seq1 = pF1KE4175.tfa, 1905 bp
seq2 = pF1KE4175/gi568815597f_110111500.tfa (gi568815597f:110111500_110332306), 220807 bp

>pF1KE4175 1905
>gi568815597f:110111500_110332306 (Chr1)

1-678  (100001-100678)   100% ->
679-1615  (111465-112401)   99% ->
1616-1819  (114476-114679)   100% ->
1820-1905  (120722-120807)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCAGCTCGGTGTGTGTCTCCTCCTACCGCGGGCGCAAGTCGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCAGCTCGGTGTGTGTCTCCTCCTACCGCGGGCGCAAGTCGGGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGCCTCCGTCCAAAACATGTCTGAAGGAGGAGATGGCCAAGGGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGCCTCCGTCCAAAACATGTCTGAAGGAGGAGATGGCCAAGGGCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTCGGAGAAGATCATCATCAACGTGGGCGGCACGCGACATGAGACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTCGGAGAAGATCATCATCAACGTGGGCGGCACGCGACATGAGACCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCAGCACCCTGCGCACCCTACCGGGAACCCGCCTCGCCTGGCTGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCAGCACCCTGCGCACCCTACCGGGAACCCGCCTCGCCTGGCTGGCCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCGACGGCGGGGGCCGGCCCGAGACCGATGGCGGCGGTGTGGGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCGACGGCGGGGGCCGGCCCGAGACCGATGGCGGCGGTGTGGGTAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGGCAGCAGCGGCGGCGGGGGCTGCGAGTTCTTCTTCGACAGGCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGGCAGCAGCGGCGGCGGGGGCTGCGAGTTCTTCTTCGACAGGCACCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCGTCTTCGCCTACGTGCTCAACTACTACCGCACCGGCAAGCTGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCGTCTTCGCCTACGTGCTCAACTACTACCGCACCGGCAAGCTGCACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCCGCGGACGTGTGCGGGCCGCTCTTCGAAGAGGAGCTCACCTTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCCCGCGGACGTGTGCGGGCCGCTCTTCGAAGAGGAGCTCACCTTCTGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCATCGACGAGACCGACGTGGAACCCTGCTGCTGGATGACCTACCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCATCGACGAGACCGACGTGGAACCCTGCTGCTGGATGACCTACCGGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CACCGCGACGCCGAGGAGGCGCTCGACATCTTCGAGAGCCCGGACGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CACCGCGACGCCGAGGAGGCGCTCGACATCTTCGAGAGCCCGGACGGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGGCAGCGGCGCGGGGCCCAGCGACGAGGCCGGCGACGATGAGCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGGCAGCGGCGCGGGGCCCAGCGACGAGGCCGGCGACGATGAGCGGGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGCCCTGCAGCGACTGGGCCCCCACGAGGGAGGCGCGGGCCATGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGCCCTGCAGCGACTGGGCCCCCACGAGGGAGGCGCGGGCCATGGCGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGTCTGGGGGCTGCCGCGGCTGGCAGCCCCGCATGTGGGCGCTCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGTCTGGGGGCTGCCGCGGCTGGCAGCCCCGCATGTGGGCGCTCTTCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGATCCCTACTCCTCCCGGGCCGCTAGG         GTAGTGGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100651 GGATCCCTACTCCTCCCGGGCCGCTAGGGTG...TAGGTAGTGGCCTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCTCTCTCTTCTTCATCCTGGTCTCCATCACCACTTTCTGCCTGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111478 CCTCTCTCTTCTTCATCCTGGTCTCCATCACCACTTTCTGCCTGGAGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CATGAGGCCTTTAATATCGACCGCAACGTGACAGAGATCCTCCGCGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111528 CATGAGGCCTTTAATATCGACCGCAACGTGACAGAGATCCTCCGCGTAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAACATCACCAGCGTGCACTTCCGGCGGGAGGTAGAGACAGAGCCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111578 GAACATCACCAGCGTGCACTTCCGGCGGGAGGTAGAGACAGAGCCCATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGACCTACATCGAGGGCGTATGTGTGCTGTGGTTCACACTGGAGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111628 TGACCTACATCGAGGGCGTATGTGTGCTGTGGTTCACACTGGAGTTCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTGCGCATCGTGTGCTGCCCCGACACGCTGGACTTCGTCAAGAACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111678 GTGCGCATCGTGTGCTGCCCCGACACGCTGGACTTCGTCAAGAACCTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAACATCATCGACTTTGTGGCCATCCTGCCCTTCTACCTGGAGGTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111728 CAACATCATCGACTTTGTGGCCATCCTGCCCTTCTACCTGGAGGTGGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGAGCGGCCTGTCATCCAAGGCGGCCCGCGACGTGCTGGGCTTCCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111778 TGAGCGGCCTGTCATCCAAGGCGGCCCGCGACGTGCTGGGCTTCCTGCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GTGGTGCGCTTCGTGCGCATCCTGCGTATCTTCAAGCTCACACGCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111828 GTGGTGCGCTTCGTGCGCATCCTGCGTATCTTCAAGCTCACACGCCACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CGTGGGGCTACGCGTGCTGGGCCACACCCTGAGGGCCAGCACCAATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111878 CGTGGGGCTACGCGTGCTGGGCCACACCCTGAGGGCCAGCACCAATGAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TCCTGCTGCTTATCATCTTCCTGGCCCTGGGTGTGCTCATCTTTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111928 TCCTGCTGCTTATCATCTTCCTGGCCCTGGGTGTGCTCATCTTTGCCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 ATGATCTACTACGCTGAGCGCATTGGGGCCAGGCCCTCCGACCCTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111978 ATGATCTACTACGCTGAGCGCATTGGGGCCAGGCCCTCCGACCCTCGGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TAATGACCACACCGACTTCAAGAACATCCCCATTGGCTTCTGGTGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112028 TAATGACCACACCGACTTCAAGAACATCCCCATTGGCTTCTGGTGGGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TGGTCACCATGACGACACTGGGCTACGGAGACATGTACCCCAAGACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112078 TGGTCACCATGACGACACTGGGCTACGGAGACATGTACCCCAAGACGTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TCAGGCATGCTGGTAGGGGCACTGTGTGCACTGGCTGGCGTGCTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112128 TCAGGCATGCTGGTAGGGGCACTGTGTGCACTGGCTGGCGTGCTCACCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CGCCATGCCGGTGCCTGTCATCGTCAACAACTTCGGCATGTACTACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112178 CGCCATGCCGGTGCCTGTCATCGTCAACAACTTCGGCATGTACTACTCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 TGGCCATGGCCAAGCAGAAGCTGCCCAAGAAACGGAAGAAGCACGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112228 TGGCCATGGCCAAGCAGAAGCTGCCCAAGAAACGGAAGAAGCACGTGCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 CGGCCGGCGCAGCTGGAGTCACCCATGTACTGCAAGTCTGAGGAGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112278 CGGCCGGCGCAGCTGGAGTCACCCATGTACTGCAAGTCTGAGGAGACTTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CCCCCGGGACAGCACCTACAGTGATACCAGCCCCCCTGCCCGGGAAGAGG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 112328 CCCCCGGGACAGCACCTGCAGTGATACCAGCCCCCCTGCCCGGGAAGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GTATGATCGAGAGGAAACGGGCAG         ACTCTAAGCAGAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112378 GTATGATCGAGAGGAAACGGGCAGGTG...CAGACTCTAAGCAGAATGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GATGCCAACGCAGTGCTGTCTGATGAGGAGGGAGCTGGCCTCACCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114493 GATGCCAACGCAGTGCTGTCTGATGAGGAGGGAGCTGGCCTCACCCAACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 CCTGGCCTCCTCCCCGACCCCCGAGGAGCGCCGGGCCCTGCGACGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114543 CCTGGCCTCCTCCCCGACCCCCGAGGAGCGCCGGGCCCTGCGACGCTCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 CCACTCGAGACAGAAACAAGAAGGCAGCTGCCTGCTTCCTGCTCAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114593 CCACTCGAGACAGAAACAAGAAGGCAGCTGCCTGCTTCCTGCTCAGCACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 GGGGACTATGCCTGCGCCGATGGTAGTGTCCGGAAAG         GCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114643 GGGGACTATGCCTGCGCCGATGGTAGTGTCCGGAAAGGTA...CAGGCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 ATTCGTCCTCCGTGACCTTCCCCTTCAGCATTCACCTGAGGCTGCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120726 ATTCGTCCTCCGTGACCTTCCCCTTCAGCATTCACCTGAGGCTGCATGCC

   1900     .    :    .    :    .    :
   1874 CTCCAACTGCTGGGACTCTGTTCCTGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 120776 CTCCAACTGCTGGGACTCTGTTCCTGCCACAT