seq1 = pF1KE3774.tfa, 657 bp
seq2 = pF1KE3774/gi568815597r_51819930.tfa (gi568815597r:51819930_52077117), 257188 bp

>pF1KE3774 657
>gi568815597r:51819930_52077117 (Chr1)

(complement)

1-228  (100001-100228)   99% ->
229-347  (139706-139824)   100% ->
348-472  (143676-143800)   100% ->
473-657  (157004-157188)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCAGTGACAGATGGTAAAACTGGAGTCAAAGATGCCTCTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCAGTGACAGATGGTAAAACTGGAGTCAAAGATGCCTCTGACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATTTTGACTACATGTTCAAACTGCTTATCATTGGCAACAGCAGTGTTG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATTTTGACTACATGTTTAAACTGCTTATCATTGGCAACAGCAGTGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAGACCTCCTTCCTCTTCCGCTATGCTGATGACACGTTCACCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAGACCTCCTTCCTCTTCCGCTATGCTGATGACACGTTCACCCCAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCGTTAGCACCGTGGGCATCGACTTCAAGGTGAAGACAGTCTACCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCGTTAGCACCGTGGGCATCGACTTCAAGGTGAAGACAGTCTACCGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAGAAGCGGGTGAAACTGCAGATCTGG         GACACAGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100201 CGAGAAGCGGGTGAAACTGCAGATCTGGGTG...CAGGACACAGCTGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAGCGGTACCGGACCATCACAACAGCCTATTACCGTGGGGCCATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139719 AGGAGCGGTACCGGACCATCACAACAGCCTATTACCGTGGGGCCATGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCATTCTGATGTATGACATCACCAATGAAGAGTCCTTCAATGCTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139769 TTCATTCTGATGTATGACATCACCAATGAAGAGTCCTTCAATGCTGTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGACTG         GGCTACTCAGATCAAGACCTACTCCTGGGACAATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139819 AGACTGGTA...TAGGGCTACTCAGATCAAGACCTACTCCTGGGACAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACAAGTTATTCTGGTGGGGAACAAGTGTGACATGGAGGAAGAGAGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143711 CACAAGTTATTCTGGTGGGGAACAAGTGTGACATGGAGGAAGAGAGGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTCCCACTGAGAAGGGCCAGCTCCTTGCAGAGCAGCTTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 143761 GTTCCCACTGAGAAGGGCCAGCTCCTTGCAGAGCAGCTTGGTA...CAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTTTGATTTCTTTGAAGCCAGTGCAAAGGAGAACATCAGTGTAAGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157005 GTTTGATTTCTTTGAAGCCAGTGCAAAGGAGAACATCAGTGTAAGGCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTTTGAGCGCCTGGTGGATGCCATTTGTGACAAGATGTCTGATTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157055 CCTTTGAGCGCCTGGTGGATGCCATTTGTGACAAGATGTCTGATTCGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACACAGACCCGTCGATGCTGGGCTCCTCCAAGAACACGCGTCTCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157105 GACACAGACCCGTCGATGCTGGGCTCCTCCAAGAACACGCGTCTCTCGGA

    650     .    :    .    :    .    :
    624 CACCCCACCGCTGCTGCAGCAGAACTGCTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157155 CACCCCACCGCTGCTGCAGCAGAACTGCTCATGC