seq1 = pF1KE3991.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KE3991/gi568815597r_75818955.tfa (gi568815597r:75818955_76032291), 213337 bp

>pF1KE3991 885
>gi568815597r:75818955_76032291 (Chr1)

(complement)

1-401  (100001-100401)   100% ->
402-681  (109933-110212)   99% ->
682-885  (113134-113337)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTAAATCTACTAAATTATGTGGTAAGACTTCTTGTCCAAGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTAAATCTACTAAATTATGTGGTAAGACTTCTTGTCCAAGAAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATATTCTGCAATCTCCTTGACAAAATTGTTAAAAGACCCTCCCTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATATTCTGCAATCTCCTTGACAAAATTGTTAAAAGACCCTCCCTACAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTTGGGTCAGTGGGGATATCACTGTTACGAACCAAGGATTTACAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTTGGGTCAGTGGGGATATCACTGTTACGAACCAAGGATTTACAGATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCAAAAATTCTGAGGTATGTGGACTTGGATGGTTTTGACGCACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGCAAAAATTCTGAGGTATGTGGACTTGGATGGTTTTGACGCACTACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACAGATTACATTGCATTTGTGGAAAAATCAGGATACCGTTTTGAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACAGATTACATTGCATTTGTGGAAAAATCAGGATACCGTTTTGAAGTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTTTTAACCTCGACTTCACTGAAATATGTGTGAATACAATTCTGTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTTTTAACCTCGACTTCACTGAAATATGTGTGAATACAATTCTGTACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTTTTTGCCAGAAAAGGTAATCCTGACTTTGTGGAATTGCTTCTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTTTTTGCCAGAAAAGGTAATCCTGACTTTGTGGAATTGCTTCTCAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GACAAAAGACTATGTTCAAGACAGAAGTTGTAACCTGGCACTGATATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GACAAAAGACTATGTTCAAGACAGAAGTTGTAACCTGGCACTGATATGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 G         AACTTTCACACCAGTATACTGTCCAAGCCCATTAAGTGGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGTA...CAGAACTTTCACACCAGTATACTGTCCAAGCCCATTAAGTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATCACACCTCTCTTTTATGTAGCTCAGACAAGACAGTCTAATATCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109973 ATCACACCTCTCTTTTATGTAGCTCAGACAAGACAGTCTAATATCTTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AATACTACTGCAATATGGAATTTTAGAAAGAGAAAAAAACCCTATCAACA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 110023 AATACTACTGCAATATGGAATCTTAGAAAGAGAAAAAAACCCTATCAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTGTCTTAACAATAGTACTCTACCCTTCGAGAGTAAGAGTAATGGTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110073 TTGTCTTAACAATAGTACTCTACCCTTCGAGAGTAAGAGTAATGGTTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGTGAATTGGCTGACATCCATGAAGATGCCAAAACATGTTTGGTACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110123 CGTGAATTGGCTGACATCCATGAAGATGCCAAAACATGTTTGGTACTATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTCCAGAGTGCTTTCTGTCATTTCAGTCAAGGAAATAAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110173 TTCCAGAGTGCTTTCTGTCATTTCAGTCAAGGAAATAAAGGTA...CAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CACAGCTGAGTTTAGGAAGACATCCAATTATTTCAAATTGGTTTGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113135 CACAGCTGAGTTTAGGAAGACATCCAATTATTTCAAATTGGTTTGATTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATTCCTTCAACAAGATACAAAGATCCATGTGAACTATTACATCTTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113185 ATTCCTTCAACAAGATACAAAGATCCATGTGAACTATTACATCTTTGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ACTAACCATCAGGAATCAACTATTAACCAACAATATGCTCCCAGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113235 ACTAACCATCAGGAATCAACTATTAACCAACAATATGCTCCCAGATGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TATTTTCACTTCTAATTCCTGCTCGTCTACAAAACTATCTGAATTTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113285 TATTTTCACTTCTAATTCCTGCTCGTCTACAAAACTATCTGAATTTAGAA

    900 
    883 ATC
        |||
 113335 ATC