seq1 = pF1KE4006.tfa, 378 bp
seq2 = pF1KE4006/gi568815597f_228387816.tfa (gi568815597f:228387816_228593274), 205459 bp

>pF1KE4006 378
>gi568815597f:228387816_228593274 (Chr1)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-156  (101145-101237)   100% ->
157-378  (105238-105459)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGGGCCCCGAGCCGCCCGAGTGGGAACCGCGCTGGAGGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCGGGCCCCGAGCCGCCCGAGTGGGAACCGCGCTGGAGGAAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCGCGGCAAG         GAGAACAAGGGGTCTGTGGAAATCATGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCGCGGCAAGGTG...CAGGAGAACAAGGGGTCTGTGGAAATCATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAAAGGACTTGAATGACGCCCGGGACCTGCATGGCCAGGCAGAGTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101173 GAAAGGACTTGAATGACGCCCGGGACCTGCATGGCCAGGCAGAGTCAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGCAGTGTGGAAG         GGACACGTGATGGACCGTAGGAAGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101223 GCTGCAGTGTGGAAGGCA...CAGGGACACGTGATGGACCGTAGGAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCACTGACCGACTACAAGAAGCTGCGGGCCTTCTTTGTGGAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105264 GGCACTGACCGACTACAAGAAGCTGCGGGCCTTCTTTGTGGAGGAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCATTTCCTGCAGGAGGCTGAGAAGGAGGAGGGGCTCCCTGAGGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105314 AGCATTTCCTGCAGGAGGCTGAGAAGGAGGAGGGGCTCCCTGAGGACGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGCTGACCCCACTGAGCGGTTCAGGTCACTGCTGCAGGCGGTCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105364 CTGGCTGACCCCACTGAGCGGTTCAGGTCACTGCTGCAGGCGGTCTCGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    333 GCTGGAGAAGAAGCATCGCAACCTGGGCCTCAGCATGCTGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105414 GCTGGAGAAGAAGCATCGCAACCTGGGCCTCAGCATGCTGCTGCAG