seq1 = pF1KE3967.tfa, 1212 bp
seq2 = pF1KE3967/gi568815586r_117934199.tfa (gi568815586r:117934199_118152480), 218282 bp

>pF1KE3967 1212
>gi568815586r:117934199_118152480 (Chr12)

(complement)

7-182  (99996-100171)   98% ->
183-427  (109104-109348)   99% ->
428-559  (109509-109640)   100% ->
560-660  (114093-114193)   100% ->
661-833  (115971-116143)   100% ->
834-944  (117157-117267)   100% ->
945-1052  (117388-117495)   99% ->
1053-1212  (118123-118282)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 GCCGGAGAGGAACCGCTGCTGCTGGCCGAACTCAAGCCCGGGCGCCCCCA
        |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 GCCCCAGAGGAACCGCTGCTGCTGGCCGAACTCAAGCCCGGGCGCCCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 CCAGTTTGATTGGAAGTCCAGCTGTGAAACCTGGAGCGTCGCCTTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 CCAGTTTGATTGGAAGTCCAGCTGTGAAACCTGGAGCGTCGCCTTCTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 CAGATGGCTCCTGGTTTGCTTGGTCTCAAGGACACTGCATCGTCAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100096 CAGATGGCTCCTGGTTTGCTTGGTCTCAAGGACACTGCATCGTCAAACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    157 ATCCCCTGGCCGTTGGAGGAGCAGTT         CATCCCTAAAGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100146 ATCCCCTGGCCGTTGGAGGAGCAGTTGTA...CAGCATCCCTAAAGGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 TGAAGCCAAAAGCCGAAGTAGCAAAAATGAGACGAAAGGGCGAGGCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 109119 TGAAGCCAAAAGCCGAAGTAGCAAAAATGAGACGAAAGGGCGGGGCAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248 CAAAAGAGAAGACGCTGGACTGTGGTCAGATTGTCTGGGGGCTGGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109169 CAAAAGAGAAGACGCTGGACTGTGGTCAGATTGTCTGGGGGCTGGCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298 AGCCCGTGGCCTTCCCCACCCAGCAGGAAGCTCTGGGCACGCCACCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109219 AGCCCGTGGCCTTCCCCACCCAGCAGGAAGCTCTGGGCACGCCACCACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    348 CCAAGTGCCCGATGTCTCTTGCCTGGTTCTTGCTACGGGACTCAACGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109269 CCAAGTGCCCGATGTCTCTTGCCTGGTTCTTGCTACGGGACTCAACGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    398 GGCAGATCAAGATCTGGGAGGTGCAGACAG         GGCTCCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109319 GGCAGATCAAGATCTGGGAGGTGCAGACAGGTA...CAGGGCTCCTGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439 TTGAATCTTTCCGGCCACCAAGATGTCGTGAGAGATCTGAGCTTCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109520 TTGAATCTTTCCGGCCACCAAGATGTCGTGAGAGATCTGAGCTTCACACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    489 CAGTGGCAGTTTGATTTTGGTCTCCGCGTCACGGGATAAGACTCTTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109570 CAGTGGCAGTTTGATTTTGGTCTCCGCGTCACGGGATAAGACTCTTCGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539 TCTGGGACCTGAATAAACACG         GTAAACAGATTCAAGTGTTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109620 TCTGGGACCTGAATAAACACGGTA...CAGGTAAACAGATTCAAGTGTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580 TCGGGCCACCTGCAGTGGGTTTACTGCTGTTCCATCTCCCCAGACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114113 TCGGGCCACCTGCAGTGGGTTTACTGCTGTTCCATCTCCCCAGACTGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630 CATGCTGTGCTCTGCAGCTGGAGAGAAGTCG         GTCTTTCTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114163 CATGCTGTGCTCTGCAGCTGGAGAGAAGTCGGTG...CAGGTCTTTCTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    671 GGAGCATGAGGTCCTACACGTTAATTCGGAAGCTAGAGGGCCATCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115981 GGAGCATGAGGTCCTACACGTTAATTCGGAAGCTAGAGGGCCATCAAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    721 AGTGTTGTCTCTTGTGACTTCTCCCCCGACTCTGCCCTGCTTGTCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116031 AGTGTTGTCTCTTGTGACTTCTCCCCCGACTCTGCCCTGCTTGTCACGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    771 TTCTTACGATACCAATGTGATTATGTGGGACCCCTACACCGGCGAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116081 TTCTTACGATACCAATGTGATTATGTGGGACCCCTACACCGGCGAAAGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    821 TGAGGTCACTCCA         CCACACCCAGGTTGACCCCGCCATGGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116131 TGAGGTCACTCCAGTA...CAGCCACACCCAGGTTGACCCCGCCATGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862 GACAGTGACGTCCACATTAGCTCACTGAGATCTGTGTGCTTCTCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117185 GACAGTGACGTCCACATTAGCTCACTGAGATCTGTGTGCTTCTCTCCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    912 AGGCTTGTACCTTGCCACGGTGGCAGATGACAG         ACTCCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117235 AGGCTTGTACCTTGCCACGGTGGCAGATGACAGGTA...CAGACTCCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953 GGATCTGGGCCCTAGAACTGAAAACTCCCATTGCATTTGCTCCTATGACC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117396 GGATCTGGGCCCTGGAACTGAAAACTCCCATTGCATTTGCTCCTATGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003 AATGGGCTTTGCTGCACATTTTTTCCACATGGTGGAGTCATTGCCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117446 AATGGGCTTTGCTGCACATTTTTTCCACATGGTGGAGTCATTGCCACAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1053          GACAAGAGATGGCCACGTCCAGTTCTGGACAGCTCCTAGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117496 GTA...TAGGACAAGAGATGGCCACGTCCAGTTCTGGACAGCTCCTAGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1094 TCCTGTCCTCACTGAAGCACTTATGCCGGAAAGCCCTTCGAAGTTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118164 TCCTGTCCTCACTGAAGCACTTATGCCGGAAAGCCCTTCGAAGTTTCCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1144 ACAACTTACCAAGTCCTAGCACTGCCAATCCCCAAGAAAATGAAAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118214 ACAACTTACCAAGTCCTAGCACTGCCAATCCCCAAGAAAATGAAAGAGTT

   1250     .    :    .
   1194 CCTCACATACAGGACTTTT
        |||||||||||||||||||
 118264 CCTCACATACAGGACTTTT