seq1 = pF1KE3891.tfa, 1029 bp
seq2 = pF1KE3891/gi568815597r_158963484.tfa (gi568815597r:158963484_159173499), 210016 bp

>pF1KE3891 1029
>gi568815597r:158963484_159173499 (Chr1)

(complement)

1-262  (100001-100262)   100% ->
263-396  (104799-104932)   100% ->
397-816  (107171-107590)   100% ->
817-1005  (109826-110014)   100% ->
1006-1029  (110782-110805)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGTAAATACAAGGAGATACTCTTGCTAACAGGCCTGGATAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGTAAATACAAGGAGATACTCTTGCTAACAGGCCTGGATAACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTGATGAGGAACTGGATAGGTTTAAGTTCTTTCTTTCAGACGAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTGATGAGGAACTGGATAGGTTTAAGTTCTTTCTTTCAGACGAGTTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATATTGCCACAGGCAAACTACATACTGCAAACAGAATACAAGTAGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATATTGCCACAGGCAAACTACATACTGCAAACAGAATACAAGTAGCTACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGATGATTCAAAATGCTGGGGCGGTGTCTGCAGTGATGAAGACCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGATGATTCAAAATGCTGGGGCGGTGTCTGCAGTGATGAAGACCATTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TATTTTTCAGAAGTTGAATTATATGCTTTTGGCAAAACGTCTTCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TATTTTTCAGAAGTTGAATTATATGCTTTTGGCAAAACGTCTTCAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAAGGAGAAAG         TTGATAAGCAATACAAATCGGTAACAAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAAGGAGAAAGGTA...CAGTTGATAAGCAATACAAATCGGTAACAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCAAAGCCACTAAGTCAAGCTGAAATGAGTCCTGCTGCATCTGCAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104828 CCAAAGCCACTAAGTCAAGCTGAAATGAGTCCTGCTGCATCTGCAGCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGAAATGATGTCGCAAAGCAACGTGCTGCACCAAAAGTCTCTCCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104878 CAGAAATGATGTCGCAAAGCAACGTGCTGCACCAAAAGTCTCTCCTCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTAAG         CCTGAACAGAAACAGATGGTGGCCCAGCAGGAATCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104928 TTAAGGTA...CAGCCTGAACAGAAACAGATGGTGGCCCAGCAGGAATCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCAGAGAAGGGTTTCAGAAGCGCTGTTTGCCAGTTATGGTACTGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107207 ATCAGAGAAGGGTTTCAGAAGCGCTGTTTGCCAGTTATGGTACTGAAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAAGAAGCCCTTCACGTTTGAGACCCAAGAAGGCAAGCAGGAGATGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107257 AAAGAAGCCCTTCACGTTTGAGACCCAAGAAGGCAAGCAGGAGATGTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATGCTACAGTGGCTACAGAAAAGGAATTCTTCTTTGTAAAAGTTTTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107307 ATGCTACAGTGGCTACAGAAAAGGAATTCTTCTTTGTAAAAGTTTTTAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACACTGCTGAAAGATAAATTCATTCCAAAGAGAATAATTATAATAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107357 ACACTGCTGAAAGATAAATTCATTCCAAAGAGAATAATTATAATAGCAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ATATTATCGGCACAGTGGTTTCTTAGAGGTAAATAGCGCCTCACGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107407 ATATTATCGGCACAGTGGTTTCTTAGAGGTAAATAGCGCCTCACGTGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TAGATGCTGAATCTGACCAAAAGGTTAATGTCCCGCTGAACATTATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107457 TAGATGCTGAATCTGACCAAAAGGTTAATGTCCCGCTGAACATTATCAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAAGCTGGTGAAACCCCGAAGATCAACACGCTTCAAACTCAGCCCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107507 AAAGCTGGTGAAACCCCGAAGATCAACACGCTTCAAACTCAGCCCCTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AACAATTGTGAATGGTTTGTTTGTAGTCCAGAAG         GTAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107557 AACAATTGTGAATGGTTTGTTTGTAGTCCAGAAGGTA...TAGGTAACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AAAAGAAGAAAAACATATTATTTGACCTAAGTGACAACACTGGGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109833 AAAAGAAGAAAAACATATTATTTGACCTAAGTGACAACACTGGGAAAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAAGTACTGGGGGTTAGAAACGAGGACACAATGAAATGTAAGGAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109883 GAAGTACTGGGGGTTAGAAACGAGGACACAATGAAATGTAAGGAAGGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TAAGGTTCGACTTACATTCTTCACACTGTCAAAAAATGGAGAAAAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109933 TAAGGTTCGACTTACATTCTTCACACTGTCAAAAAATGGAGAAAAACTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGCTGACATCTGGAGTTCATAGCACCATAAAG         GTTATTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109983 AGCTGACATCTGGAGTTCATAGCACCATAAAGGTG...CAGGTTATTAAG

   1050     .    :    .
   1015 GCCAAAAAAAAAACA
        |||||||||||||||
 110791 GCCAAAAAAAAAACA