seq1 = pF1KE4145.tfa, 1734 bp
seq2 = pF1KE4145/gi568815596f_238040755.tfa (gi568815596f:238040755_238251062), 210308 bp

>pF1KE4145 1734
>gi568815596f:238040755_238251062 (Chr2)

1-774  (100001-100774)   99% ->
775-907  (102045-102177)   99% ->
908-994  (104148-104234)   100% ->
995-1150  (104923-105078)   100% ->
1151-1339  (107080-107268)   100% ->
1340-1485  (108253-108398)   100% ->
1486-1734  (110060-110308)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCGGAACGTGGATGACCTGGATTTCCACCTGCCCTCGCATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCGGAACGTGGATGACCTGGATTTCCACCTGCCCTCGCATGCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACATGCTGGATGGCCTGCAGCGCCTGCGCTCTCAGCCCAAGCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACATGCTGGATGGCCTGCAGCGCCTGCGCTCTCAGCCCAAGCTGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGTCACACTGCTGGTGGGCGGCCGGGAGCTGCCATGCCACCGCAGCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100101 ACGTCACACTGCTGGTGGGCGGCCGGGAGCTGCCATGCCACCGCGGCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCGCTCAGCAGCCCCTACTTCCATGCCATGTTTGCGGGTGACTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGCGCTCAGCAGCCCCTACTTCCATGCCATGTTTGCGGGTGACTTCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAGAGCTTCTCTGCGCGCGTGGAGCTGCGGGACGTGGAGCCCGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGAGAGCTTCTCTGCGCGCGTGGAGCTGCGGGACGTGGAGCCCGCCGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGGACAACTGGTGGACTTCGTGTACACAGGCCGGCTGACCATCACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGGACAACTGGTGGACTTCGTGTACACAGGCCGGCTGACCATCACGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCAACGTGGAGGCGCTGACACGCACGGCTGCGCGCCTGCACTTCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCAACGTGGAGGCGCTGACACGCACGGCTGCGCGCCTGCACTTCCCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGCAGAAGGTCTGCGGCCGCTACCTGCAGCAGCAACTGGATGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGCAGAAGGTCTGCGGCCGCTACCTGCAGCAGCAACTGGATGCCGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTGCCTGGGCATCTGTGAGTTCGGGGAGCAGCAAGGGCTGCTGGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACTGCCTGGGCATCTGTGAGTTCGGGGAGCAGCAAGGGCTGCTGGGCGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTGCCAAGGCCTGGGCCTTCCTGCGAGAGAACTTTGAGGCTGTGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTGCCAAGGCCTGGGCCTTCCTGCGAGAGAACTTTGAGGCTGTGGCACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGAGGACGAGTTCCTGCAGCTTCCCCGAGAGCGGCTGGTCACTTGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGAGGACGAGTTCCTGCAGCTTCCCCGAGAGCGGCTGGTCACTTGTCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCGGCGACCTGCTGCAGGTACAGCCGGAGCAAAGCCGACTCGAGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCGGCGACCTGCTGCAGGTACAGCCGGAGCAAAGCCGACTCGAGGCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGCGCTGGGTGCGCCATGACCCGCAGGCCCGGGCCGTCCACCTGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100601 ATGCGCTGGGTGCGCCATGACCCGCAGGCCCGGGCCGCCCACCTGCCCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTGCTCAGCCTAGTGCACCTGGACGCCGTGCCCAGGCCCTGCGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTGCTCAGCCTAGTGCACCTGGACGCCGTGCCCAGGCCCTGCGTGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AACTGCTGGCCTCAGAGCCCCTGATCCAGGAGTCAGAGGCATGCCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AACTGCTGGCCTCAGAGCCCCTGATCCAGGAGTCAGAGGCATGCCGGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCCTGTCCCAGGGCCATGATGGG         GCACCACTCGCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100751 GCCCTGTCCCAGGGCCATGATGGGGTG...CAGGCACCACTCGCCCTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCAGAAGCTGGAGGAGGTCCTGGTGGTGGTGGGCGGGCAGGCGCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102062 GCAGAAGCTGGAGGAGGTCCTGGTGGTGGTGGGCGGGCAGGCGCTGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGGAGGAGGCAGGTGAGGAGCCCACCCCCGGCCTTGGGAACTTCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 102112 AGGAGGAGGCAGGTGAGGAGCCCACCCCCGGCCTTGGGAACTTTGCCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TACAACAGCAAGGCCA         AGAGGTGGATGGCACTTCCAGACTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102162 TACAACAGCAAGGCCAGTG...CAGAGAGGTGGATGGCACTTCCAGACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCCCGACTATCACAAGTGGGGTTTCTCCCTGGCGGCCCTGAACAACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104173 CCCCGACTATCACAAGTGGGGTTTCTCCCTGGCGGCCCTGAACAACAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCTATGTCACAG         GTGGCTCTCGGGGCACAAAGACAGACACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104223 TCTATGTCACAGGTG...CAGGTGGCTCTCGGGGCACAAAGACAGACACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TGGTCAACCACCCAGGCCTGGTGCTTCCCCCTGAAGGAGGCCTCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104952 TGGTCAACCACCCAGGCCTGGTGCTTCCCCCTGAAGGAGGCCTCCTGGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GCCCGTGGCGCCCATGCTGAAGCCCCGCACCAACCACGCCAGCGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105002 GCCCGTGGCGCCCATGCTGAAGCCCCGCACCAACCACGCCAGCGCGGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCAATGGGGAGATCTACGTTATCGGCG         GCACCACCCTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105052 TCAATGGGGAGATCTACGTTATCGGCGGTG...CAGGCACCACCCTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTGGTGGAGGTGGAGAGCTATGACCCCTACACGGACAGCTGGACGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107094 GTGGTGGAGGTGGAGAGCTATGACCCCTACACGGACAGCTGGACGCCCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CAGCCCGGCCCTCAAATACGTCAGCAACTTCTCGGCTGCCGGCTGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107144 CAGCCCGGCCCTCAAATACGTCAGCAACTTCTCGGCTGCCGGCTGCCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GCCGGCTCTACCTGGTGGGCTCCAGCGCCTGCAAGTACAACGCCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107194 GCCGGCTCTACCTGGTGGGCTCCAGCGCCTGCAAGTACAACGCCCTGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CTGCAGTGCTACAACCCTGTCACAG         ATGCGTGGAGTGTGAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107244 CTGCAGTGCTACAACCCTGTCACAGGTG...CAGATGCGTGGAGTGTGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CGCCTCGCCCTTCCTGCCCAAGTACCTGTCCTCGCCTCGCTGTGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108269 CGCCTCGCCCTTCCTGCCCAAGTACCTGTCCTCGCCTCGCTGTGCTGCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TGCACGGGGAGCTCTACCTCATTGGGGACAACACCAAGAAGGTCTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108319 TGCACGGGGAGCTCTACCTCATTGGGGACAACACCAAGAAGGTCTACGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TACGACCCCGGGGCCAACCTGTGGCAGAAG         GTGCAGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108369 TACGACCCCGGGGCCAACCTGTGGCAGAAGGTG...CAGGTGCAGTCACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GCACAGCCTGCATGAGAACGGCGCGCTGGTGCCACTGGGTGATGCGCTGT
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 110071 GCACAGCCTGCATGAGAATGGCGCGCTGGTGCCACTGGGTGATGCGCTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 ACGTGACGGGCGGCCGCTGGCAGGGCATGGAAGGTGACTACCACGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110121 ACGTGACGGGCGGCCGCTGGCAGGGCATGGAAGGTGACTACCACGTGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 ATGGAGGCCTACGACACGGTTCGGGACACCTGGACCCGCCACGGCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110171 ATGGAGGCCTACGACACGGTTCGGGACACCTGGACCCGCCACGGCGCCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GCCCCGGCTCTGGCTCTACCACGGGGCCTCCACCGTCTTCCTGGATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110221 GCCCCGGCTCTGGCTCTACCACGGGGCCTCCACCGTCTTCCTGGATGTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1697 CCAAGTGGACCCAGCCCTCCGGCCCCACCCAGGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110271 CCAAGTGGACCCAGCCCTCCGGCCCCACCCAGGAGCAC