seq1 = pF1KE3934.tfa, 1635 bp
seq2 = pF1KE3934/gi568815579f_6641009.tfa (gi568815579f:6641009_6851208), 210200 bp

>pF1KE3934 1635
>gi568815579f:6641009_6851208 (Chr19)

1-24  (98754-98777)   100% ->
25-140  (100002-100117)   100% ->
141-197  (100217-100273)   100% ->
198-345  (101959-102106)   100% ->
346-408  (102186-102248)   100% ->
409-513  (102486-102590)   100% ->
514-642  (102700-102828)   100% ->
643-789  (103546-103692)   100% ->
790-984  (103792-103986)   100% ->
985-1094  (105444-105553)   100% ->
1095-1227  (108926-109058)   100% ->
1228-1367  (109284-109423)   100% ->
1368-1489  (109504-109625)   100% ->
1490-1635  (110055-110200)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTGGGGCACTGAGCTGTGG         GATCAGTTCGAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  98754 ATGGATTGGGGCACTGAGCTGTGGGTA...CAGGATCAGTTCGAGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGAGCGCCACACGCAGTGGGGGCTGGACCTGTTGGACAGATATGTAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 CGAGCGCCACACGCAGTGGGGGCTGGACCTGTTGGACAGATATGTAAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCGTGAAAGAACGCACCGAAGTGGAACAGGCTTACGCCAAACAACTGCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100069 TCGTGAAAGAACGCACCGAAGTGGAACAGGCTTACGCCAAACAACTGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141         GAGCCTGGTGAAAAAATATCTGCCCAAGAGACCTGCCAAGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100119 TG...TAGGAGCCTGGTGAAAAAATATCTGCCCAAGAGACCTGCCAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGATCCTGAGTCCAA         ATTCAGCCAGCAACAGTCCTTCGTAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100259 TGATCCTGAGTCCAAGTA...CAGATTCAGCCAGCAACAGTCCTTCGTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGATTCTCCAGGAGGTGAATGACTTTGCAGGCCAGCGGGAGCTGGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101985 AGATTCTCCAGGAGGTGAATGACTTTGCAGGCCAGCGGGAGCTGGTGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGAACCTCAGTGTCCGTGTATGTCTTGAGCTGACCAAGTACTCACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102035 GAGAACCTCAGTGTCCGTGTATGTCTTGAGCTGACCAAGTACTCACAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATGAAACAGGAGAGGAAGATG         CACTTCCAAGAAGGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102085 GATGAAACAGGAGAGGAAGATGGTG...TAGCACTTCCAAGAAGGGCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGGCCCAGCAGCAGCTGGAAAATGGCTTTAAACAGCTGGAGAAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102205 GGGCCCAGCAGCAGCTGGAAAATGGCTTTAAACAGCTGGAGAATGTG...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    409    AGTAAGCGTAAATTTGAGCGGGACTGCCGGGAGGCAGAGAAGGCAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102483 CAGAGTAAGCGTAAATTTGAGCGGGACTGCCGGGAGGCAGAGAAGGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCAGACTGCTGAACGGCTAGACCAGGATATCAACGCCACCAAGGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102533 CCAGACTGCTGAACGGCTAGACCAGGATATCAACGCCACCAAGGCTGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGAGAAG         GCCAAGCAGCAAGCCCACCTTCGGAGTCACATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102583 TGGAGAAGGTG...CAGGCCAAGCAGCAAGCCCACCTTCGGAGTCACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCCGAAGAAAGCAAAAACGAATATGCGGCTCAACTGCAGCGCTTCAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102733 GCCGAAGAAAGCAAAAACGAATATGCGGCTCAACTGCAGCGCTTCAACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGACCAAGCCCACTTCTATTTTTCACAGATGCCCCAGATATTCGAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102783 AGACCAAGCCCACTTCTATTTTTCACAGATGCCCCAGATATTCGATGTG.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643      AAGCTCCAAGACATGGATGAACGCAGGGCCACCCGCCTGGGTGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102833 ..CAGAAGCTCCAAGACATGGATGAACGCAGGGCCACCCGCCTGGGTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGGTATGGGCTCCTGTCGGAGGCCGAGCTGGAGGTGGTGCCCATAATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103591 GGGTATGGGCTCCTGTCGGAGGCCGAGCTGGAGGTGGTGCCCATAATAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAAGTGCTTGGAGGGCATGAAGGTGGCTGCAAATGCTGTGGATCCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103641 CAAGTGCTTGGAGGGCATGAAGGTGGCTGCAAATGCTGTGGATCCCAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AC         GACTCCCACGTCCTTATAGAGCTGCACAAGTCAGGTTTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103691 ACGTG...CAGGACTCCCACGTCCTTATAGAGCTGCACAAGTCAGGTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCCCGCCCGGGCGACGTGGAATTCGAGGACTTCAGCCAGCCCATGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103831 GCCCGCCCGGGCGACGTGGAATTCGAGGACTTCAGCCAGCCCATGAACCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGCACCCTCCGACAGCAGTCTGGGCACCCCCTCGGATGGACGGCCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103881 TGCACCCTCCGACAGCAGTCTGGGCACCCCCTCGGATGGACGGCCTGAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCCGAGGCCCGGGTCGCAGCCGCACCAAGCGCTGGCCTTTTGGCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103931 TCCGAGGCCCGGGTCGCAGCCGCACCAAGCGCTGGCCTTTTGGCAAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AACAAG         ACAGTGGTGACCGAGGATTTTAGCCACTTGCCCCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103981 AACAAGGTG...CAGACAGTGGTGACCGAGGATTTTAGCCACTTGCCCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAGCAGCAGCGAAAACGGCTTCAACAGCAGTTGGAAGAACGCAGTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105479 AGAGCAGCAGCGAAAACGGCTTCAACAGCAGTTGGAAGAACGCAGTCGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AACTTCAGAAGGAGGTTGACCAGAG         GGAAGCCCTAAAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105529 AACTTCAGAAGGAGGTTGACCAGAGGTA...TAGGGAAGCCCTAAAGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATGAAGGATGTCTATGAGAAGACACCTCAGATGGGGGACCCCGCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108942 ATGAAGGATGTCTATGAGAAGACACCTCAGATGGGGGACCCCGCCAGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGAGCCCCAGATCGCTGAAACCCTGAGCAACATTGAACGGCTGAAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108992 GGAGCCCCAGATCGCTGAAACCCTGAGCAACATTGAACGGCTGAAATTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAGTGCAGAAGTATGAG         GCGTGGCTGGCAGAAGCTGAAAGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109042 AAGTGCAGAAGTATGAGGTC...CAGGCGTGGCTGGCAGAAGCTGAAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CGAGTCCTTAGCAACCGGGGAGACAGCCTGAGCCGGCACGCCCGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109308 CGAGTCCTTAGCAACCGGGGAGACAGCCTGAGCCGGCACGCCCGGCCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CGACCCCCCCGCTAGCGCCCCGCCAGACAGCAGCAGCAACAGCGCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109358 CGACCCCCCCGCTAGCGCCCCGCCAGACAGCAGCAGCAACAGCGCATCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGGACACCAAGGAGAG         CTCTGAAGAGCCTCCCTCAGAAGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109408 AGGACACCAAGGAGAGGTG...CAGCTCTGAAGAGCCTCCCTCAGAAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AGCCAGGACACCCCCATTTACACGGAGTTTGATGAGGATTTCGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109529 AGCCAGGACACCCCCATTTACACGGAGTTTGATGAGGATTTCGAGGAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ACCCACATCCCCCATAGGTCACTGTGTGGCCATCTACCACTTTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109579 ACCCACATCCCCCATAGGTCACTGTGTGGCCATCTACCACTTTGAAGGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1490       GGTCCAGCGAGGGCACTATCTCTATGGCCGAGGGTGAAGACCTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109629 ...CAGGGTCCAGCGAGGGCACTATCTCTATGGCCGAGGGTGAAGACCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AGTCTTATGGAAGAAGACAAAGGGGACGGCTGGACCCGGGTCAGGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110099 AGTCTTATGGAAGAAGACAAAGGGGACGGCTGGACCCGGGTCAGGCGGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGAGGGAGGCGAGGGCTACGTGCCCACCTCCTACCTCCGAGTCACGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110149 AGAGGGAGGCGAGGGCTACGTGCCCACCTCCTACCTCCGAGTCACGCTCA

   1750 
   1634 AT
        ||
 110199 AT