seq1 = pF1KE3938.tfa, 573 bp
seq2 = pF1KE3938/gi568815581f_41921578.tfa (gi568815581f:41921578_42123890), 202313 bp

>pF1KE3938 573
>gi568815581f:41921578_42123890 (Chr17)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-336  (100822-101063)   100% ->
337-573  (102077-102313)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAGAGCTGCAAGGTGGTCGTGTGTGGCCAGGCGTCTGTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAAGAGCTGCAAGGTGGTCGTGTGTGGCCAGGCGTCTGTGGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACTTCAATCCTGGAGCAGCTTCTGTATGGGAACCATGTAGTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 AACTTCAATCCTGGAGCAGCTTCTGTATGGGAACCATGTAGTGGGTG...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    GTTCGGAGATGATCGAGACGCAGGAGGACATCTACGTGGGCTCCATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100819 CAGGTTCGGAGATGATCGAGACGCAGGAGGACATCTACGTGGGCTCCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGACAGACCGGGGGGTGCGAGAGCAGGTGCGTTTCTATGACACCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100869 GAGACAGACCGGGGGGTGCGAGAGCAGGTGCGTTTCTATGACACCCGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTCCGAGATGGGGCCGAACTGCCCCGACACTGCTTCTCTTGCACTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100919 GCTCCGAGATGGGGCCGAACTGCCCCGACACTGCTTCTCTTGCACTGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTACGTCCTGGTCTATAGCACAGATAGCAGAGAGTCTTTTCAGCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100969 GCTACGTCCTGGTCTATAGCACAGATAGCAGAGAGTCTTTTCAGCGTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCTGCTCAAGAAGGAGATTGACAAATCCAAGGACAAGAAGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101019 GAGCTGCTCAAGAAGGAGATTGACAAATCCAAGGACAAGAAGGAGGTG..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337     GTCACCATCGTGGTCCTTGGCAACAAGTGTGACTTACAGGAGCAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101069 .CAGGTCACCATCGTGGTCCTTGGCAACAAGTGTGACTTACAGGAGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCGTGTAGACCCAGATGTGGCTCAGCACTGGGCCAAGTCAGAGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102123 GGCGTGTAGACCCAGATGTGGCTCAGCACTGGGCCAAGTCAGAGAAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGCTGTGGGAGGTGTCAGTGGCGGACCGGCGCTCCCTCCTGGAGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102173 AAGCTGTGGGAGGTGTCAGTGGCGGACCGGCGCTCCCTCCTGGAGCCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTCTACTTGGCCAGCAAGATGACGCAACCCCAGAGCAAGTCTGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102223 TGTCTACTTGGCCAGCAAGATGACGCAACCCCAGAGCAAGTCTGCCTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCTCAGCCGGAAGAACAAGGGCAGCGGCTCCTTGGATGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102273 CCCTCAGCCGGAAGAACAAGGGCAGCGGCTCCTTGGATGGC