seq1 = pF1KE3688.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KE3688/gi568815579f_4054897.tfa (gi568815579f:4054897_4271966), 217070 bp

>pF1KE3688 1383
>gi568815579f:4054897_4271966 (Chr19)

1-27  (98852-98878)   100% ->
28-156  (100003-100131)   100% ->
157-457  (102099-102399)   100% ->
458-576  (104768-104886)   100% ->
577-714  (109607-109744)   100% ->
715-821  (113455-113561)   100% ->
822-890  (115244-115312)   100% ->
891-975  (116195-116279)   100% ->
976-1072  (116487-116583)   100% ->
1073-1383  (116760-117070)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATACGGATTTAGCTGCTGGAAAG         ATGGCTTCTGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  98852 ATGAATACGGATTTAGCTGCTGGAAAGGTG...CAGATGGCTTCTGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTGCTCCATGGACCCCATCGACAGCTTTGAGCTCCTGGATCTCCTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 CTGCTCCATGGACCCCATCGACAGCTTTGAGCTCCTGGATCTCCTGTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCGGCAGGACGGCATCCTGAGACACGTGGAGCTGGGCGAGGGCTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 ACCGGCAGGACGGCATCCTGAGACACGTGGAGCTGGGCGAGGGCTGGGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACGTCAAGGACCAG         CAGGTCCTGCCAAACCCCGACTCTGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100117 CACGTCAAGGACCAGGTG...CAGCAGGTCCTGCCAAACCCCGACTCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGACTTCCTCAGCTCCATCCTGGGCTCTGGAGACTCACTGCCCAGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102125 CGACTTCCTCAGCTCCATCCTGGGCTCTGGAGACTCACTGCCCAGCTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACTCTGGTCCCCCGAAGGCAGTGATAGTGGCATCTCCGAAGACCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102175 CACTCTGGTCCCCCGAAGGCAGTGATAGTGGCATCTCCGAAGACCTCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCGACCCCCAGGACACCCCTCCACGCAGCGGACCAGCCACCTCCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102225 TCCGACCCCCAGGACACCCCTCCACGCAGCGGACCAGCCACCTCCCCCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGGCTGCCATCCTGCCCAGCCTGGCAAGGGGCCCTGCCTCTCCTATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102275 CGGCTGCCATCCTGCCCAGCCTGGCAAGGGGCCCTGCCTCTCCTATCATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGGCAACTCTTGCTCCACCACAACCCCAGGGCCAGTGATCCAAGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102325 CTGGCAACTCTTGCTCCACCACAACCCCAGGGCCAGTGATCCAAGTACCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAGCCTCTGTGACCATAGACCTGG         AAATGTGGAGCCCAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102375 GAAGCCTCTGTGACCATAGACCTGGGTG...CAGAAATGTGGAGCCCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGAAGGATCTGTGCTGAGAAGCCGGCTGATCCGGTGGACCTGTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104784 AGGAAGGATCTGTGCTGAGAAGCCGGCTGATCCGGTGGACCTGTCCCCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GATGCAATCTCACCGTGAAAGACCTCCTCCTTTCGGGCAGCAGTGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104834 GATGCAATCTCACCGTGAAAGACCTCCTCCTTTCGGGCAGCAGTGGGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTG         CAACAGCATCACCTGGGGGCCTCCTACCTCCTGCGACC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104884 CTGGTG...TAGCAACAGCATCACCTGGGGGCCTCCTACCTCCTGCGACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGGGCTGGGCACTGTCAGGAGCTGGTGCTCACCGAGGATGAGAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109645 TGGGGCTGGGCACTGTCAGGAGCTGGTGCTCACCGAGGATGAGAAGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCTGGCTAAAGAAGGCATCACCCTGCCCACTCAGCTGCCCCTCACTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109695 TGCTGGCTAAAGAAGGCATCACCCTGCCCACTCAGCTGCCCCTCACTAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715          TACGAGGAGCGAGTGCTGAAAAAAATCCGCCGGAAAATCCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109745 GTG...CAGTACGAGGAGCGAGTGCTGAAAAAAATCCGCCGGAAAATCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAACAAGCAGTCGGCGCAAGAAAGCAGGAAGAAGAAGAAGGAATATATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113496 GAACAAGCAGTCGGCGCAAGAAAGCAGGAAGAAGAAGAAGGAATATATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGGCCTGGAGACTCG         GATGTCAGCTTGCACTGCTCAGAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 113546 ATGGCCTGGAGACTCGGTG...CAGGATGTCAGCTTGCACTGCTCAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGGAGTTACAGAGGAAAGTCTTGCATCTCGAGAAGCAAAACCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 115269 CAGGAGTTACAGAGGAAAGTCTTGCATCTCGAGAAGCAAAACCTGTG...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    891    GTCCCTCTTGGAGCAACTGAAGAAACTCCAGGCCATTGTGGTGCAGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116192 AAGGTCCCTCTTGGAGCAACTGAAGAAACTCCAGGCCATTGTGGTGCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCACCAGCAAGTCAGCCCAGACAGGCACCTGTGTCGCA         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 116242 CCACCAGCAAGTCAGCCCAGACAGGCACCTGTGTCGCAGTG...CAGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGTTGCTGTCCTTTGCCCTCATCATCCTCCCCTCCATCAGCCCTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116490 CTGTTGCTGTCCTTTGCCCTCATCATCCTCCCCTCCATCAGCCCTTTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCCCAACAAAACCGAGAGCCCTGGGGACTTTGCGCCTGTACGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116540 CCCCAACAAAACCGAGAGCCCTGGGGACTTTGCGCCTGTACGAGGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1073    TGTTCTCCAGAACTTTGCACAACGATGCTGCCTCCCGCGTGGCTGCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116757 CAGTGTTCTCCAGAACTTTGCACAACGATGCTGCCTCCCGCGTGGCTGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GATGCTGTGCCAGGCTCCGAGGCCCCAGGACCCCGACCCGAGGCTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116807 GATGCTGTGCCAGGCTCCGAGGCCCCAGGACCCCGACCCGAGGCTGACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AACCCGAGAAGAGTCTCCAGGAAGCCCCGGGGCAGACTGGGGCTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116857 AACCCGAGAAGAGTCTCCAGGAAGCCCCGGGGCAGACTGGGGCTTCCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACACCGCGAACCTGACCAATTCGACGGAGGAGCTGGACAACGCCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116907 ACACCGCGAACCTGACCAATTCGACGGAGGAGCTGGACAACGCCACCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTCCTGAGGAATGCAACAGAGGGGCTGGGCCAGGTCGCCCTGCTGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116957 GTCCTGAGGAATGCAACAGAGGGGCTGGGCCAGGTCGCCCTGCTGGACTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGTGGCGCCTGGGCCGAGCACTGGCTCAGGACGTGCAGGGCTGGAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117007 GGTGGCGCCTGGGCCGAGCACTGGCTCAGGACGTGCAGGGCTGGAGGCGG

   1450     .    :
   1370 CGGGAGACGAGCTG
        ||||||||||||||
 117057 CGGGAGACGAGCTG