seq1 = pF1KE4034.tfa, 732 bp
seq2 = pF1KE4034/gi568815593f_176265564.tfa (gi568815593f:176265564_176471892), 206329 bp

>pF1KE4034 732
>gi568815593f:176265564_176471892 (Chr5)

1-183  (100001-100183)   100% ->
184-385  (100817-101018)   100% ->
386-561  (103244-103419)   100% ->
562-732  (106159-106329)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCGCGGCCGCTGGGCCCCTTGGTGCTGGCGCTGGGCGGCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCCGCGGCCGCTGGGCCCCTTGGTGCTGGCGCTGGGCGGCGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGGTGCTGGGCTCGGTGCTCTTCATCCTCTGGAAGACCTACTTCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGGTGCTGGGCTCGGTGCTCTTCATCCTCTGGAAGACCTACTTCGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGCCGAGAGCGGCGCTGGGACCGGGGAGAGGCCTGGTGGGGCGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGCCGAGAGCGGCGCTGGGACCGGGGAGAGGCCTGGTGGGGCGCGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGCCCGCCTCCCCGAGTGGGACGAGTGGGAC         CCCGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100151 GCTGCCCGCCTCCCCGAGTGGGACGAGTGGGACGTG...CAGCCCGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGAGGAGGACGAGGAGCCGGCGCTGGAGGAGCTGGAACAGCGCGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100825 CGAGGAGGACGAGGAGCCGGCGCTGGAGGAGCTGGAACAGCGCGAGGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGTGCTGGGGCTGGATGGCGCAGGCAAGAGCACGTTCCTGCGCGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100875 TGGTGCTGGGGCTGGATGGCGCAGGCAAGAGCACGTTCCTGCGCGTGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCGGGGAAGCCACCGCTGGAAGGCCACATCCCCACCTGGGGCTTCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100925 TCGGGGAAGCCACCGCTGGAAGGCCACATCCCCACCTGGGGCTTCAACTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGTGCGTCTGCCCACCAAGGACTTTGAGGTGGACCTGCTAGAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100975 CGTGCGTCTGCCCACCAAGGACTTTGAGGTGGACCTGCTAGAAAGTG...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386    TTGGGGGCAGCCAGAACCTGCGCTTCTACTGGAAGGAGTTTGTGAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103241 CAGTTGGGGGCAGCCAGAACCTGCGCTTCTACTGGAAGGAGTTTGTGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGTGGATGTGCTGGTGTTTGTGGTGGACTCGGCTGACCGACTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103291 GAGGTGGATGTGCTGGTGTTTGTGGTGGACTCGGCTGACCGACTGCGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCCTGGGCCCGACAGGAGCTGCACAAGCTGCTGGACAAGGACCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103341 GCCCTGGGCCCGACAGGAGCTGCACAAGCTGCTGGACAAGGACCCTGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCCTGTCGTCGTGGTGGCCAACAAGCAG         GACCTGAGCGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103391 TGCCTGTCGTCGTGGTGGCCAACAAGCAGGTG...CAGGACCTGAGCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCATGAGTATGGGGGAGCTGCAGCGGGAGCTGGGTCTACAGGCTATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106171 GCCATGAGTATGGGGGAGCTGCAGCGGGAGCTGGGTCTACAGGCTATCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TAACCAGCGGGAGGTTTTCCTCTTGGCAGCCAGCATTGCCCCTGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106221 TAACCAGCGGGAGGTTTTCCTCTTGGCAGCCAGCATTGCCCCTGCAGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCACCTTTGAAGAGCCTGGCACCGTGCACATCTGGAAACTGCTCTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106271 CCACCTTTGAAGAGCCTGGCACCGTGCACATCTGGAAACTGCTCTTGGAG

    750     .
    724 CTCCTCTCC
        |||||||||
 106321 CTCCTCTCC