seq1 = pF1KE3930.tfa, 1203 bp
seq2 = pF1KE3930/gi568815581r_1546445.tfa (gi568815581r:1546445_1749804), 203360 bp

>pF1KE3930 1203
>gi568815581r:1546445_1749804 (Chr17)

(complement)

1-228  (100001-100228)   100% ->
229-322  (100300-100393)   100% ->
323-429  (100499-100605)   100% ->
430-675  (100761-101006)   100% ->
676-821  (101310-101455)   100% ->
822-944  (101848-101970)   100% ->
945-1028  (102816-102899)   100% ->
1029-1203  (103186-103360)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCAGGAGGGCGGCGCCCGGGGTGCCTGGCTGGGGGTCTCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCCAGGAGGGCGGCGCCCGGGGTGCCTGGCTGGGGGTCTCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCGGGGTCGGCATCGGCCGCGGAGCTTGTGTACCATCTAGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGCGGGGTCGGCATCGGCCGCGGAGCTTGTGTACCATCTAGCCGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGGGCACTGAGCTGCAGGATCTGGCGCGCCGTTTCGGGCCGGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTGGGCACTGAGCTGCAGGATCTGGCGCGCCGTTTCGGGCCGGAGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGCCGGGCTGGTGCCGCTAGTGGTGCGGGCGCTGGAGCTCTTGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGGCCGGGCTGGTGCCGCTAGTGGTGCGGGCGCTGGAGCTCTTGGAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCTGCCGTGGGGCCCGCCCCGGACTCG         CTGCAGGTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100201 GGCTGCCGTGGGGCCCGCCCCGGACTCGGTG...CAGCTGCAGGTGTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGCAGCCGGCGGAGCAGGAGCTGCGGCGGCTGCGGGAGGAGAACGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100313 CGCAGCCGGCGGAGCAGGAGCTGCGGCGGCTGCGGGAGGAGAACGAGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCCGCAGGGAGCTGCGCGCGGGGCCACAGG         AGGAGCGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100363 CTCCGCAGGGAGCTGCGCGCGGGGCCACAGGGTA...CAGAGGAGCGCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGCTGCGGCAGCTCAAGGAGGTCACGGACCGACAGCGGGACGAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100509 GCTGCTGCGGCAGCTCAAGGAGGTCACGGACCGACAGCGGGACGAACTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGGCGCACAACCGCGACCTGCGGCAGCGCGGCCAGGAGACCGAGGCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100559 GGGCGCACAACCGCGACCTGCGGCAGCGCGGCCAGGAGACCGAGGCGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       TTGCAGGAGCAGCTGCAGCGCCTCCTGCTGGTGAACGCTGAGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100609 ...CAGTTGCAGGAGCAGCTGCAGCGCCTCCTGCTGGTGAACGCTGAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCGGCACAAGCTGGCGGCCATGCAGACCCAGCTGCGCGCCGCGCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100805 GCGGCACAAGCTGGCGGCCATGCAGACCCAGCTGCGCGCCGCGCAGGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCGAGAGGGAGCGCCAGCAGCCTGGCGAAGCCGCGACTCCGCAGGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100855 GCGAGAGGGAGCGCCAGCAGCCTGGCGAAGCCGCGACTCCGCAGGCTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGCGAGCGCGGGGGCAGGCCGGGCGGCCCGGGCACCAGCACGGACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100905 GAGCGAGCGCGGGGGCAGGCCGGGCGGCCCGGGCACCAGCACGGACAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCCGAATGGGCGACCGCCGGCGCAGGCGCCCCAGGGAACCCTGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100955 GCCCGAATGGGCGACCGCCGGCGCAGGCGCCCCAGGGAACCCTGAGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CG         GCGGAGGCCGCGCAGCAGCTCGGGCGCCCCTCGGAGGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101005 CGGTG...AAGGCGGAGGCCGCGCAGCAGCTCGGGCGCCCCTCGGAGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGGCAGTGCCGCTTCAGTCGGGAGGAGTTTGAGCAGATCCTTCAGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101349 GGGCAGTGCCGCTTCAGTCGGGAGGAGTTTGAGCAGATCCTTCAGGAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAATGAACTCAAAGCCAAAGTGTTCCTGCTCAAGGAGGAACTGGCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101399 GAATGAACTCAAAGCCAAAGTGTTCCTGCTCAAGGAGGAACTGGCCTACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCAGCG         GGAGCTGCTCACAGACCACCGGGTCCCCGGCCTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 TCCAGCGGTG...TAGGGAGCTGCTCACAGACCACCGGGTCCCCGGCCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGCTCGAGGCCATGAAGGTGGCTGTCCGGAAGCAGCGGAAGAAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101882 CTGCTCGAGGCCATGAAGGTGGCTGTCCGGAAGCAGCGGAAGAAGATCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGCCAAGATGTTAGGGACACCAGAGGAAGCAGAGAGCAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101932 GGCCAAGATGTTAGGGACACCAGAGGAAGCAGAGAGCAGGTA...CAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGATGAGGCTGGCCCATGGATCCTGCTCTCCGATGACAAGGGAGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102818 AGGATGAGGCTGGCCCATGGATCCTGCTCTCCGATGACAAGGGAGACCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCCCCACCCCCGGAGTCCAAAATACAGAGTTT         CTTTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102868 CCCCCACCCCCGGAGTCCAAAATACAGAGTTTGTA...CAGCTTTGGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATGGTATCGGGGTAAAGCTGAATCCTCTGAGGATGAGACCAGCAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103195 ATGGTATCGGGGTAAAGCTGAATCCTCTGAGGATGAGACCAGCAGCCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CACCCAGCAAGCTAGGGGGAGAAGAGGAGGCCCAACCACAGTCTCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103245 CACCCAGCAAGCTAGGGGGAGAAGAGGAGGCCCAACCACAGTCTCCAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CCTGATCCGCCCTGTTCTGCCCTCCACGAACACCTTTGTCTGGGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103295 CCTGATCCGCCCTGTTCTGCCCTCCACGAACACCTTTGTCTGGGGGCCTC

   1250     .    :    .
   1188 AGCCGCCCCAGAGGCC
        ||||||||||||||||
 103345 AGCCGCCCCAGAGGCC