seq1 = pF1KE3881.tfa, 1356 bp
seq2 = pF1KE3881/gi568815597f_78527916.tfa (gi568815597f:78527916_78741611), 213696 bp

>pF1KE3881 1356
>gi568815597f:78527916_78741611 (Chr1)

1-478  (100001-100478)   100% ->
479-527  (101036-101084)   100% ->
528-723  (101805-102000)   100% ->
724-876  (107422-107574)   100% ->
877-1048  (109117-109288)   100% ->
1049-1149  (113106-113206)   100% ->
1150-1324  (113520-113694)   100% ->
1325-1356  (113860-113891)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGTGACAACAAGATTGACATGGAATGATGAAAATCATCTGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGTGACAACAAGATTGACATGGAATGATGAAAATCATCTGCGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTTGGAAATGTTTCTTTGAGTCTTCTCTATAAGTCTAGTGTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTTGGAAATGTTTCTTTGAGTCTTCTCTATAAGTCTAGTGTTCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGGTAGCATTGAAGATATGGTTGAAAGATGCAGCCGTCAGGGATGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGGTAGCATTGAAGATATGGTTGAAAGATGCAGCCGTCAGGGATGTACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATAACAATGGCTTACATTGATTACAATATGATTGTAGCCTTTATGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATAACAATGGCTTACATTGATTACAATATGATTGTAGCCTTTATGCTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAATTATATTAATTTACATGAAAGTTCTACAGAGCCAAATGATTCCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAATTATATTAATTTACATGAAAGTTCTACAGAGCCAAATGATTCCCTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGTTTTCACTTCAAAAGAAAAATGACACCACTGAAATAGAAACTTTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGTTTTCACTTCAAAAGAAAAATGACACCACTGAAATAGAAACTTTACTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTAAATACAGCACCAAAAATTATTGATGAGCAACTGGTGTGTCGTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTAAATACAGCACCAAAAATTATTGATGAGCAACTGGTGTGTCGTTTATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAAACGGATATTTTCATTATATGTCGAGATAATAAAATTTATCTAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAAACGGATATTTTCATTATATGTCGAGATAATAAAATTTATCTAGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAATGATAACAAGAAACTTGAAACTAAGGTTTTATGGCCACCGTCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAATGATAACAAGAAACTTGAAACTAAGGTTTTATGGCCACCGTCAGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGGAATGTGAAGTTTTTCGAGTTGAAG         GAATTAAGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100451 TTGGAATGTGAAGTTTTTCGAGTTGAAGGTT...TAGGAATTAAGGATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTAGACGACATAAAGAGGATAATTAAAGCCAGAGA         GCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101049 CCTAGACGACATAAAGAGGATAATTAAAGCCAGAGAGTA...CAGGCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAAATAGGCTTCTAGCAGACATCAGAGACTATAGGCCCTATGCAGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101810 GAAATAGGCTTCTAGCAGACATCAGAGACTATAGGCCCTATGCAGACTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTTTCAGAAATTCGTATTCTTTTGGTGGGTCCAGTTGGGTCTGGAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101860 GTTTCAGAAATTCGTATTCTTTTGGTGGGTCCAGTTGGGTCTGGAAAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAGTTTTTTCAATTCAGTCAAGTCTATTTTTCATGGCCATGTGACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101910 CAGTTTTTTCAATTCAGTCAAGTCTATTTTTCATGGCCATGTGACTGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AAGCCGTAGTGGGGTCTGATATCACCAGCATAACCGAGCGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101960 AAGCCGTAGTGGGGTCTGATATCACCAGCATAACCGAGCGGGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TATAGGATATATTCTGTTAAAGATGGAAAAAATGGAAAATCTCTGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107422 TATAGGATATATTCTGTTAAAGATGGAAAAAATGGAAAATCTCTGCCATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TATGTTGTGTGACACTATGGGGCTAGATGGGGCAGAAGGAGCAGGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107472 TATGTTGTGTGACACTATGGGGCTAGATGGGGCAGAAGGAGCAGGACTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCATGGATGACATTCCCCACATCTTAAAAGGTTGTATGCCAGACAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107522 GCATGGATGACATTCCCCACATCTTAAAAGGTTGTATGCCAGACAGATAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CAG         TTTAATTCCCGTAAACCAATTACACCTGAGCATTCTAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107572 CAGGTA...CAGTTTAATTCCCGTAAACCAATTACACCTGAGCATTCTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTTTATCACCTCTCCATCTCTGAAGGACAGGATTCACTGTGTGGCTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109155 TTTTATCACCTCTCCATCTCTGAAGGACAGGATTCACTGTGTGGCTTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCTTAGACATCAACTCTATTGACAATCTCTACTCTAAAATGTTGGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109205 TCTTAGACATCAACTCTATTGACAATCTCTACTCTAAAATGTTGGCAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTGAAGCAAGTTCACAAAGAAGTATTAAACTGTG         GTATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109255 GTGAAGCAAGTTCACAAAGAAGTATTAAACTGTGGTG...TAGGTATAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ATATGTGGCCTTGCTTACTAAAGTGGATGATTGCAGTGAGGTTCTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113113 ATATGTGGCCTTGCTTACTAAAGTGGATGATTGCAGTGAGGTTCTTCAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACAACTTTTTAAACATGAGTAGATCTATGACTTCTCAAAGCCGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113163 ACAACTTTTTAAACATGAGTAGATCTATGACTTCTCAAAGCCGGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150    GTCATGAATGTCCATAAAATGCTAGGCATTCCTATTTCCAATATTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113517 CAGGTCATGAATGTCCATAAAATGCTAGGCATTCCTATTTCCAATATTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GATGGTTGGAAATTATGCTTCAGATTTGGAACTGGACCCCATGAAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113567 GATGGTTGGAAATTATGCTTCAGATTTGGAACTGGACCCCATGAAGGATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TTCTCATCCTCTCTGCACTGAGGCAGATGCTGCGGGCTGCAGATGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113617 TTCTCATCCTCTCTGCACTGAGGCAGATGCTGCGGGCTGCAGATGATTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TTAGAAGATTTGCCTCTTGAGGAAACTG         GTGCAATTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113667 TTAGAAGATTTGCCTCTTGAGGAAACTGGTA...CAGGTGCAATTGAGAG

   1400     .    :    .
   1338 AGCGTTACAGCCCTGCATT
        |||||||||||||||||||
 113873 AGCGTTACAGCCCTGCATT