seq1 = pF1KE3879.tfa, 2928 bp
seq2 = pF1KE3879/gi568815597f_114755465.tfa (gi568815597f:114755465_115095016), 339552 bp

>pF1KE3879 2928
>gi568815597f:114755465_115095016 (Chr1)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-193  (101109-101193)   100% ->
194-237  (101768-101811)   100% ->
238-291  (101980-102033)   100% ->
292-456  (103083-103247)   100% ->
457-524  (104279-104346)   100% ->
525-598  (105272-105345)   100% ->
599-657  (119042-119100)   100% ->
658-727  (120605-120674)   100% ->
728-801  (121273-121346)   100% ->
802-910  (122630-122738)   100% ->
911-1005  (130071-130165)   100% ->
1006-1190  (130661-130845)   100% ->
1191-1258  (132162-132229)   100% ->
1259-1320  (139984-140045)   100% ->
1321-1425  (154933-155037)   100% ->
1426-1529  (156015-156118)   100% ->
1530-1647  (157569-157686)   100% ->
1648-1718  (158511-158581)   100% ->
1719-1800  (167985-168066)   100% ->
1801-1863  (170814-170876)   100% ->
1864-1926  (171037-171099)   100% ->
1927-2043  (188875-188991)   100% ->
2044-2154  (189408-189518)   100% ->
2155-2247  (190825-190917)   100% ->
2248-2322  (191782-191856)   100% ->
2323-2382  (222093-222152)   100% ->
2383-2559  (225872-226048)   100% ->
2560-2703  (229261-229404)   100% ->
2704-2793  (239234-239323)   100% ->
2794-2928  (239418-239552)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAAGCAAAAGCCCTTTGCATTGTTCGTACCACCGAGATCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAAGCAAAAGCCCTTTGCATTGTTCGTACCACCGAGATCAAGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTCAGGTGTCTGCGGTGAAACCTCAGACCCTGGGAGGCGATTCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTCAGGTGTCTGCGGTGAAACCTCAGACCCTGGGAGGCGATTCCACTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTCAAG         AGTTTCAACAAATGTACTGAAGATGATTTTGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTCAAGGTA...TAGAGTTTCAACAAATGTACTGAAGATGATTTTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTCCATTTGCAAAGACTAATCTCTCCAAAAATGGGGAAAACATTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101142 TTTCCATTTGCAAAGACTAATCTCTCCAAAAATGGGGAAAACATTGATTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         ATCCTGCTTTACAAAAAGTTAATTTCTTGCCCGTGCTTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101192 AGGTA...CAGATCCTGCTTTACAAAAAGTTAATTTCTTGCCCGTGCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCAG         GTTGGTAATTCTGACTGTCACTATCAGGAAGGACTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101807 AGCAGGTC...TAGGTTGGTAATTCTGACTGTCACTATCAGGAAGGACTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAAGACTCTGATTTGGAG         AATTCAGAGGGATTGAGCAGAGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102016 AAAGACTCTGATTTGGAGGTC...TAGAATTCAGAGGGATTGAGCAGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GTATTCAAAACTGTATAAGGAGGCTGAAAAGATAAAAAAATGGAAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103106 GTATTCAAAACTGTATAAGGAGGCTGAAAAGATAAAAAAATGGAAAGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTACAGAAGCTGAACTGAGACAGAAAGAAAGTAAGTTGCAAGAAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103156 GTACAGAAGCTGAACTGAGACAGAAAGAAAGTAAGTTGCAAGAAAACAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGATAATTGAAGCACAGCGAAAAGCCATTCAGGAACTGCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103206 AAGATAATTGAAGCACAGCGAAAAGCCATTCAGGAACTGCAAGTA...TA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    457  TTTGGAAATGAAAAAGTAAGTTTGAAATTAGAAGAAGGAATACAAGAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104278 GTTTGGAAATGAAAAAGTAAGTTTGAAATTAGAAGAAGGAATACAAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATAAAGATTTAATAAAAGA         GAATAATGCCACAAGGCATTTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104328 ATAAAGATTTAATAAAAGAGTA...CAGGAATAATGCCACAAGGCATTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TGTAATCTACTCAAAGAAACCTGTGCTAGATCTGCAGAAAAGACAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105294 TGTAATCTACTCAAAGAAACCTGTGCTAGATCTGCAGAAAAGACAAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AT         ATGAATATGAACGGGAAGAAACCAGGCAAGTTTATATGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105344 ATGTA...TAGATGAATATGAACGGGAAGAAACCAGGCAAGTTTATATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATCTAAATAATAACATTGAG         AAAATGATAACAGCTTTTGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 119081 ATCTAAATAATAACATTGAGGTG...CAGAAAATGATAACAGCTTTTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GAACTTCGTGTGCAAGCTGAGAATTCCAGACTGGAAATGCATTTTAAGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120626 GAACTTCGTGTGCAAGCTGAGAATTCCAGACTGGAAATGCATTTTAAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728         TAAAGGAAGATTATGAAAAAATCCAACACCTTGAACAAGAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120676 TA...AAGTAAAGGAAGATTATGAAAAAATCCAACACCTTGAACAAGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 ACAAGAAGGAAATAAATGACAAGGAAAAGCAG         GTATCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 121315 ACAAGAAGGAAATAAATGACAAGGAAAAGCAGGTT...TAGGTATCACTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 CTATTGATCCAAATCACTGAGAAAGAAAATAAAATGAAAGATTTAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122639 CTATTGATCCAAATCACTGAGAAAGAAAATAAAATGAAAGATTTAACATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TCTGCTAGAGGAATCCAGAGATAAAGTTAATCAATTAGAGGAAAAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122689 TCTGCTAGAGGAATCCAGAGATAAAGTTAATCAATTAGAGGAAAAGACAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911          AATTACAGAGTGAAAACTTAAAACAATCAATTGAGAAACAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122739 GTA...TAGAATTACAGAGTGAAAACTTAAAACAATCAATTGAGAAACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CATCATTTGACTAAAGAACTAGAAGATATTAAAGTGTCATTACAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130112 CATCATTTGACTAAAGAACTAGAAGATATTAAAGTGTCATTACAAAGAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 TGTG         AGTACTCAAAAGGCTTTAGAGGAAGATTTACAGATAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130162 TGTGGTA...TAGAGTACTCAAAAGGCTTTAGAGGAAGATTTACAGATAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CAACAAAAACAATTTGTCAGCTAACTGAAGAAAAAGAAACTCAAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130698 CAACAAAAACAATTTGTCAGCTAACTGAAGAAAAAGAAACTCAAATGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GAATCTAATAAAGCTAGAGCTGCTCATTCGTTTGTGGTTACTGAATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130748 GAATCTAATAAAGCTAGAGCTGCTCATTCGTTTGTGGTTACTGAATTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 AACTACTGTCTGCAGCTTGGAAGAATTATTGAGAACAGAACAGCAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 130798 AACTACTGTCTGCAGCTTGGAAGAATTATTGAGAACAGAACAGCAAAGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191        ATTGGAAAAAAATGAAGATCAATTGAAAATACTTACCATGGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130848 A...AAGATTGGAAAAAAATGAAGATCAATTGAAAATACTTACCATGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CTTCAAAAGAAATCAAGTGAGCTGG         AAGAGATGACTAAGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 132205 CTTCAAAAGAAATCAAGTGAGCTGGGTA...TAGAAGAGATGACTAAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TACAAATAACAAAGAAGTAGAACTTGAAGAATTGAAAAAAGTCTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 140000 TACAAATAACAAAGAAGTAGAACTTGAAGAATTGAAAAAAGTCTTGGTA.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1321      GGAGAAAAGGAAACACTTTTATATGAAAATAAACAATTTGAGAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140050 ..TAGGGAGAAAAGGAAACACTTTTATATGAAAATAAACAATTTGAGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 ATTGCTGAAGAATTAAAAGGAACAGAACAAGAACTAATTGGTCTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154978 ATTGCTGAAGAATTAAAAGGAACAGAACAAGAACTAATTGGTCTTCTCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 AGCCAGAGAG         AAAGAAGTACATGATTTGGAAATACAGTTAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 155028 AGCCAGAGAGGTT...CAGAAAGAAGTACATGATTTGGAAATACAGTTAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 CTGCCATTACCACAAGTGAACAGTATTATTCAAAAGAGGTTAAAGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156046 CTGCCATTACCACAAGTGAACAGTATTATTCAAAAGAGGTTAAAGATCTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 AAAACTGAGCTTGAAAACGAGAA         GCTTAAGAATACTGAATT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 156096 AAAACTGAGCTTGAAAACGAGAAGTA...TAGGCTTAAGAATACTGAATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 AACTTCACACTGCAACAAGCTTTCACTAGAAAACAAAGAGCTCACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157587 AACTTCACACTGCAACAAGCTTTCACTAGAAAACAAAGAGCTCACACAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 AAACAAGTGATATGACCCTAGAACTCAAGAATCAGCAAGAAGATATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157637 AAACAAGTGATATGACCCTAGAACTCAAGAATCAGCAAGAAGATATTAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648          AATAACAAAAAGCAAGAAGAAAGGATGTTGAAACAAATAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157687 GTG...TAGAATAACAAAAAGCAAGAAGAAAGGATGTTGAAACAAATAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 AAATCTTCAAGAAACAGAAACCCAATTAAG         AAATGAACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 158552 AAATCTTCAAGAAACAGAAACCCAATTAAGGCA...TAGAAATGAACTAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1730 AATATGTGAGAGAAGAGCTAAAACAGAAAAGAGATGAAGTTAAATGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167996 AATATGTGAGAGAAGAGCTAAAACAGAAAAGAGATGAAGTTAAATGTAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1780 TTGGACAAGAGTGAAGAAAAT         TGTAACAATTTAAGGAAACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 168046 TTGGACAAGAGTGAAGAAAATGTA...TAGTGTAACAATTTAAGGAAACA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1821 AGTTGAAAATAAAAACAAGTATATTGAAGAACTTCAGCAGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 170834 AGTTGAAAATAAAAACAAGTATATTGAAGAACTTCAGCAGGAGGTA...C

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1864   AATAAGGCCTTGAAAAAAAAAGGTACAGCAGAAAGCAAGCAACTGAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171035 AGAATAAGGCCTTGAAAAAAAAAGGTACAGCAGAAAGCAAGCAACTGAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1912 GTTTATGAGATAAAG         GTCAATAAATTAGAGTTAGAACTAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 171085 GTTTATGAGATAAAGGTA...AAGGTCAATAAATTAGAGTTAGAACTAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1953 AAGTGCCAAACAGAAATTTGGAGAAATCACAGACACCTATCAGAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188901 AAGTGCCAAACAGAAATTTGGAGAAATCACAGACACCTATCAGAAAGAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2003 TTGAGGACAAAAAGATATCAGAAGAAAATCTTTTGGAAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 188951 TTGAGGACAAAAAGATATCAGAAGAAAATCTTTTGGAAGAGGTG...TAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2044 GTTGAGAAAGCAAAAGTAATAGCTGATGAAGCAGTAAAATTACAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189408 GTTGAGAAAGCAAAAGTAATAGCTGATGAAGCAGTAAAATTACAGAAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2094 AATTGATAAGCGATGTCAACATAAAATAGCTGAAATGGTAGCACTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189458 AATTGATAAGCGATGTCAACATAAAATAGCTGAAATGGTAGCACTTATGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2144 AAAAACATAAG         CACCAATATGATAAGATCATTGAAGAAAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 189508 AAAAACATAAGGTA...TAGCACCAATATGATAAGATCATTGAAGAAAGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2185 GACTCAGAATTAGGACTTTATAAGAGCAAAGAACAAGAACAGTCATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190855 GACTCAGAATTAGGACTTTATAAGAGCAAAGAACAAGAACAGTCATCACT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2235 GAGAGCATCTTTG         GAGATTGAACTATCCAATCTCAAAGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 190905 GAGAGCATCTTTGGTG...TAGGAGATTGAACTATCCAATCTCAAAGCTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2276 AACTTTTGTCTGTTAAGAAGCAACTTGAAATAGAAAGAGAAGAGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 191810 AACTTTTGTCTGTTAAGAAGCAACTTGAAATAGAAAGAGAAGAGAAGGTA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2323       GAAAAACTCAAAAGAGAGGCAAAAGAAAACACAGCTACTCTTAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191860 ...TAGGAAAAACTCAAAAGAGAGGCAAAAGAAAACACAGCTACTCTTAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2367 AGAAAAAAAAGACAAG         AAAACACAAACATTTTTATTGGAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 222137 AGAAAAAAAAGACAAGGTA...CAGAAAACACAAACATTTTTATTGGAAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2408 CACCTGAAATTTATTGGAAATTGGATTCTAAAGCAGTTCCTTCACAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225897 CACCTGAAATTTATTGGAAATTGGATTCTAAAGCAGTTCCTTCACAAACT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2458 GTATCTCGAAATTTCACATCAGTTGATCATGGCATATCCAAAGATAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225947 GTATCTCGAAATTTCACATCAGTTGATCATGGCATATCCAAAGATAAAAG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2508 AGACTATCTGTGGACATCTGCCAAAAATACTTTATCTACACCATTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225997 AGACTATCTGTGGACATCTGCCAAAAATACTTTATCTACACCATTGCCAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2558 AG         GCATATACAGTGAAGACACCAACAAAACCAAAACTACAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226047 AGGTT...TAGGCATATACAGTGAAGACACCAACAAAACCAAAACTACAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2599 CAAAGAGAAAACTTGAATATACCCATTGAAGAAAGTAAAAAAAAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229300 CAAAGAGAAAACTTGAATATACCCATTGAAGAAAGTAAAAAAAAGAGAAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2649 AATGGCCTTTGAATTTGATATTAATTCAGATAGTTCAGAAACTACTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229350 AATGGCCTTTGAATTTGATATTAATTCAGATAGTTCAGAAACTACTGATC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2699 TTTTG         AGCATGGTTTCAGAAGAAGAGACATTGAAAACACTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229400 TTTTGGTA...AAGAGCATGGTTTCAGAAGAAGAGACATTGAAAACACTG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2740 TATAGGAACAATAATCCACCAGCTTCTCATCTTTGTGTCAAAACACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239270 TATAGGAACAATAATCCACCAGCTTCTCATCTTTGTGTCAAAACACCAAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2790 AAAG         GCCCCTTCATCTCTAACAACCCCTGGATCTACACTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239320 AAAGGTA...CAGGCCCCTTCATCTCTAACAACCCCTGGATCTACACTGA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2831 AGTTTGGAGCTATAAGAAAAATGCGGGAGGACCGTTGGGCTGTAATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239455 AGTTTGGAGCTATAAGAAAAATGCGGGAGGACCGTTGGGCTGTAATTGCT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2881 AAAATGGATAGAAAAAAAAAACTAAAAGAAGCTGAAAAGTTATTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239505 AAAATGGATAGAAAAAAAAAACTAAAAGAAGCTGAAAAGTTATTTGTT