seq1 = pF1KE3804.tfa, 597 bp
seq2 = pF1KE3804/gi568815597r_205878854.tfa (gi568815597r:205878854_206094135), 215282 bp

>pF1KE3804 597
>gi568815597r:205878854_206094135 (Chr1)

(complement)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-180  (100590-100716)   100% ->
181-396  (101441-101656)   100% ->
397-522  (108471-108596)   100% ->
523-597  (115208-115282)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCCCCGGAAGAAGGTGGACCTGAAACTCATTATCGTCGGAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCCCCGGAAGAAGGTGGACCTGAAACTCATTATCGTCGGAGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGG         TGTGGGAAAGACCTCCCTCCTTCACCAATATGTGCACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGTA...CAGTGTGGGAAAGACCTCCCTCCTTCACCAATATGTGCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGACGTTTTATGAGGAATACCAGACCACACTGGGGGCCAGCATCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100628 AGACGTTTTATGAGGAATACCAGACCACACTGGGGGCCAGCATCCTCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGATTATCATATTGGGTGACACAACTTTGAAGTTACAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100678 AAGATTATCATATTGGGTGACACAACTTTGAAGTTACAGGTG...CAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGGGACACGGGCGGTCAGGAGCGGTTCCGCTCCATGGTGTCCACGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101443 CTGGGACACGGGCGGTCAGGAGCGGTTCCGCTCCATGGTGTCCACGTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAAGGGCTCCGATGGCTGCATCCTAGCTTTTGATGTCACCGACCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101493 ACAAGGGCTCCGATGGCTGCATCCTAGCTTTTGATGTCACCGACCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTTTTGAAGCCCTGGATATCTGGCGGGGTGATGTCCTGGCCAAGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101543 TCTTTTGAAGCCCTGGATATCTGGCGGGGTGATGTCCTGGCCAAGATTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCCATGGAGCAGTCCTACCCCATGGTGTTGTTGGGGAACAAGATCGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101593 CCCCATGGAGCAGTCCTACCCCATGGTGTTGTTGGGGAACAAGATCGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGCAGACCGGAAG         GTACCCCAGGAAGTAGCTCAAGGCTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101643 TGGCAGACCGGAAGGTA...CAGGTACCCCAGGAAGTAGCTCAAGGCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTAGAGAGAAAGATATTCCTTACTTTGAAGTCAGTGCCAAGAATGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108498 TGTAGAGAGAAAGATATTCCTTACTTTGAAGTCAGTGCCAAGAATGACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAATGTGGTGCAAGCGTTTGAGATGCTGGCCAGTAGGGCTCTGTCGAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108548 CAATGTGGTGCAAGCGTTTGAGATGCTGGCCAGTAGGGCTCTGTCGAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523         TACCAGAGCATCTTAGAAAATCACCTCACAGAATCCATCAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108598 TG...CAGTACCAGAGCATCTTAGAAAATCACCTCACAGAATCCATCAAG

    600     .    :    .    :    .    :
    565 CTCTCGCCAGACCAGTCAAGGAGCAGATGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 115250 CTCTCGCCAGACCAGTCAAGGAGCAGATGCTGC