seq1 = pF1KE4049.tfa, 834 bp
seq2 = pF1KE4049/gi568815588r_5540706.tfa (gi568815588r:5540706_5766551), 225846 bp

>pF1KE4049 834
>gi568815588r:5540706_5766551 (Chr10)

(complement)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-231  (113502-113689)   100% ->
232-382  (115189-115339)   100% ->
383-517  (117448-117582)   100% ->
518-709  (124591-124782)   100% ->
710-834  (125722-125846)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCCGGGCGGCGGACGGCTGCTTCCTGGGCGACGTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGAGCCCCGGGCGGCGGACGGCTGCTTCCTGGGCGACGTGGGTA...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   GTTTCTGGGTGGAGCGGACCCCTGTGCACGAGGCAGCCCAGCGGGGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113500 AGGTTTCTGGGTGGAGCGGACCCCTGTGCACGAGGCAGCCCAGCGGGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAGCCTGCAGCTGCAACAGCTGATCGAGAGCGGCGCCTGCGTGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113550 AGAGCCTGCAGCTGCAACAGCTGATCGAGAGCGGCGCCTGCGTGAACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCACCGTGGACTCCATCACGCCCCTGCACGCAGCCAGTCTGCAGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113600 GTCACCGTGGACTCCATCACGCCCCTGCACGCAGCCAGTCTGCAGGGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCGCGGTGTGTGCAGCTGCTGCTGGCGGCTGGGGCCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 113650 GGCGCGGTGTGTGCAGCTGCTGCTGGCGGCTGGGGCCCAGGTG...GAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGATGCTCGCAACATCGACGGCAGCACCCCGCTCTGCGATGCCTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115190 TGGATGCTCGCAACATCGACGGCAGCACCCCGCTCTGCGATGCCTGCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCGGGCAGCATCGAGTGTGTGAAGCTCTTGCTGTCCTACGGGGCCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115240 TCGGGCAGCATCGAGTGTGTGAAGCTCTTGCTGTCCTACGGGGCCAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAACCCTCCCCTGTACACAGCGTCCCCCCTGCACGAGGCCTGCATGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115290 CAACCCTCCCCTGTACACAGCGTCCCCCCTGCACGAGGCCTGCATGAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383          GGAGTTCCGAATGTGTGAGGCTTCTTATTGACGTCGGGGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115340 GTG...AAGGGAGTTCCGAATGTGTGAGGCTTCTTATTGACGTCGGGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATCTGGAAGCGCACGATTGCCATTTTGGGACCCCTCTGCACGTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117489 AATCTGGAAGCGCACGATTGCCATTTTGGGACCCCTCTGCACGTTGCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCCCGGGAGCATCTGGACTGTGTCAAAGTGCTGCTCAATGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 117539 TGCCCGGGAGCATCTGGACTGTGTCAAAGTGCTGCTCAATGCAGGTG...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    518    GGGCCAACGTGAATGCGGCAAAGCTTCATGAGACTGCCCTTCACCAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124588 CAGGGGCCAACGTGAATGCGGCAAAGCTTCATGAGACTGCCCTTCACCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCGGCCAAGGTCAAGAATGTTGACCTCATCGAGATGCTTATCGAGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124638 GCGGCCAAGGTCAAGAATGTTGACCTCATCGAGATGCTTATCGAGTTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGGCAACATCTACGCCCGGGACAACCGCGGGAAGAAGCCGTCTGACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124688 CGGCAACATCTACGCCCGGGACAACCGCGGGAAGAAGCCGTCTGACTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGTGGAGCAGCAGCGCTCCCGCCAAGTGCTTCGAGTACTACGAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 124738 CGTGGAGCAGCAGCGCTCCCGCCAAGTGCTTCGAGTACTACGAAAGTG..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    710     AGACACCTCTGACTCTGTCACAGCTCTGCAGGGTGAACTTGAGGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124788 .CAGAGACACCTCTGACTCTGTCACAGCTCTGCAGGGTGAACTTGAGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGCCACTGGCGTCCGAGGGCTGGAGAAGATTGCCAAGTTAAACATCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125768 GGCCACTGGCGTCCGAGGGCTGGAGAAGATTGCCAAGTTAAACATCCCGC

    850     .    :    .    :    .
    806 CCCGGCTCATTGATTACCTCTCCTACAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 125818 CCCGGCTCATTGATTACCTCTCCTACAAC