seq1 = pF1KE4158.tfa, 1596 bp
seq2 = pF1KE4158/gi568815586f_116811038.tfa (gi568815586f:116811038_117128169), 317132 bp

>pF1KE4158 1596
>gi568815586f:116811038_117128169 (Chr12)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-225  (116986-117090)   100% ->
226-390  (134327-134491)   99% ->
391-479  (138581-138669)   100% ->
480-637  (153660-153817)   100% ->
638-834  (174169-174365)   100% ->
835-1041  (177626-177832)   100% ->
1042-1169  (199286-199413)   100% ->
1170-1343  (213110-213283)   100% ->
1344-1454  (216357-216467)   100% ->
1455-1596  (216991-217132)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGACTACAGCCTGGATGAGTTCCGTCGGCGCTGGCAGGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGACTACAGCCTGGATGAGTTCCGTCGGCGCTGGCAGGAGGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCAGGCCCAGGCGCCGAAGAAGCGGCGACGGCCCGAGGCTGCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGCAGGCCCAGGCGCCGAAGAAGCGGCGACGGCCCGAGGCTGCCGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGGGCTCGGCGGCCGGAG         AATGAAATGAATGATGTGCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 GGCGGGCTCGGCGGCCGGAGGTG...CAGAATGAAATGAATGATGTGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCTTTGATATCCAACTGCCTTACGAATTGGCAATCAATATATTTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117007 TTCTTTGATATCCAACTGCCTTACGAATTGGCAATCAATATATTTCAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGGACAGGAAAGAACTAGGAAGATGTGCACAG         GTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117057 TCTGGACAGGAAAGAACTAGGAAGATGTGCACAGGTA...TAGGTGAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGACGTGGAAGGTGATTGCAGAGGATGAGGTGCTGTGGTACAGGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134334 AGACGTGGAAGGTGATTGCAGAGGATGAGGTGCTGTGGTACAGGCTGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCAGGAAGGGCACCTTCCGGATAGCAGCATCTCTGACTATTCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134384 CAGCAGGAAGGGCACCTTCCGGATAGCAGCATCTCTGACTATTCTTGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGCTCATCTTCCAAGAGTGCCGAGCCAAGGAACACATGTTACAAACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 134434 GAAGCTCATCTTCCAAGAGTGCCGAGCCAAGGAACACATGTTACGAACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTGGAAG         AATCGCAAAGGTGCCGTGAGCGAGCTGGAGCAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 134484 ACTGGAAGGTG...CAGAATCGCAAAGGTGCCGTGAGCGAGCTGGAGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTCCTGACACAGTTTTGTGTGATGTGCATTCTCACGATGGTGTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138614 GTTCCTGACACAGTTTTGTGTGATGTGCATTCTCACGATGGTGTGGTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCGGG         ATATACATCAGGGGATGTGAGAGTGTGGGACACCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138664 TGCGGGGTA...CAGATATACATCAGGGGATGTGAGAGTGTGGGACACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCACCTGGGACTACGTAGCCCCCTTCCTGGAATCAGAGGACGAGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153695 GCACCTGGGACTACGTAGCCCCCTTCCTGGAATCAGAGGACGAGGAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGCCTGGAATGCAGCCAAATGTCTCCTTTGTGAGGATAAACAGCTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153745 GAGCCTGGAATGCAGCCAAATGTCTCCTTTGTGAGGATAAACAGCTCGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCAGTAGCAGCTTATGAGGATG         GGTTTCTTAATATTTGGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 153795 GGCAGTAGCAGCTTATGAGGATGGTA...TAGGGTTTCTTAATATTTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATTTAAGGACCGGAAAGTACCCTGTTCATCGTTTTGAGCACGATGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174187 ATTTAAGGACCGGAAAGTACCCTGTTCATCGTTTTGAGCACGATGCAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATACAGGCACTAGCCCTCAGCCAGGACGATGCAACCGTGGCCACAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174237 ATACAGGCACTAGCCCTCAGCCAGGACGATGCAACCGTGGCCACAGCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGCTTTTGATGTCGTGATGTTATCCCCCAATGAGGAGGGGTACTGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174287 TGCTTTTGATGTCGTGATGTTATCCCCCAATGAGGAGGGGTACTGGCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TAGCTGCGGAATTTGAAGTTCCGAAACTG         GTTCAGTACCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 174337 TAGCTGCGGAATTTGAAGTTCCGAAACTGGTG...CAGGTTCAGTACCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAATAGTTCCAGAAACCAGAAGGTACCCTGTGGCAGTAGCCGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177638 GAAATAGTTCCAGAAACCAGAAGGTACCCTGTGGCAGTAGCCGCTGCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGATCTGATGTACCTGCTCAAAGCCGAAGACTCCGCCAGAACCCTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177688 AGATCTGATGTACCTGCTCAAAGCCGAAGACTCCGCCAGAACCCTCCTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACGCCCACGGCCCGCCTGTCACATGTCTAGACGTCTCGGCCAACCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177738 ACGCCCACGGCCCGCCTGTCACATGTCTAGACGTCTCGGCCAACCAAGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCTTTTGGTGTACAGGGTCTGGGATGGGTGTACGAAGGAAGCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 177788 GCTTTTGGTGTACAGGGTCTGGGATGGGTGTACGAAGGAAGCAAGGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042     ATCCTGGTGTATAGCCTGGAAGCAGGACGCCGCCTCTTGAAGCTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177838 .CAGATCCTGGTGTATAGCCTGGAAGCAGGACGCCGCCTCTTGAAGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTAACGTTCTCCGTGACTTCACGTGTGTCAACCTCAGCGACAGCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199332 GTAACGTTCTCCGTGACTTCACGTGTGTCAACCTCAGCGACAGCCCTCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AACCTCATGGTCAGTGGCAACATGGACGGGAG         GGTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 199382 AACCTCATGGTCAGTGGCAACATGGACGGGAGGTA...CAGGGTGAGGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCACGACCTCCGCAGTGGTAACATCGCCCTGTCGCTCTCCGCCCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213119 CCACGACCTCCGCAGTGGTAACATCGCCCTGTCGCTCTCCGCCCATCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCAGGGTCTCTGCTGTGCAGATGGATGACTGGAAGATCGTCAGTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213169 TCAGGGTCTCTGCTGTGCAGATGGATGACTGGAAGATCGTCAGTGGAGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GAGGAAGGCCTGGTGTCCGTGTGGGATTATCGGATGAACCAGAAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213219 GAGGAAGGCCTGGTGTCCGTGTGGGATTATCGGATGAACCAGAAGCTGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGAGGTGTATTCCGG         GCACCCGGTGCAGCACATCTCATTCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 213269 GGAGGTGTATTCCGGGTA...CAGGCACCCGGTGCAGCACATCTCATTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCAGCCACAGCCTCATCACGGCCAACGTGCCTTACCAGACGGTAATGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216383 GCAGCCACAGCCTCATCACGGCCAACGTGCCTTACCAGACGGTAATGCGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AACGCCGACCTGGACAGCTTCACTACTCACAGGAG         ACACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 216433 AACGCCGACCTGGACAGCTTCACTACTCACAGGAGGTT...TAGACACCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GGGGCTGATCCGCGCCTATGAGTTTGCGGTGGACCAGCTGGCCTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216997 GGGGCTGATCCGCGCCTATGAGTTTGCGGTGGACCAGCTGGCCTTCCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCCCTCTCCCTGTCTGCCGTTCATCCTGTGACGCCATGGCCACTCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217047 GCCCTCTCCCTGTCTGCCGTTCATCCTGTGACGCCATGGCCACTCACTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1561 TACGACCTCGCACTGGCCTTTCCCTATAACCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217097 TACGACCTCGCACTGGCCTTTCCCTATAACCATGTT