCTCTGGGTTGCTTTTTGGCTGGAGCTGTTCTCACCTGCTGCTTATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCTTTTTAAAG         ATGTTGGACCTGAGAGAAACTATCCTTATT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 120376 TCTTTTTAAAGGTA...CAGATGTTGGACCTGAGAGAAACTATCCTTATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCTTGAGGAAAGCCTATTCAGCCGCGGGTGTTTCCATGGCCAAGTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121814 CCTTGAGGAAAGCCTATTCAGCCGCGGGTGTTTCCATGGCCAAGTCATAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TCAGCCCCTCGCACAGAGACGGCCAAAATGTATGCTGTAGACACAAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121864 TCAGCCCCTCGCACAGAGACGGCCAAAATGTATGCTGTAGACACAAGGGT

    950 
    915 G
        |
 121914 G