seq1 = pF1KE4063.tfa, 1020 bp
seq2 = pF1KE4063/gi568815584f_22783288.tfa (gi568815584f:22783288_22986906), 203619 bp

>pF1KE4063 1020
>gi568815584f:22783288_22986906 (Chr14)

1-103  (100001-100103)   100% ->
104-445  (101387-101728)   100% ->
446-519  (101979-102052)   100% ->
520-727  (102737-102944)   100% ->
728-1020  (103327-103619)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACACGGACCTGGACACAGACATGGACATGGACACAGAAACCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACACGGACCTGGACACAGACATGGACATGGACACAGAAACCACAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTCTGCCCCTCTGGCAGCCGCCGGGCCTCCCCTCCAGGGACGCCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTCTGCCCCTCTGGCAGCCGCCGGGCCTCCCCTCCAGGGACGCCCACAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAG         AAGCAGATGCCACGCTACTAAAGAAGTCAGAGAAACTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGTG...TAGAAGCAGATGCCACGCTACTAAAGAAGTCAGAGAAACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGGCAGAGTTGGACCGGAGCGGGTTACCCTCTGCCCCTGGGGCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101425 TTGGCAGAGTTGGACCGGAGCGGGTTACCCTCTGCCCCTGGGGCCCCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACGAAGAGGCAGTATGCCTGTCCCCTACAAGCACCAGCTCCGGCGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101475 ACGAAGAGGCAGTATGCCTGTCCCCTACAAGCACCAGCTCCGGCGGGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCTGTAGATGAACTTGACTGGCCACCTCAGGCCTCATCCTCTGGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101525 AGGCTGTAGATGAACTTGACTGGCCACCTCAGGCCTCATCCTCTGGCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGACTCCTTGGGCTCAGGGGAGGCAGCCCCTGCTCAAAAGGATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101575 TCTGACTCCTTGGGCTCAGGGGAGGCAGCCCCTGCTCAAAAGGATGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCAAGGTCATGCTAGTGGGGGAGAGCGGCGTGGGCAAGAGCACCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101625 CTTCAAGGTCATGCTAGTGGGGGAGAGCGGCGTGGGCAAGAGCACCCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGGCACTTTTGGTGGTCTCCAGGGAGACAGTGCTCACGAACCGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101675 CAGGCACTTTTGGTGGTCTCCAGGGAGACAGTGCTCACGAACCGGAGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCAG         AGGATACCTATGAGAGACGCATCATGGTGGATAAGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101725 CCAGGTA...CAGAGGATACCTATGAGAGACGCATCATGGTGGATAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAAGTGACTCTAGTCGTTTATGACATCTGGGAACAG         GGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102016 GGAAGTGACTCTAGTCGTTTATGACATCTGGGAACAGGTG...CAGGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGCAGGAGGGTGGCTGCGGGACCACTGCCTTCAGACCGGGGACGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102741 ATGCAGGAGGGTGGCTGCGGGACCACTGCCTTCAGACCGGGGACGCCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCATCGTCTTCTCAGTCACCGACCGACGGAGTTTCTCCAAAGTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102791 CTCATCGTCTTCTCAGTCACCGACCGACGGAGTTTCTCCAAAGTTCCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GACCCTACTTCGGCTCCGGGCTGGGAGGCCGCACCACGACCTACCCGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102841 GACCCTACTTCGGCTCCGGGCTGGGAGGCCGCACCACGACCTACCCGTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCCTCGTTGGAAACAAGAGCGACTTGGCCCGCTCCCGGGAGGTATCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102891 TCCTCGTTGGAAACAAGAGCGACTTGGCCCGCTCCCGGGAGGTATCACTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGG         AGGGCCGCCACCTGGCCGGGACGCTGAGCTGCAAGCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102941 GAGGGTG...CAGAGGGCCGCCACCTGGCCGGGACGCTGAGCTGCAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CATCGAGACGTCGGCCGCACTGCACCACAACACGAGGGAGCTCTTCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103364 CATCGAGACGTCGGCCGCACTGCACCACAACACGAGGGAGCTCTTCGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCGCGGTGCGCCAGATCCGGCTGCGGCGGGGCCGAAACCACGCCGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103414 GCGCGGTGCGCCAGATCCGGCTGCGGCGGGGCCGAAACCACGCCGGAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAGAGGCCCGATCCGGGCAGCCCCGAGGGCCCTGCGCCACCTGCACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103464 CAGAGGCCCGATCCGGGCAGCCCCGAGGGCCCTGCGCCACCTGCACGCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGAGAGCCTCACCAAGAAAGCCAAGAGGTTCCTCGCCAACCTGGTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103514 CGAGAGCCTCACCAAGAAAGCCAAGAGGTTCCTCGCCAACCTGGTGCCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCAACGCCAAGTTCTTCAAGCAGCGCTCCAGGTCGTGTCACGACCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103564 GCAACGCCAAGTTCTTCAAGCAGCGCTCCAGGTCGTGTCACGACCTCTCG

   1050     .
   1015 GTGCTC
        ||||||
 103614 GTGCTC