seq1 = pF1KE4128.tfa, 1578 bp
seq2 = pF1KE4128/gi568815578r_44994873.tfa (gi568815578r:44994873_45198697), 203825 bp

>pF1KE4128 1578
>gi568815578r:44994873_45198697 (Chr20)

(complement)

1-76  (99462-99537)   100% ->
77-1110  (100003-101036)   100% ->
1111-1578  (103358-103825)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGATGCTGCTGGTCCGGGGAACACACTATGAGAACCTCCGGTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99462 ATGCTGATGCTGCTGGTCCGGGGAACACACTATGAGAACCTCCGGTCTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGGTGCTGCCAACACCCCTAGGAG         GGAGGAGCACTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  99512 AGTGGTGCTGCCAACACCCCTAGGAGGTA...CAGGGAGGAGCACTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTTTGTGAGCGAGTTCCCGGGCCCCGACACCGGGATCCGCTGGCGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 CCTTTGTGAGCGAGTTCCCGGGCCCCGACACCGGGATCCGCTGGCGGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCGACGAGGCGCTGCGCGTGAACGTGGGTGGCGTGCGGCGGCAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 AGCGACGAGGCGCTGCGCGTGAACGTGGGTGGCGTGCGGCGGCAGCTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCGCGCGCCCTGGCGCGCTTCCCGGGCACGCGGCTGGGCCGCCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100118 CGCGCGCGCCCTGGCGCGCTTCCCGGGCACGCGGCTGGGCCGCCTGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGCGGCGTCGGAGGAGCAGGCGCGGCGCCTGTGCGACGACTACGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100168 CCGCGGCGTCGGAGGAGCAGGCGCGGCGCCTGTGCGACGACTACGACGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCGGCGCGCGAATTCTACTTCGACCGGCACCCGGGCTTCTTCCTGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100218 GCGGCGCGCGAATTCTACTTCGACCGGCACCCGGGCTTCTTCCTGAGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTGCACTTCTACCGCACTGGCCACCTGCACGTGCTCGACGAGCTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100268 GCTGCACTTCTACCGCACTGGCCACCTGCACGTGCTCGACGAGCTGTGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCTTCGCCTTTGGCCAGGAGGCCGACTACTGGGGCCTAGGCGAGAACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100318 TCTTCGCCTTTGGCCAGGAGGCCGACTACTGGGGCCTAGGCGAGAACGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTTGCCGCGTGCTGCCGCGCGCGCTACCTGGAGAGGCGGCTGACCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100368 CTTGCCGCGTGCTGCCGCGCGCGCTACCTGGAGAGGCGGCTGACCCAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCACGCCTGGGACGAGGACAGCGACACGCCGAGCAGCGTGGACCCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100418 GCACGCCTGGGACGAGGACAGCGACACGCCGAGCAGCGTGGACCCGTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCGACGAGATCTCCGACGTGCAGCGAGAACTGGCGCGCTATGGCGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100468 CCGACGAGATCTCCGACGTGCAGCGAGAACTGGCGCGCTATGGCGCGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGCTGTGGCCGCCTGCGCCGCCGCCTCTGGCTGACCATGGAGAACCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100518 CGCTGTGGCCGCCTGCGCCGCCGCCTCTGGCTGACCATGGAGAACCCGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTACTCGCTGCCGAGCAAGCTCTTCAGCTGCGTCTCCATCAGCGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100568 CTACTCGCTGCCGAGCAAGCTCTTCAGCTGCGTCTCCATCAGCGTGGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCGCCTCCATCGCCGCCATGTGCATCCACAGCCTGCCCGAGTACCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100618 TCGCCTCCATCGCCGCCATGTGCATCCACAGCCTGCCCGAGTACCAGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGCGAGGCGGCGGCCGCCGTGGCTGCGGTGGCCGCGGGCCGCAGCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100668 CGCGAGGCGGCGGCCGCCGTGGCTGCGGTGGCCGCGGGCCGCAGCCCGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGGCGTGCGCGACGACCCGGTGCTGCGACGCCTCGAGTACTTCTGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100718 AGGCGTGCGCGACGACCCGGTGCTGCGACGCCTCGAGTACTTCTGCATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCTGGTTCAGCTTCGAGGTGTCGTCGCGCCTCCTGCTGGCGCCCAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100768 CCTGGTTCAGCTTCGAGGTGTCGTCGCGCCTCCTGCTGGCGCCCAGTACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGCAACTTCTTCTGCCACCCGCTCAACCTCATCGACATTGTGTCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100818 CGCAACTTCTTCTGCCACCCGCTCAACCTCATCGACATTGTGTCTGTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCCCTTCTATCTCACGCTGCTGGCTGGTGTGGCACTGGGCGACCAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100868 GCCCTTCTATCTCACGCTGCTGGCTGGTGTGGCACTGGGCGACCAGGGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCAAGGAGTTCGGCCACCTGGGCAAGGTGGTGCAGGTGTTCCGCCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100918 GCAAGGAGTTCGGCCACCTGGGCAAGGTGGTGCAGGTGTTCCGCCTCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CGCATCTTCCGCGTACTCAAGTTGGCGCGCCATTCCACCGGGCTGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100968 CGCATCTTCCGCGTACTCAAGTTGGCGCGCCATTCCACCGGGCTGCGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GCTGGGAGCCACGCTCAAG         CACAGCTACCGTGAGGTGGGCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101018 GCTGGGAGCCACGCTCAAGGTA...CAGCACAGCTACCGTGAGGTGGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TCTTGCTGCTGTACCTGGCTGTGGGTGTGTCAGTGTTCTCTGGTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103380 TCTTGCTGCTGTACCTGGCTGTGGGTGTGTCAGTGTTCTCTGGTGTGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TACACAGCTGAAAAGGAGGAGGACGTGGGCTTTAACACCATCCCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103430 TACACAGCTGAAAAGGAGGAGGACGTGGGCTTTAACACCATCCCAGCCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTGGTGGTGGGGCACAGTGAGCATGACCACCGTGGGCTATGGGGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103480 CTGGTGGTGGGGCACAGTGAGCATGACCACCGTGGGCTATGGGGATGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TGCCAGTGACGGTGGCTGGCAAGCTGGCAGCCTCAGGCTGCATCCTAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103530 TGCCAGTGACGGTGGCTGGCAAGCTGGCAGCCTCAGGCTGCATCCTAGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GGCATCCTGGTGGTAGCACTCCCCATCACCATCATCTTCAACAAGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103580 GGCATCCTGGTGGTAGCACTCCCCATCACCATCATCTTCAACAAGTTCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CCACTTCTACCGGCGCCAGAAGGCTCTGGAGGCAGCCGTGCGCAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103630 CCACTTCTACCGGCGCCAGAAGGCTCTGGAGGCAGCCGTGCGCAACAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 ACCACCAAGAGTTTGAGGACTTGCTGAGCAGCGTTGATGGGGTGTCGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 103680 ACCACCAAGAGTTTGAGGACTTGCTGAGCAGCATTGATGGGGTGTCGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GCATCTCTGGAGACATCCCGAGAAACCTCTCAGGAGGGACAGTCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103730 GCATCTCTGGAGACATCCCGAGAAACCTCTCAGGAGGGACAGTCTGCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1533 TCTAGAGAGCCAGGCCCCCAGTGAGCCTCCACACCCTCAGATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103780 TCTAGAGAGCCAGGCCCCCAGTGAGCCTCCACACCCTCAGATGTAT