seq1 = pF1KE3964.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KE3964/gi568815583r_78183435.tfa (gi568815583r:78183435_78393274), 209840 bp

>pF1KE3964 915
>gi568815583r:78183435_78393274 (Chr15)

(complement)

11-40  (98300-98329)   100% ->
41-146  (100003-100108)   100% ->
147-319  (100487-100659)   100% ->
320-468  (103176-103324)   100% ->
469-562  (103563-103656)   100% ->
563-656  (104893-104986)   100% ->
657-749  (107142-107234)   100% ->
750-828  (107936-108014)   100% ->
829-915  (109754-109840)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 AGTACGGTATTCTCTTCAAACAAGAGCAAG         CCCATGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  98300 AGTACGGTATTCTCTTCAAACAAGAGCAAGGTA...TAGCCCATGATGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     52 GCCATTTGGTCAGTTGCTTGGGGGACAAACAAGAAGGAAAACTCTGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 GCCATTTGGTCAGTTGCTTGGGGGACAAACAAGAAGGAAAACTCTGAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    102 AGTGGTCACAGGCTCCCTAGATGACCTGGTGAAGGTCTGGAAATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100064 AGTGGTCACAGGCTCCCTAGATGACCTGGTGAAGGTCTGGAAATGGTG..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    147     GCGTGATGAGAGGCTGGACCTACAGTGGAGTCTGGAGGGACATCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100114 .AAGGCGTGATGAGAGGCTGGACCTACAGTGGAGTCTGGAGGGACATCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193 CTGGGAGTGGTGTCTGTGGACATCAGCCACACCCTGCCCATTGCTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100533 CTGGGAGTGGTGTCTGTGGACATCAGCCACACCCTGCCCATTGCTGCATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    243 CAGCTCTCTTGATGCTCATATTCGTCTTTGGGACTTGGAAAATGGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100583 CAGCTCTCTTGATGCTCATATTCGTCTTTGGGACTTGGAAAATGGCAAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    293 AGATAAAGTCCATAGATGCAGGACCTG         TGGATGCCTGGACT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100633 AGATAAAGTCCATAGATGCAGGACCTGGTA...CAGTGGATGCCTGGACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334 TTGGCCTTTTCTCCTGATTCCCAGTATCTGGCCACAGGAACTCATGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103190 TTGGCCTTTTCTCCTGATTCCCAGTATCTGGCCACAGGAACTCATGTCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384 GAAAGTGAACATTTTTGGTGTGGAAAGTGGGAAAAAGGAATATTCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103240 GAAAGTGAACATTTTTGGTGTGGAAAGTGGGAAAAAGGAATATTCTTTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    434 ACACGAGAGGAAAATTCATTCTTAGTATTGCATAT         AGTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103290 ACACGAGAGGAAAATTCATTCTTAGTATTGCATATGTA...CAGAGTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475 GATGGGAAATACCTAGCCAGTGGAGCCATAGATGGAATCATCAATATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103569 GATGGGAAATACCTAGCCAGTGGAGCCATAGATGGAATCATCAATATTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    525 TGATATTGCAACTGGAAAACTTCTGCATACCCTGGAAG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103619 TGATATTGCAACTGGAAAACTTCTGCATACCCTGGAAGGTA...CAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    566 ATGCCATGCCCATTCGCTCCTTGACCTTTTCCCCGGACTCCCAGCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104896 ATGCCATGCCCATTCGCTCCTTGACCTTTTCCCCGGACTCCCAGCTCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    616 GTCACTGCTTCAGATGATGGCTACATCAAGATCTATGATGT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104946 GTCACTGCTTCAGATGATGGCTACATCAAGATCTATGATGTGTA...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    657 ACAACATGCCAATTTGGCTGGCACGCTGAGCGGCCATGCCTCCTGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107142 ACAACATGCCAATTTGGCTGGCACGCTGAGCGGCCATGCCTCCTGGGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    707 TGAACGTTGCATTCTGTCCTGATGACACTCACTTTGTTTCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107192 TGAACGTTGCATTCTGTCCTGATGACACTCACTTTGTTTCCAGGTA...T

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750   TTCGTCTGACAAAAGTGTAAAAGTTTGGGATGTTGGAACGAGGACTTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107934 AGTTCGTCTGACAAAAGTGTAAAAGTTTGGGATGTTGGAACGAGGACTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    798 TGTTCACACCTTCTTTGATCACCAGGATCAG         GTCTGGGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107984 TGTTCACACCTTCTTTGATCACCAGGATCAGGTA...CAGGTCTGGGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    839 TAAAATACAATGGAAATGGTTCAAAAATTGTGTCTGTTGGAGATGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109764 TAAAATACAATGGAAATGGTTCAAAAATTGTGTCTGTTGGAGATGACCAG

    950     .    :    .    :    .
    889 GAAATTCACATCTATGATTGTCCAATT
        |||||||||||||||||||||||||||
 109814 GAAATTCACATCTATGATTGTCCAATT