seq1 = pF1KE3916.tfa, 1404 bp
seq2 = pF1KE3916/gi568815589r_98099384.tfa (gi568815589r:98099384_98313212), 213829 bp

>pF1KE3916 1404
>gi568815589r:98099384_98313212 (Chr9)

(complement)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-293  (102370-102557)   100% ->
294-770  (104069-104545)   99% ->
771-891  (109805-109925)   100% ->
892-1077  (111549-111734)   100% ->
1078-1199  (112839-112960)   100% ->
1200-1404  (113625-113829)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCTTACCGGACCCAGAACTGCTTCCTCAACTCCGAGATCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGCTTACCGGACCCAGAACTGCTTCCTCAACTCCGAGATCCACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCACAAAGATCTGGAGAAAGGTGGCTGAGAAGGAGAAGGCCCTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCACAAAGATCTGGAGAAAGGTGGCTGAGAAGGAGAAGGCCCTTCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGAAG         TGCGCCTACCTCCAAGCCAGAAACTGCCAGGTGGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGAAGGTG...CAGTGCGCCTACCTCCAAGCCAGAAACTGCCAGGTGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCAAGTACCTGGCCGGTCTGAGAAGGCTGCAGGAGGCCCTGGGGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102406 AGCAAGTACCTGGCCGGTCTGAGAAGGCTGCAGGAGGCCCTGGGGGACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCAGCGAGTGCTCAGAGCTGCTGAGGCAGCTTGTCCAGGAGGCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102456 AGCCAGCGAGTGCTCAGAGCTGCTGAGGCAGCTTGTCCAGGAGGCACTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTGGGAAGCTGGGGAGGCCTCATCTGACAGCATCGAGCTGAGCCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102506 AGTGGGAAGCTGGGGAGGCCTCATCTGACAGCATCGAGCTGAGCCCCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AG         TAAGTATGATGAGTACGGCTTCCTGACGGTGCCCGACTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102556 AGGTG...CAGTAAGTATGATGAGTACGGCTTCCTGACGGTGCCCGACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGGTGGAAGACCTGAAGCTGCTGGCCAAGATCCAGGCGTTGGAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 104108 TGAGGTGGAAGACCTGAAGCTGCTGGCCAAGATCCAGGCATTGGAGTCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GATCCCACCACCTGCTGGGCCTCGAGGCTGTGGATCGGCCGCTGAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104158 GATCCCACCACCTGCTGGGCCTCGAGGCTGTGGATCGGCCGCTGAGGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGCTGGGCTGCCCTGGGCGATCTTGTGCCCTCAGCCGAGCTCAAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104208 CGCTGGGCTGCCCTGGGCGATCTTGTGCCCTCAGCCGAGCTCAAGCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACTGCGGGCAGGAGTACCCCGTGAACACCGGCCTCGTGTCTGGAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104258 ACTGCGGGCAGGAGTACCCCGTGAACACCGGCCTCGTGTCTGGAGGTGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGGTCCACCTCCGTGTCCAGCACCTGCACACTCCAGGCTGCTACCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104308 TGGTCCACCTCCGTGTCCAGCACCTGCACACTCCAGGCTGCTACCAGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGCTGAGCCGGGGCCAGGCCCGCGAGCACCCTGCTGCCCGCCAGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104358 CTGCTGAGCCGGGGCCAGGCCCGCGAGCACCCTGCTGCCCGCCAGATTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTGGACCTGAACCGGACCTTCCCCAACAACAAACACTTCACCTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104408 GCTGGACCTGAACCGGACCTTCCCCAACAACAAACACTTCACCTGCCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCTCCAGCTTCCCCGACAAGCTCCGCCGGGTGCTGCTGGCCTTCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104458 CCTCCAGCTTCCCCGACAAGCTCCGCCGGGTGCTGCTGGCCTTCTCCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAGAACCCCACCATCGGCTACTGCCAGGGCCTGAACAG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104508 CAGAACCCCACCATCGGCTACTGCCAGGGCCTGAACAGGTA...CAGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGCGGCCATTGCCCTGCTGGTCCTAGAGGAGGAGGAGAGCGCCTTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109808 GGCGGCCATTGCCCTGCTGGTCCTAGAGGAGGAGGAGAGCGCCTTCTGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCCTGGTGGCCATTGTGGAGACCATCATGCCCGCTGATTACTACTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109858 GCCTGGTGGCCATTGTGGAGACCATCATGCCCGCTGATTACTACTGCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACGCTGACGGCATCCCAG         GTGGACCAGCGGGTGCTCCAGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109908 ACGCTGACGGCATCCCAGGTA...CAGGTGGACCAGCGGGTGCTCCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCTGCTCTCGGAGAAGCTGCCCAGGCTGATGGCCCATCTGGGGCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111572 CCTGCTCTCGGAGAAGCTGCCCAGGCTGATGGCCCATCTGGGGCAGCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACGTGGATCTCTCCCTCGTCACCTTCAACTGGTTCCTCGTGGTCTTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111622 ACGTGGATCTCTCCCTCGTCACCTTCAACTGGTTCCTCGTGGTCTTTGCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GACAGTCTCATTAGCAACATCCTCCTTCGGGTCTGGGATGCCTTCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111672 GACAGTCTCATTAGCAACATCCTCCTTCGGGTCTGGGATGCCTTCCTGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CGAGGGGACGAAG         GTGGTGTTTCGCTATGCCTTGGCCATTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111722 CGAGGGGACGAAGGTA...CAGGTGGTGTTTCGCTATGCCTTGGCCATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TCAAGTACAACGAGAAGGAGATCTTGAGGCTACAGAATGGCCTGGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112867 TCAAGTACAACGAGAAGGAGATCTTGAGGCTACAGAATGGCCTGGAAATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TACCAGTACCTGCGCTTCTTCACCAAGACCATCTCCAACAGCCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112917 TACCAGTACCTGCGCTTCTTCACCAAGACCATCTCCAACAGCCGGTG...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1200    GAAGCTGATGAACATCGCCTTCAATGACATGAACCCCTTCCGCATGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113622 CAGGAAGCTGATGAACATCGCCTTCAATGACATGAACCCCTTCCGCATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AACAGCTGCGGCAGCTGCGCATGGTCCACCGGGAGCGGCTGGAGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113672 AACAGCTGCGGCAGCTGCGCATGGTCCACCGGGAGCGGCTGGAGGCTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CTGCGGGAGCTGGAGCAGCTTAAGGCAGAGTACCTGGAGAGGCGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113722 CTGCGGGAGCTGGAGCAGCTTAAGGCAGAGTACCTGGAGAGGCGGGCATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CCGGCGCAGAGCTGTGTCCGAGGGCTGTGCCAGCGAGGACGAGGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113772 CCGGCGCAGAGCTGTGTCCGAGGGCTGTGCCAGCGAGGACGAGGTGGAGG

   1450     .
   1397 GGGAAGCC
        ||||||||
 113822 GGGAAGCC