seq1 = pF1KE4108.tfa, 1434 bp
seq2 = pF1KE4108/gi568815595f_127573026.tfa (gi568815595f:127573026_127780472), 207447 bp

>pF1KE4108 1434
>gi568815595f:127573026_127780472 (Chr3)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-119  (101366-101428)   100% ->
120-175  (101520-101575)   100% ->
176-320  (102945-103089)   100% ->
321-480  (103247-103406)   100% ->
481-526  (103511-103556)   100% ->
527-643  (103942-104058)   100% ->
644-762  (104143-104261)   100% ->
763-861  (104440-104538)   100% ->
862-1029  (104651-104818)   100% ->
1030-1230  (106960-107160)   100% ->
1231-1434  (107244-107447)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACACCAGCGACCTGTTCGCCAGCTGCAGGAAGGGGGATGTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACACCAGCGACCTGTTCGCCAGCTGCAGGAAGGGGGATGTGGGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGCG         GTACCTGCTGGAGCAGCGAGACGTGGAGGTGAATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGCGGTG...CAGGTACCTGCTGGAGCAGCGAGACGTGGAGGTGAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCGGGACAAGTGGGACAGCACCCCCTT         GTACTATGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101401 TGCGGGACAAGTGGGACAGCACCCCCTTGTG...CAGGTACTATGCCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTGTGTGGGCACGAGGAGCTGGTACTCTACCTTCTGGCCAATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101533 TTGTGTGGGCACGAGGAGCTGGTACTCTACCTTCTGGCCAATGGTG...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    176   GAGCCCGCTGCGAGGCCAACACCTTCGATGGTGAGCGCTGCCTCTATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102943 AGGAGCCCGCTGCGAGGCCAACACCTTCGATGGTGAGCGCTGCCTCTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGGCACTGAGTGACCCCATCCGCCGGGCTCTACGCGATTACAAGCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102993 GGGCACTGAGTGACCCCATCCGCCGGGCTCTACGCGATTACAAGCAGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACGGCTTCCTGCAGGAGGCGGGATTACTATGACGACTTCTTGCAGCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103043 ACGGCTTCCTGCAGGAGGCGGGATTACTATGACGACTTCTTGCAGCGGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    321       GCTTCTAGAGCAGGGCATCCACAGTGACGTGGTCTTTGTAGTAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103093 ...CAGGCTTCTAGAGCAGGGCATCCACAGTGACGTGGTCTTTGTAGTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACGGGAAGCCATTCCGGGTGCATCGCTGCGTCCTGGGTGCACGTAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103291 ACGGGAAGCCATTCCGGGTGCATCGCTGCGTCCTGGGTGCACGTAGTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACTTTGCCAACATGCTGGACACCAAATGGAAGGGCAAGAGTGTCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103341 TACTTTGCCAACATGCTGGACACCAAATGGAAGGGCAAGAGTGTCGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTCAGGCACCCACTG         ATCAACCCCGTGGCCTTTGGGGCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103391 TCTCAGGCACCCACTGGTA...CAGATCAACCCCGTGGCCTTTGGGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCTGCAGTACCTGTACACAG         GCCGCCTGGACATTGGCGTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103536 TGCTGCAGTACCTGTACACAGGTG...CAGGCCGCCTGGACATTGGCGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GAGCATGTGAGTGACTGTGAGCGCCTGGCCAAGCAATGCCAGCTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103962 GAGCATGTGAGTGACTGTGAGCGCCTGGCCAAGCAATGCCAGCTGTGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCTGCTCAGCGACCTGGAGGCCAAGTGCGAGAAGGTGTCTGAGTTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104012 CCTGCTCAGCGACCTGGAGGCCAAGTGCGAGAAGGTGTCTGAGTTTGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    644       TGGCGTCTAAGCCAGGCACGTGTGTGAAGGTGCTGACCATCGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104062 ...TAGTGGCGTCTAAGCCAGGCACGTGTGTGAAGGTGCTGACCATCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CCCCCACCTGCAGACCCCCGCCTCCGGGAGGACATGGCGCTGCTGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104187 CCCCCACCTGCAGACCCCCGCCTCCGGGAGGACATGGCGCTGCTGGCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTGTGCCCTGCCCCCCGAGCTCCGA         GGTGATCTTTGGGAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104237 TTGTGCCCTGCCCCCCGAGCTCCGAGTA...CAGGGTGATCTTTGGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGCCCTTCCCTTGTCCTGACGGCTTCAACAGCTGCCCTGACATCTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104456 TGCCCTTCCCTTGTCCTGACGGCTTCAACAGCTGCCCTGACATCTGCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CGAGTGGCTGGCTGCAGCTTCCTCTGCCACAAG         GCCTTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104506 CGAGTGGCTGGCTGCAGCTTCCTCTGCCACAAGGTG...CAGGCCTTTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTGTGGCCGCAGTGACTACTTCCGAGCCCTGCTGGATGACCACTTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104659 CTGTGGCCGCAGTGACTACTTCCGAGCCCTGCTGGATGACCACTTCCGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGAGCGAGGAGCCAGCGACCTCAGGGGGCCCCCCAGCCGTCACCCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104709 AGAGCGAGGAGCCAGCGACCTCAGGGGGCCCCCCAGCCGTCACCCTGCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGCATCTCACCCGACGTCTTCACTCACGTGCTCTACTACATGTACAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104759 GGCATCTCACCCGACGTCTTCACTCACGTGCTCTACTACATGTACAGCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCACACTGAG         CTGTCCCCCGAGGCAGCCTATGATGTGCTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104809 CCACACTGAGGTG...CAGCTGTCCCCCGAGGCAGCCTATGATGTGCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GCGTCGCCGACATGTACCTGCTGCCAGGCCTGAAGAGGCTGTGCGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106991 GCGTCGCCGACATGTACCTGCTGCCAGGCCTGAAGAGGCTGTGCGGCCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGCCTGGCTCAGATGCTAGACGAGGACACTGTGGTGGGTGTGTGGCGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107041 AGCCTGGCTCAGATGCTAGACGAGGACACTGTGGTGGGTGTGTGGCGCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCCAAGCTCTTCCGCCTGGCGCGGCTTGAGGACCAGTGCACTGAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107091 GGCCAAGCTCTTCCGCCTGGCGCGGCTTGAGGACCAGTGCACTGAGTACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGGCCAAGGTCATTGAGAAG         CTGGTGGAGCGGGAGGACTTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107141 TGGCCAAGGTCATTGAGAAGGTG...TAGCTGGTGGAGCGGGAGGACTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTGGAGGCGGTGAAGGAGGAGGCAGCGGCTGTGGCAGCCCGGCAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107265 GTGGAGGCGGTGAAGGAGGAGGCAGCGGCTGTGGCAGCCCGGCAGGAGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGACTCTATCCCGCTGGTGGACGACATCCGCTTCCACGTGGCCAGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107315 GGACTCTATCCCGCTGGTGGACGACATCCGCTTCCACGTGGCCAGCACGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGCAGACCTACAGCGCCATAGAGGAGGCGCAGCAGCGTCTGCGGGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107365 TGCAGACCTACAGCGCCATAGAGGAGGCGCAGCAGCGTCTGCGGGCACTC

   1500     .    :    .    :    .    :
   1402 GAGGACCTGCTCGTGTCCATCGGTCTGGACTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 107415 GAGGACCTGCTCGTGTCCATCGGTCTGGACTGT