seq1 = pF1KE4045.tfa, 801 bp
seq2 = pF1KE4045/gi568815583f_30526821.tfa (gi568815583f:30526821_30735627), 208807 bp

>pF1KE4045 801
>gi568815583f:30526821_30735627 (Chr15)

1-129  (100001-100129)   99% ->
130-200  (103883-103953)   100% ->
201-297  (106670-106766)   100% ->
298-551  (107350-107603)   100% ->
552-660  (108260-108368)   100% ->
661-801  (108667-108807)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGATCAGAGGCTGGTGAAGTTGGCCCTGTTGCAGCATCTGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGGATCAGAGGCTGGTGAAGTTGGCCCTGTTGCAGCATCTGCGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCTATGGTATTAAGGTGAAGGGTGTCCGTGGGCAGTGCGATCGTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100051 CTTCTATGGTATTAAGGTGAAGGGTGTCCGTGGGCAGTGCGATCGCAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACATGAAACAGCAGCCACGGAAATAGGG         GGTAAAATATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 GACATGAAACAGCAGCCACGGAAATAGGGGTA...TAGGGTAAAATATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAGTACCTTTTAATGCACTGCCCCATTCTGCTGTACCAGAATATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103895 GGAGTACCTTTTAATGCACTGCCCCATTCTGCTGTACCAGAATATGGACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATTCCAAG         CTTTCTTGTCGATGCTTGCACATCTTTAGAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103945 CATTCCAAGGTA...CAGCTTTCTTGTCGATGCTTGCACATCTTTAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACATATTCATACCGAAGGGCTTTTTCGGAAATCAGGATCTGTGATTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106702 AACATATTCATACCGAAGGGCTTTTTCGGAAATCAGGATCTGTGATTCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTAAAAGCACTAAAG         AATAAAGTGGATCATGGTGAAGGTTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106752 CTAAAAGCACTAAAGGTG...CAGAATAAAGTGGATCATGGTGAAGGTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTATCTTCTGCACCTCCTTGTGATATTGCGGGACTTCTTAAGCAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107376 CCTATCTTCTGCACCTCCTTGTGATATTGCGGGACTTCTTAAGCAGTTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTAGGGAACTGCCAGAGCCCATTCTCCCAGCTGATTTGCATGAAGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107426 TTAGGGAACTGCCAGAGCCCATTCTCCCAGCTGATTTGCATGAAGCACTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGAAAGCTCAACAGTTAGGCACAGAGGAAAAGAATAAAGCTATACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107476 TTGAAAGCTCAACAGTTAGGCACAGAGGAAAAGAATAAAGCTATACTGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTCTCCTGTCTTCTGGCTGACCACACAGTTCATGTATTAAGATACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107526 GCTCTCCTGTCTTCTGGCTGACCACACAGTTCATGTATTAAGATACTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTAACTTTCTCAGGAATGTTTCTCTTAG         ATCCAGTGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107576 TTAACTTTCTCAGGAATGTTTCTCTTAGGTA...AAGATCCAGTGAGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGATGGATAGCAGCAATCTTGCAGTAATATTTGCACCAAATCTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108273 AAGATGGATAGCAGCAATCTTGCAGTAATATTTGCACCAAATCTTCTTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GACAAGTGAAGGACATGAAAAGATGTCTTCTAACGCAGAAAAGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108323 GACAAGTGAAGGACATGAAAAGATGTCTTCTAACGCAGAAAAGAAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661      GGCGTGTACCAGACTTTATCCTGGAAAAGATACCAGCCATGTTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108373 ..TAGGGCGTGTACCAGACTTTATCCTGGAAAAGATACCAGCCATGTTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTATTGATGGTCTCTGTGCTACTCCATCACTGGAAGGCTTTGAAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108712 GTATTGATGGTCTCTGTGCTACTCCATCACTGGAAGGCTTTGAAGAAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    756 GAATATGAAACTCCTGGTGAATATAAGAGAAAGAGAAGACAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108762 GAATATGAAACTCCTGGTGAATATAAGAGAAAGAGAAGACAACGTG