seq1 = pF1KE4131.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KE4131/gi568815584f_88724708.tfa (gi568815584f:88724708_88977407), 252700 bp

>pF1KE4131 1425
>gi568815584f:88724708_88977407 (Chr14)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-235  (114745-114865)   100% ->
236-299  (116158-116221)   100% ->
300-459  (116330-116489)   100% ->
460-504  (119099-119143)   100% ->
505-590  (128264-128349)   100% ->
591-678  (132483-132570)   100% ->
679-789  (136515-136625)   100% ->
790-929  (145352-145491)   100% ->
930-1104  (146842-147016)   100% ->
1105-1227  (147623-147745)   100% ->
1228-1311  (150319-150402)   100% ->
1312-1425  (152587-152700)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTCGGAGATGGAGCCGCTGCTCCTGGCCTGGAGCTATTTTAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTCGGAGATGGAGCCGCTGCTCCTGGCCTGGAGCTATTTTAGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGAAGTTCCAGCTCTGCGCCGATCTATGCACGCAGATGCTGGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGAAGTTCCAGCTCTGCGCCGATCTATGCACGCAGATGCTGGAGAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCTTATGACCAG         GCAGCTTGGATCTTAAAAGCAAGAGCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCTTATGACCAGGTA...TAGGCAGCTTGGATCTTAAAAGCAAGAGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTAACAGAAATGGTATACATAGATGAAATTGATGTAGATCAGGAAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114772 CTAACAGAAATGGTATACATAGATGAAATTGATGTAGATCAGGAAGGAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCAGAAATGATGCTGGATGAAAATGCTATAGCTCAAGTTCCAC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114822 TGCAGAAATGATGCTGGATGAAAATGCTATAGCTCAAGTTCCACGTA...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    GCCCTGGAACGTCTTTGAAACTCCCTGGAACTAATCAGACAGGAGGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116155 TAGGCCCTGGAACGTCTTTGAAACTCCCTGGAACTAATCAGACAGGAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTAGCCAGGCCGTTAG         GCCAATCACACAAGCTGGAAGACC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116205 CCTAGCCAGGCCGTTAGGTA...CAGGCCAATCACACAAGCTGGAAGACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATTACAGGTTTCCTCAGGCCCAGCACGCAGAGTGGAAGGCCAGGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116354 CATTACAGGTTTCCTCAGGCCCAGCACGCAGAGTGGAAGGCCAGGCACTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGAACAGGCTATCAGAACACCCAGAACCGCCTACACAGCCCGCCCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116404 TGGAACAGGCTATCAGAACACCCAGAACCGCCTACACAGCCCGCCCTATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCAGCTCCTCCGGAAGATTTGTCAGGCTGGGAACG         GCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116454 ACCAGCTCCTCCGGAAGATTTGTCAGGCTGGGAACGGTA...CAGGCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTTTGAGTATATCTTTCATCATGAAAATGATGTTAAGACT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 119104 GTTTGAGTATATCTTTCATCATGAAAATGATGTTAAGACTGTA...AAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTTTGGATCTGGCTGCCCTCTCCACAGAACATTCTCAGTACAAGGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128265 CTTTGGATCTGGCTGCCCTCTCCACAGAACATTCTCAGTACAAGGACTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGGTGGAAAGTACAGATTGGAAAATGTTACTACAG         GTTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 128315 TGGTGGAAAGTACAGATTGGAAAATGTTACTACAGGTA...TAGGTTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AATGTATCGTGAAGCAGAAAAACAGTTTAAATCAGCCCTGAAGCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132489 AATGTATCGTGAAGCAGAAAAACAGTTTAAATCAGCCCTGAAGCAGCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAATGGTAGATACATTTCTGTACTTGGCAAAA         GTTTATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 132539 AAATGGTAGATACATTTCTGTACTTGGCAAAAGTA...TAGGTTTATGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCATTGGATCAACCTGTGACTGCTTTAAATCTTTTCAAACAAGGCTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136524 TCATTGGATCAACCTGTGACTGCTTTAAATCTTTTCAAACAAGGCTTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TAAGTTTCCAGGAGAAGTAACCCTGCTCTGTGGAATTGCAAGAATCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136574 TAAGTTTCCAGGAGAAGTAACCCTGCTCTGTGGAATTGCAAGAATCTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AG         GAAATGAACAATATGTCATCAGCAGCAGAATATTACAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136624 AGGTA...TAGGAAATGAACAATATGTCATCAGCAGCAGAATATTACAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAGTTTTGAAACAAGACAATACTCATGTGGAAGCCATCGCATGCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145391 GAAGTTTTGAAACAAGACAATACTCATGTGGAAGCCATCGCATGCATTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAGCAACCACTTCTATTCTGATCAGCCAGAAATAGCTCTCCGGTTTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145441 AAGCAACCACTTCTATTCTGATCAGCCAGAAATAGCTCTCCGGTTTTACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 G         GCGGCTGCTGCAGATGGGCATTTATAACGGCCAGCTTTTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145491 GGTG...AAGGCGGCTGCTGCAGATGGGCATTTATAACGGCCAGCTTTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AACAATCTGGGGCTGTGTTGCTTCTATGCCCAGCAGTATGATATGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146882 AACAATCTGGGGCTGTGTTGCTTCTATGCCCAGCAGTATGATATGACTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GACCTCATTTGAACGTGCCCTTTCTTTGGCTGAAAATGAAGAAGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146932 GACCTCATTTGAACGTGCCCTTTCTTTGGCTGAAAATGAAGAAGAGGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGATGTCTGGTACAACTTGGGACATGTAGCTGTG         GGAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 146982 CTGATGTCTGGTACAACTTGGGACATGTAGCTGTGGTA...TAGGGAATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGAGATACAAATTTGGCCCATCAGTGCTTCAGGCTGGCTCTGGTCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147629 GGAGATACAAATTTGGCCCATCAGTGCTTCAGGCTGGCTCTGGTCAACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CAACAACCACGCCGAGGCCTACAACAACCTGGCTGTGCTGGAGATGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147679 CAACAACCACGCCGAGGCCTACAACAACCTGGCTGTGCTGGAGATGCGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGGGCCACGTTGAACAG         GCAAGGGCACTATTACAAACTGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 147729 AGGGCCACGTTGAACAGGTC...CAGGCAAGGGCACTATTACAAACTGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TCATCATTAGCACCCCATATGTATGAACCGCATTTTAATTTTGCAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150343 TCATCATTAGCACCCCATATGTATGAACCGCATTTTAATTTTGCAACAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTCTGATAAG         ATTGGAGATCTGCAGAGAAGCTATGTTGCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 150393 CTCTGATAAGGTA...CAGATTGGAGATCTGCAGAGAAGCTATGTTGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CGCAGAAGTCTGAAGCAGCATTTCCAGACCATGTGGACACACAACATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152618 CGCAGAAGTCTGAAGCAGCATTTCCAGACCATGTGGACACACAACATTTA

   1500     .    :    .    :    .    :
   1393 ATTAAACAATTAAGGCAGCATTTTGCTATGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 152668 ATTAAACAATTAAGGCAGCATTTTGCTATGCTC