seq1 = pF1KE3928.tfa, 1188 bp
seq2 = pF1KE3928/gi568815597r_197452984.tfa (gi568815597r:197452984_197835637), 382654 bp

>pF1KE3928 1188
>gi568815597r:197452984_197835637 (Chr1)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ==
95-146  (161467-161518)   100% ->
147-266  (163482-163601)   100% ->
267-336  (177269-177338)   100% ->
337-417  (183323-183403)   100% ->
418-471  (189895-189948)   100% ->
472-582  (192817-192927)   100% ->
583-683  (217879-217979)   100% ->
684-729  (223662-223707)   100% ->
730-831  (228464-228565)   100% ->
832-957  (240305-240430)   99% ->
958-1059  (252385-252486)   100% ->
1060-1188  (282526-282654)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCAGCTCCACGGGAGGAGAAAAGATGGCCCCAACCTGTATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCAGCTCCACGGGAGGAGAAAAGATGGCCCCAACCTGTATTTTC

     50 
     51 GA
        ||
 100051 GA

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95 AGGAAATACTACAGAGTGTGCCAAAGTTCTGTTTTCCCTTTGACGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161467 AGGAAATACTACAGAGTGTGCCAAAGTTCTGTTTTCCCTTTGACGTTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145 AG         GGTGTCTCAGAATCAAGTTGGACAGCACTTTACCTTTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161517 AGGTA...TAGGGTGTCTCAGAATCAAGTTGGACAGCACTTTACCTTTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186 ACTGACAGACATTGAAAGTAAACAGAGATTTGGATTCTGCAGACTGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163521 ACTGACAGACATTGAAAGTAAACAGAGATTTGGATTCTGCAGACTGACGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236 CAGGAGGCACAATTTGTTTATGCATCCTTAG         TTACCTTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 163571 CAGGAGGCACAATTTGTTTATGCATCCTTAGGTG...CAGTTACCTTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    277 TGGTTTGAAGTGTATTACAAGCTTCTAAATACTCTTGCAGATTACTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177279 TGGTTTGAAGTGTATTACAAGCTTCTAAATACTCTTGCAGATTACTTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    327 TAAGGAACTG         GAAAATGATTTGAATGAAACTCTCAGATCAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 177329 TAAGGAACTGGTA...TAGGAAAATGATTTGAATGAAACTCTCAGATCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    368 TGTATAACCACCCAGTACCAAAGGCAAATACTCCTGTAAATTTGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183354 TGTATAACCACCCAGTACCAAAGGCAAATACTCCTGTAAATTTGAGTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    418          CATTCCTACTTCATTGCCCCTGATGTAACTGGACTCCCAAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183404 GTA...TAGCATTCCTACTTCATTGCCCCTGATGTAACTGGACTCCCAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    459 AATACCCGAGAGT         AGAAATCTTACAGAATATTTTGTTGCCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 189936 AATACCCGAGAGTGTA...CAGAGAAATCTTACAGAATATTTTGTTGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 TGGATGTGAACAACATGCTGCAGCTGTATGCCAGTATGCTGCATGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192845 TGGATGTGAACAACATGCTGCAGCTGTATGCCAGTATGCTGCATGAAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 CGCATCGTGATTATCTCGAGCAAATTAAGCACT         TTAACTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 192895 CGCATCGTGATTATCTCGAGCAAATTAAGCACTGTA...CAGTTAACTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    591 CTGTATCCATGGATCAGCTGCTCTTCTATACCCAATGTATTGGCAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217887 CTGTATCCATGGATCAGCTGCTCTTCTATACCCAATGTATTGGCAACACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641 TATACATCCCAGTGCTTCCTCCACACCTGCTGGACTACTGCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 217937 TATACATCCCAGTGCTTCCTCCACACCTGCTGGACTACTGCTGGTA...T

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    684   TGCCCCAATGCCATACCTGATTGGAATACACTCCAGCCTCATAGAG  
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 223660 AGTGCCCCAATGCCATACCTGATTGGAATACACTCCAGCCTCATAGAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730        AGAGTGAAAAACAAATCATTGGAAGATGTTGTTATGTTAAATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223710 G...TAGAGAGTGAAAAACAAATCATTGGAAGATGTTGTTATGTTAAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773 TTGATACAAACACATTAGAATCACCATTTAGTGACTTGAACAACCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228507 TTGATACAAACACATTAGAATCACCATTTAGTGACTTGAACAACCTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823 AGTGATGTG         GTCTCGGCCTTGAAAAATAAACTGAAGAAGCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 228557 AGTGATGTGGTA...CAGGTCTCGGCCTTGAAAAATAAACTGAAGAAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    864 GTCTACAGCTACGGGTGATGGAGTAGCTAGGGCCTTTCTTAGAGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240337 GTCTACAGCTACGGGTGATGGAGTAGCTAGGGCCTTTCTTAGAGCACAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    914 CTGCTTTGTTTGGATACTACAGAGATGCACTGAGATACAAACCT      
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 240387 CTGCTTTGTTTGGATCCTACAGAGATGCACTGAGATACAAACCTGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    958    GGTGAGCCCATCACTTTCTGTGAGGAGAGTTTTGTAAAGCACCGCTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252382 TAGGGTGAGCCCATCACTTTCTGTGAGGAGAGTTTTGTAAAGCACCGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1005 AAGCGTGATGAAACAGTTCCTGGAAACTGCCATTAACCTCCAGCTTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252432 AAGCGTGATGAAACAGTTCCTGGAAACTGCCATTAACCTCCAGCTTTTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1055 AGCAG         TTTATCGATGGTCGACTGGCAAAACTAAATGCAGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252482 AGCAGGTA...TAGTTTATCGATGGTCGACTGGCAAAACTAAATGCAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096 AGGGGTTTCTCTGATGTATTTGAAGAAGAGATCACTTCAGGTGGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282562 AGGGGTTTCTCTGATGTATTTGAAGAAGAGATCACTTCAGGTGGCTTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1146 TGGAGGTAAAGACAAGTTACAATATGATTATCCATTTTCTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282612 TGGAGGTAAAGACAAGTTACAATATGATTATCCATTTTCTCAA