seq1 = pF1KE4094.tfa, 1320 bp
seq2 = pF1KE4094/gi568815592f_70568024.tfa (gi568815592f:70568024_70960331), 392308 bp

>pF1KE4094 1320
>gi568815592f:70568024_70960331 (Chr6)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-252  (164355-164488)   100% ->
253-338  (186957-187042)   100% ->
339-414  (205327-205402)   100% ->
415-495  (230634-230714)   100% ->
496-583  (268918-269005)   100% ->
584-708  (284517-284641)   100% ->
709-880  (288836-289007)   100% ->
881-1188  (289899-290206)   100% ->
1189-1320  (292177-292308)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACGCGCTCCTGTCGGGAGAAGGCTCAGAAGCTGAACGAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACGCGCTCCTGTCGGGAGAAGGCTCAGAAGCTGAACGAGCAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCTCATCCTATCCAAGCTTCTGAGGGAGGAGGACAACAAGTACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCTCATCCTATCCAAGCTTCTGAGGGAGGAGGACAACAAGTACTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGACTGCGAGGCCAAAG         GTCCTCGATGGGCTTCCTGGAAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 CCGACTGCGAGGCCAAAGGTA...TAGGTCCTCGATGGGCTTCCTGGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTGGTGTGTTTATTTGCATCAGATGTGCTGGAATTCATAGAAATCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164378 ATTGGTGTGTTTATTTGCATCAGATGTGCTGGAATTCATAGAAATCTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTTCATATATCCAGGGTCAAATCAGTCAACCTAGACCAATGGACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164428 GGTTCATATATCCAGGGTCAAATCAGTCAACCTAGACCAATGGACAGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACAGATACAG         TGCATGCAAGATATGGGAAATACTAAAGCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 164478 AACAGATACAGGTA...TAGTGCATGCAAGATATGGGAAATACTAAAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGACTACTCTATGAAGCCAATCTTCCAGAGAACTTTCGAAGACCACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186987 AGACTACTCTATGAAGCCAATCTTCCAGAGAACTTTCGAAGACCACAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGATCA         AGCAGTGGAATTTTTCATCAGAGATAAATATGAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187037 AGATCAGTA...CAGAGCAGTGGAATTTTTCATCAGAGATAAATATGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAAGAAATACTACGATAAAAATGCCATAGCTATTACAAAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 205362 AGAAGAAATACTACGATAAAAATGCCATAGCTATTACAAATGTA...TAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAAGAAAAGGAAAAAAAAAAGGAAGAGAAAAAGAGAGAAAAGGAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230634 AAAGAAAAGGAAAAAAAAAAGGAAGAGAAAAAGAGAGAAAAGGAGCCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAAGCCGGCAAAACCACTTACAGCTGAAAAG         CTGCAGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 230684 AAAGCCGGCAAAACCACTTACAGCTGAAAAGGTA...AAGCTGCAGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAGATCAGCAACTGGAGCCTAAAAAAAGTACCAGCCCTAAAAAAGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268928 AAGATCAGCAACTGGAGCCTAAAAAAAGTACCAGCCCTAAAAAAGCTGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGCCCACTGTGGATCTTTTAGGACTTG         ATGGCCCTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 268978 GAGCCCACTGTGGATCTTTTAGGACTTGGTA...CAGATGGCCCTGCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGCACCAGTGACCAACGGGAACACAACGGTGCCACCCCTGAACGATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284530 GGCACCAGTGACCAACGGGAACACAACGGTGCCACCCCTGAACGATGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGACATCTTTGGACCGATGATTTCTAATCCCTTACCTGCAACTGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284580 TGGACATCTTTGGACCGATGATTTCTAATCCCTTACCTGCAACTGTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCCCAGCTCAG         GGGACACCCTCTGCACCAGCAGCTGCAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 284630 CCCCCAGCTCAGGTA...CAGGGGACACCCTCTGCACCAGCAGCTGCAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCTGTCTACAGTAACATCTGGGGATCTAGATTTATTCACTGAGCAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288865 CCTGTCTACAGTAACATCTGGGGATCTAGATTTATTCACTGAGCAAACTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAAAATCAGAAGAAGTGGCAAAGAAACAACTTTCCAAAGACTCCATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288915 CAAAATCAGAAGAAGTGGCAAAGAAACAACTTTCCAAAGACTCCATCTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCTCTGTATGGCACAGGAACCATTCAACAGCAAAGTACTCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 288965 TCTCTGTATGGCACAGGAACCATTCAACAGCAAAGTACTCCTGGTA...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    881   GTGTATTTATGGGACCCACAAATATACCATTTACCTCACAAGCACCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289897 AGGTGTATTTATGGGACCCACAAATATACCATTTACCTCACAAGCACCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGCATTTCAGGGCTTTCCATCGATGGGCGTGCCTGTGCCTGCAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289947 CTGCATTTCAGGGCTTTCCATCGATGGGCGTGCCTGTGCCTGCAGCTCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGCCTTATAGGAAATGTGATGGGACAGAGTCCAAGCATGATGGTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289997 GGCCTTATAGGAAATGTGATGGGACAGAGTCCAAGCATGATGGTGGGCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCCATGCCCAATGGGTTTATGGGAAATGCACAAACTGGTGTGATGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290047 GCCCATGCCCAATGGGTTTATGGGAAATGCACAAACTGGTGTGATGCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTCCTCAGAACGTTGTTGGCCCCCAAGGAGGAATGGTGGGACAAATGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290097 TTCCTCAGAACGTTGTTGGCCCCCAAGGAGGAATGGTGGGACAAATGGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCACCCCAGAGTAAGTTTGGCCTGCCGCAAGCTCAGCAGCCCCAGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290147 GCACCCCAGAGTAAGTTTGGCCTGCCGCAAGCTCAGCAGCCCCAGTGGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCTCTCACAG         ATGAATCAGCAGATGGCTGGCATGAGTATCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 290197 CCTCTCACAGGTA...CAGATGAATCAGCAGATGGCTGGCATGAGTATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTAGTGCAACCCCTACTGCAGGTTTTGGCCAGCCCTCCAGCACAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292208 GTAGTGCAACCCCTACTGCAGGTTTTGGCCAGCCCTCCAGCACAACAGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGATGGTCTGGAAGCTCATCAGGTCAGACTCTCAGCACACAACTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292258 GGATGGTCTGGAAGCTCATCAGGTCAGACTCTCAGCACACAACTGTGGAA

   1400 
   1320 A
        |
 292308 A