seq1 = pF1KE4230.tfa, 2424 bp
seq2 = pF1KE4230/gi568815581r_62601706.tfa (gi568815581r:62601706_62901735), 300030 bp

>pF1KE4230 2424
>gi568815581r:62601706_62901735 (Chr17)

(complement)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-210  (113137-113256)   100% ->
211-382  (141730-141901)   100% ->
383-535  (157208-157360)   100% ->
536-1937  (164404-165805)   99% ->
1938-2104  (176632-176798)   100% ->
2105-2214  (179139-179248)   100% ->
2215-2328  (190392-190505)   100% ->
2329-2371  (196155-196197)   100% ->
2372-2424  (199978-200030)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGCATGACGCAAGGGACAGGCAGAAGTTCTTCAGCGATGTTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGCATGACGCAAGGGACAGGCAGAAGTTCTTCAGCGATGTTCAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGCGGGACATGCAGCATAAGGTGGACTCTGAGTATCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 TCTGCGGGACATGCAGCATAAGGTGGACTCTGAGTATCAGGTA...CAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTGTCTGAGACGACAGGAATATAGAAGAGACCCAAATGAGAAGAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113138 CTTGTCTGAGACGACAGGAATATAGAAGAGACCCAAATGAGAAGAAACGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATCAGTTTTGGGGGCAAGAGACAAGTTTTGAGAGATCCCGGTTTTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113188 GATCAGTTTTGGGGGCAAGAGACAAGTTTTGAGAGATCCCGGTTTTCTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGGTCATCTTCCAAACAG         AGTTCTAGTGAGGAGGATGCTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113238 CAGGTCATCTTCCAAACAGGTA...TAGAGTTCTAGTGAGGAGGATGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAACTGAACCAAGGTCATCTATCAAGATATCTGCATTTAAGTGTGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141752 TAACTGAACCAAGGTCATCTATCAAGATATCTGCATTTAAGTGTGACTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACTTCCAGCAATTGACCAAACATCAGTCAAGCAGAAACATAAAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141802 AAACTTCCAGCAATTGACCAAACATCAGTCAAGCAGAAACATAAAAGTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATGACTGTAAGGAAAGCAGAGAAAGTGGACCCCAGCGAACCCTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141852 CATGACTGTAAGGAAAGCAGAGAAAGTGGACCCCAGCGAACCCTCTCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383          CAGACCAAGCACCAATGGTTTTATTAAGAAAGAGGAAGCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141902 GTG...CAGCAGACCAAGCACCAATGGTTTTATTAAGAAAGAGGAAGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACCTGAGGAGATTTACAGTCAGCCCAGAATCGCACAGCCCGAGAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157249 AACCTGAGGAGATTTACAGTCAGCCCAGAATCGCACAGCCCGAGAGCATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGGGACAGAAGCAGACAGAAACAGCAGTGGCCTGCAAAGGTGCCGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157299 TGGGGACAGAAGCAGACAGAAACAGCAGTGGCCTGCAAAGGTGCCGGTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAGGGGAGCAG         ATCAAGTAGTTCAACAAGAAGGCCTGATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 157349 CCAGGGGAGCAGGTA...CAGATCAAGTAGTTCAACAAGAAGGCCTGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGTAACACTAAGCTGAAGAGGCCAAATCAAGAGAGAAGAAACTTGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164433 TGTAACACTAAGCTGAAGAGGCCAAATCAAGAGAGAAGAAACTTGGTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATCGTCACAGCCAATGACTGAGAACGCCCCTGATAGAGCCAAAAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164483 ATCGTCACAGCCAATGACTGAGAACGCCCCTGATAGAGCCAAAAAAGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCCGAGTGCTCCTTCCCAGAGTGAGCTGCATCCAGCCCTGTCCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164533 ACCCGAGTGCTCCTTCCCAGAGTGAGCTGCATCCAGCCCTGTCCCAGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCCAAGGAAAAAATAGTCCTCAAGTATTGAGTGAGTTCTCGGGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164583 TTCCAAGGAAAAAATAGTCCTCAAGTATTGAGTGAGTTCTCGGGGCCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACTCACACCCACCACTGTAGGAGGGCCAAGAAAGGCATCATTTAGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164633 ACTCACACCCACCACTGTAGGAGGGCCAAGAAAGGCATCATTTAGGTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GAGATGAAGACTTTTATTCCATTTTGTCATTGAACAGCAGAAGAGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164683 GAGATGAAGACTTTTATTCCATTTTGTCATTGAACAGCAGAAGAGAAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GATGACACTGAAGAGGAAACCCAGTCTGAAGAATGTCTGTGGGTTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164733 GATGACACTGAAGAGGAAACCCAGTCTGAAGAATGTCTGTGGGTTGGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCGCTCACCCTGTTCTCCTTCCCATCACAAAAGAAGTAGATTTGGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164783 GCGCTCACCCTGTTCTCCTTCCCATCACAAAAGAAGTAGATTTGGGGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CATCGACCCCTCAGGCCAAAAATAAAAATTTTGAAGAAAATGCTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164833 CATCGACCCCTCAGGCCAAAAATAAAAATTTTGAAGAAAATGCTGAAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TGCAGAGGTCATTCTTCAAGAAGAAGTGAGCCCAGTCATGGCTCATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164883 TGCAGAGGTCATTCTTCAAGAAGAAGTGAGCCCAGTCATGGCTCATTGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AATAAGCAATGCAATGGAGCCAGCAACAGAGCGGCCTTCTGCTGGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164933 AATAAGCAATGCAATGGAGCCAGCAACAGAGCGGCCTTCTGCTGGGCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GGTTGTCCCAAGACCCCGGGCTGCCTGATAGGGAATCTGCTACAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164983 GGTTGTCCCAAGACCCCGGGCTGCCTGATAGGGAATCTGCTACAGAGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GACAGAGGTGGCAGTGAAAATGCGAAAAAGAGCCCTCTTTCGTGGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165033 GACAGAGGTGGCAGTGAAAATGCGAAAAAGAGCCCTCTTTCGTGGGACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CAAATCCGAGCCCAGACAAGAGGTTGGTGTCAATGCTGAAAATGTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165083 CAAATCCGAGCCCAGACAAGAGGTTGGTGTCAATGCTGAAAATGTATGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GTGATTGTATTTCTGTGGAACATAGGCCTGGCACCCATGATTCTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165133 GTGATTGTATTTCTGTGGAACATAGGCCTGGCACCCATGATTCTGAAGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TACTGGAAAGACTATTTAAACAGTTCTCAAAATTCTCTTGACTACTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165183 TACTGGAAAGACTATTTAAACAGTTCTCAAAATTCTCTTGACTACTTTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TTCTGGCAGACCAATATCTCCAAGATCATCAGTGAATTCATCCTATAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165233 TTCTGGCAGACCAATATCTCCAAGATCATCAGTGAATTCATCCTATAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CTCCTGCATCATTCATGCATTCTGCTCTGAGAGATGATATTCCAGTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165283 CTCCTGCATCATTCATGCATTCTGCTCTGAGAGATGATATTCCAGTAGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TTGTCAATGTCATCGACTTCAGTTCACAGCTCAGACTCAGAGGGAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165333 TTGTCAATGTCATCGACTTCAGTTCACAGCTCAGACTCAGAGGGAAACTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 AGGGTTTCATGTTTGCCAACCACTGTCTCCCATTAGAAATAGGACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165383 AGGGTTTCATGTTTGCCAACCACTGTCTCCCATTAGAAATAGGACTCCAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TTGCCAGTGCCGAAAACCATAATTATTTCCCAGTAAATAGTGCACACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 165433 TTGCCAGTGCCGAAAACCATAATTATTTCCCAGTAAACAGTGCACACGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 TTTGCTGTCAGGGAAGCAGAAGATACTACTTTAACAAGCCAGCCTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165483 TTTGCTGTCAGGGAAGCAGAAGATACTACTTTAACAAGCCAGCCTCAGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GGCTCCACTATATACAGATCTCTTACTAAATCCACAGGGCAATTTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165533 GGCTCCACTATATACAGATCTCTTACTAAATCCACAGGGCAATTTGTCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 TAGTGGATTCTTCCAGCTCCTCTCCATCAAGAATGAACTCAGAAGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165583 TAGTGGATTCTTCCAGCTCCTCTCCATCAAGAATGAACTCAGAAGGCCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 TTGCATGTGTCTGGGTCTCTGCAAGAAAATACACCATTTACTTTCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165633 TTGCATGTGTCTGGGTCTCTGCAAGAAAATACACCATTTACTTTCTTTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 AGTGTCTCATTTCCCAAATCAAAATGATAATGGGAGCAGGATGGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165683 AGTGTCTCATTTCCCAAATCAAAATGATAATGGGAGCAGGATGGCAGCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 CTGGTTTCACAGATGAAAAGGAAACCAGTAAGATAAAGGCAGACCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165733 CTGGTTTCACAGATGAAAAGGAAACCAGTAAGATAAAGGCAGACCCTGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 AAACTCAAGAAATTGCAAGAAAG         TCTCCTGGAGGAGGACTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 165783 AAACTCAAGAAATTGCAAGAAAGGTG...TAGTCTCCTGGAGGAGGACTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 CGAGGAGGAGGGAGACTTGTGTCGCATCTGTCAGATAGCCGGGGGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176650 CGAGGAGGAGGGAGACTTGTGTCGCATCTGTCAGATAGCCGGGGGTTCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 CAAGCAACCCCCTCCTGGAGCCTTGCGGCTGTGTGGGAAGCCTGCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176700 CAAGCAACCCCCTCCTGGAGCCTTGCGGCTGTGTGGGAAGCCTGCAGTTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 GTTCATCAAGAGTGCCTGAAAAAGTGGCTGAAAGTGAAAATAACATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 176750 GTTCATCAAGAGTGCCTGAAAAAGTGGCTGAAAGTGAAAATAACATCAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2105         GAGCAGATCTTGGTGCCGTGAAGACCTGTGAGATGTGTAAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176800 TA...AAGGAGCAGATCTTGGTGCCGTGAAGACCTGTGAGATGTGTAAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 AAGGCCTGCTGGTTGACCTGGGTGACTTTAACATGATTGAGTTCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179181 AAGGCCTGCTGGTTGACCTGGGTGACTTTAACATGATTGAGTTCTACCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 AAGCACCAGCAATCTCAG         GCACAAAACGAGCTGATGAATTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 179231 AAGCACCAGCAATCTCAGGTA...TAGGCACAAAACGAGCTGATGAATTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 AGGCTTGTACCTGGTGCTGCTGCTTCACCTCTATGAGCAGAGGTTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190415 AGGCTTGTACCTGGTGCTGCTGCTTCACCTCTATGAGCAGAGGTTTGCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 AACTCATGAGGCTCAACCACAACCAGGTGGAAAGAGAGAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 190465 AACTCATGAGGCTCAACCACAACCAGGTGGAAAGAGAGAGGGTA...TAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2329 TTGTCAAGAAATTACCCACAACCCAGAACAGAGGAAAATGAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 196155 TTGTCAAGAAATTACCCACAACCCAGAACAGAGGAAAATGAAAGTA...C

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2372   ATTCGGAGTTGGGAGATGGAAATGAAGGCAGCATTTCTCAAAGCCAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199976 AGATTCGGAGTTGGGAGATGGAAATGAAGGCAGCATTTCTCAAAGCCAGG

   2500     .
   2420 TCGTC
        |||||
 200026 TCGTC