seq1 = pF1KE4225.tfa, 2382 bp
seq2 = pF1KE4225/gi568815579f_7746543.tfa (gi568815579f:7746543_7963699), 217157 bp

>pF1KE4225 2382
>gi568815579f:7746543_7963699 (Chr19)

1-137  (100001-100137)   100% ->
138-327  (101190-101379)   100% ->
328-552  (102379-102603)   99% ->
553-627  (102714-102788)   100% ->
628-753  (103455-103580)   100% ->
754-897  (104892-105035)   100% ->
898-987  (105139-105228)   98% ->
988-1085  (106544-106641)   100% ->
1086-1146  (106731-106791)   100% ->
1147-1200  (109473-109526)   100% ->
1201-1341  (111649-111789)   100% ->
1342-1470  (114019-114147)   100% ->
1471-1611  (115336-115476)   100% ->
1612-1767  (115580-115735)   100% ->
1768-1914  (115846-115992)   100% ->
1915-2010  (116430-116525)   100% ->
2011-2106  (116643-116738)   100% ->
2107-2382  (116882-117157)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAGCCCCACTCTGAGCCCCGACTCCTCATCCCAGGAGGCCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAGCCCCACTCTGAGCCCCGACTCCTCATCCCAGGAGGCCCTGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCCCACCTGCTCCCCAACCTCTGACTCCGAGAACCTCAGCCCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCCCACCTGCTCCCCAACCTCTGACTCCGAGAACCTCAGCCCCGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGGAGCTGCTGGCCAAGCTCGAAGAGCAGAACCG         GCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100101 AGCTGGAGCTGCTGGCCAAGCTCGAAGAGCAGAACCGGTG...CAGGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGAGGCCGACTCCAAGTCCATGCGCTCCATGAATGGCTCGCGGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101194 CTGGAGGCCGACTCCAAGTCCATGCGCTCCATGAATGGCTCGCGGCGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGTGGCTCCTCGCTAGTGTCCAGCTCCTCGGCCTCCTCCAACCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101244 CAGTGGCTCCTCGCTAGTGTCCAGCTCCTCGGCCTCCTCCAACCTGAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCTGGAGGAGGACACGTGGATCCTGTGGGGCCGGATCGCCAACGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101294 ACCTGGAGGAGGACACGTGGATCCTGTGGGGCCGGATCGCCAACGAGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGAGTGGCGGCGCAGGAAGGAGAAGCTGCTCAAG         GAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101344 GAGGAGTGGCGGCGCAGGAAGGAGAAGCTGCTCAAGGTG...CAGGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATCCGCAAGGGCATCCCCCACCACTTCCGGGCCATCGTGTGGCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102384 GATCCGCAAGGGCATCCCCCACCACTTCCGGGCCATCGTGTGGCAGCTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGTGCAGCGCCACGGACATGCCCGTCAAGAACCAGTACTCCGAGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102434 TGTGCAGCGCCACGGACATGCCCGTCAAGAACCAGTACTCCGAGCTGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGATGTCCTCGCCGTGCGAGAAGCTGATCCGCAGGGACATCGCCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102484 AAGATGTCCTCGCCGTGCGAGAAGCTGATCCGCAGGGACATCGCCCGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTACCCGGAACACGAGTTCTTCAAGGGCCAGGACAGCCTGGGCCAGGAGG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102534 CTACCCGGAACATGAGTTCTTCAAGGGCCAGGACAGCCTGGGCCAGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCTCTTCAACGTCATGAAG         GCATACTCGCTGGTAGACCGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102584 TCCTCTTCAACGTCATGAAGGTG...TAGGCATACTCGCTGGTAGACCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGGTGGGCTACTGCCAGGGAAGCGCCTTCATCGTGGGCCTGCTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102735 GAGGTGGGCTACTGCCAGGGAAGCGCCTTCATCGTGGGCCTGCTCCTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCAG         ATGCCTGAGGAGGAGGCCTTCTGTGTGTTCGTGCGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102785 GCAGGTA...TAGATGCCTGAGGAGGAGGCCTTCTGTGTGTTCGTGCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGATGCAGGAGTACCGGCTGCGGGAGCTCTTCAAACCCAGCATGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103492 TGATGCAGGAGTACCGGCTGCGGGAGCTCTTCAAACCCAGCATGGCCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTCGGGCTCTGCATCTATCAGTTCGAGTACATGCTGCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103542 CTCGGGCTCTGCATCTATCAGTTCGAGTACATGCTGCAGGTG...CAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCAGCTCCCAGACCTCAACACCCACTTCCGTTCCCAAAGCTTCCACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104894 GCAGCTCCCAGACCTCAACACCCACTTCCGTTCCCAAAGCTTCCACACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCATGTATGCCTCGTCCTGGTTCCTCACACTGTTCCTGACCACCTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104944 CCATGTATGCCTCGTCCTGGTTCCTCACACTGTTCCTGACCACCTTCCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTCCCCGTCGCCACCCGGGTCTTTGACATCTTCATGTATGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104994 CTCCCCGTCGCCACCCGGGTCTTTGACATCTTCATGTATGAGGTG...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    898  GGGCTGGAGATCGTGTTCCGAGTGGGCCTCGCCCTGCTGCAGGTGAACC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105138 GGGGCTGGAGATCGTGTTCCGAGTGGGCCTCGCCCTGCTGCAGGTGAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGCGGAGCTGATGCAGCTGGACATGGAGGGGATGTCCCAG         
        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105188 AGGCAGAGCTGATGCAGCTGGACATGGAGGGGATGTCCCAGGTG...CAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TACTTCCAGAGAGTGATCCCCCACCAGTTCGACAGCTGCCCGGACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106544 TACTTCCAGAGAGTGATCCCCCACCAGTTCGACAGCTGCCCGGACAAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGTCCTCAAAGCCTACCAGGTCAAGTACAACCCCAAGAAGATGAAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106594 GGTCCTCAAAGCCTACCAGGTCAAGTACAACCCCAAGAAGATGAAGAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1086        GCTGGAGAAGGAGTACGCAGCCATGAAGAGCAAGGAGATGGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106644 C...CAGGCTGGAGAAGGAGTACGCAGCCATGAAGAGCAAGGAGATGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGCAGATCGAGATCAAA         AGACTTCGGACGGAGAACCGGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106774 GAGCAGATCGAGATCAAAGTG...TAGAGACTTCGGACGGAGAACCGGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCTGAAACAGCGGATTGAAACCCTAGAGAAG         GGGCAAGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109496 CCTGAAACAGCGGATTGAAACCCTAGAGAAGGTG...CAGGGGCAAGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CACGGGCGCAGGAGGCGGAGGAGAACTACGTCATCAAGCGGGAGCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111659 CACGGGCGCAGGAGGCGGAGGAGAACTACGTCATCAAGCGGGAGCTGGCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTGGTGCGGCAGCAGTGCAGCTCGGCGGCCGAGGACCTGCAGAAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111709 GTGGTGCGGCAGCAGTGCAGCTCGGCGGCCGAGGACCTGCAGAAGGCACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAGCACCATCCGGCAGCTACAGGAGCAGCAG         GAGAACCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111759 GAGCACCATCCGGCAGCTACAGGAGCAGCAGGTA...CAGGAGAACCCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCCTCACAGAAGACTTCGTGTCCCACCTGGAGACCGAGCTGGAGCAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114029 GCCTCACAGAAGACTTCGTGTCCCACCTGGAGACCGAGCTGGAGCAGTCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AGGCTGCGGGAGACGGAGACACTGGGGGCCCTTCGGGAGATGCAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114079 AGGCTGCGGGAGACGGAGACACTGGGGGCCCTTCGGGAGATGCAGGACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGTTCTCGACATGGAAAAG         AGGAACAGCTCGCTGCCCGACG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114129 GGTTCTCGACATGGAAAAGGTG...CAGAGGAACAGCTCGCTGCCCGACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGAACAATGTGGCGCAGCTGCAGGAGGAGCTGAAGGCGCTCAAGGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115358 AGAACAATGTGGCGCAGCTGCAGGAGGAGCTGAAGGCGCTCAAGGTGCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAAGGCCAGGCGGTGGCCTCGACGCGAGAGCTTAAACTGCAGCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115408 GAAGGCCAGGCGGTGGCCTCGACGCGAGAGCTTAAACTGCAGCTGCAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GCTCTCGGACACCTGGCAG         GCCCATCTGGCCCGCGGCGGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115458 GCTCTCGGACACCTGGCAGGTG...CAGGCCCATCTGGCCCGCGGCGGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GCTGGAAGGAGTCCCCACGGAAGCTGGTCGTGGGCGAGCTGCAGGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115602 GCTGGAAGGAGTCCCCACGGAAGCTGGTCGTGGGCGAGCTGCAGGACGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CTGATGAGCGTGCGTCTGCGCGAGGCCCAGGCCCTGGCCGAGGGCCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115652 CTGATGAGCGTGCGTCTGCGCGAGGCCCAGGCCCTGGCCGAGGGCCGCGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GCTGCGGCAGCGCGTGGTGGAACTTGAGACGCAG         GACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 115702 GCTGCGGCAGCGCGTGGTGGAACTTGAGACGCAGGTG...CAGGACCACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TCCACCGCAACCTTCTGAACCGCGTGGAGGCGGAGCGCGCGGCGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115853 TCCACCGCAACCTTCTGAACCGCGTGGAGGCGGAGCGCGCGGCGCTGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GAGAAGCTGCAGTACCTGGCTGCACAGAACAAGGGGCTGCAGACGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115903 GAGAAGCTGCAGTACCTGGCTGCACAGAACAAGGGGCTGCAGACGCAGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CAGCGAAAGCCGCCGCAAGCAGGCCGAGGCCGAGTGCAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115953 CAGCGAAAGCCGCCGCAAGCAGGCCGAGGCCGAGTGCAAGGTG...CAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GCAAGGAGGAGGTGATGGCTGTGCGACTGCGGGAGGCGGACAGCATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116431 GCAAGGAGGAGGTGATGGCTGTGCGACTGCGGGAGGCGGACAGCATGGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GCGGTGGCCGAGATGCGGCAGCGCATTGCCGAGCTGGAGATCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116481 GCGGTGGCCGAGATGCGGCAGCGCATTGCCGAGCTGGAGATCCAGGTG..

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011     AGGGAGGAAGGCCGCATCCAGGGCCAGCTGAACCACTCGGACTCAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116531 .CAGAGGGAGGAAGGCCGCATCCAGGGCCAGCTGAACCACTCGGACTCAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CGCAGTACATCCGCGAGCTCAAGGACCAGATCGAGGAGCTGAAGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116689 CGCAGTACATCCGCGAGCTCAAGGACCAGATCGAGGAGCTGAAGGCCGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107          GTGCGGCTGCTGAAGGGCCCGCCGCCCTTCGAGGACCCGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116739 GTG...CAGGTGCGGCTGCTGAAGGGCCCGCCGCCCTTCGAGGACCCGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GGCTTTCGATGGGCTGAGCCTGGCGCGGCACTTGGACGAGGACTCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116923 GGCTTTCGATGGGCTGAGCCTGGCGCGGCACTTGGACGAGGACTCGCTGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 CGTCGTCGGACGAGGAGCTACTTGGCGTAGGCGTGGGCGCTGCCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116973 CGTCGTCGGACGAGGAGCTACTTGGCGTAGGCGTGGGCGCTGCCCTGCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GACGCATTGTACCCTCTGTCCCCGCGCGATGCGCGCTTCTTCCGCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117023 GACGCATTGTACCCTCTGTCCCCGCGCGATGCGCGCTTCTTCCGCCGTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 GGAGCGGCCGGCCAAGGACAGCGAGGGCAGCTCAGACAGCGACGCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117073 GGAGCGGCCGGCCAAGGACAGCGAGGGCAGCTCAGACAGCGACGCCGATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .
   2348 AGCTGGCCGCGCCCTACAGCCAGGGTCTGGACAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117123 AGCTGGCCGCGCCCTACAGCCAGGGTCTGGACAAC