seq1 = pF1KE3684.tfa, 1467 bp
seq2 = pF1KE3684/gi568815592r_35398330.tfa (gi568815592r:35398330_35612858), 214529 bp

>pF1KE3684 1467
>gi568815592r:35398330_35612858 (Chr6)

(complement)

1-47  (100001-100047)   100% ->
48-99  (100169-100220)   100% ->
100-190  (100589-100679)   100% ->
191-340  (101849-101998)   100% ->
341-442  (102931-103032)   100% ->
443-559  (103109-103225)   100% ->
560-663  (103547-103650)   99% ->
664-840  (106686-106856)   96% ->
841-953  (107006-107118)   100% ->
954-1065  (109011-109122)   100% ->
1066-1164  (109202-109300)   100% ->
1165-1336  (112707-112878)   100% ->
1337-1467  (114399-114529)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCTGCGGGATGAAACCCTCCGAGAGGTGTGGGCCTCTGACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100001 ATGCCTCTGCGGGATGAAACCCTCCGAGAGGTGTGGGCCTCTGACAGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     48       TGGGCATGAAGAAGAAAGCCTGAGCCCGGAGGCCCCGCGGCGCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ...CAGTGGGCATGAAGAAGAAAGCCTGAGCCCGGAGGCCCCGCGGCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAAACAG         CGACCCGCCCCGGCACAGAGGCTAAGGAAGAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100213 CCAAACAGGTA...CAGCGACCCGCCCCGGCACAGAGGCTAAGGAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGGACGGAGGCCCCCGAATCCCCCTGCCCCACGGGATCCAAGCCCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100622 AGGACGGAGGCCCCCGAATCCCCCTGCCCCACGGGATCCAAGCCCCGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCCGGAG         AGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGACGAGGAGGACG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100672 GCCCGGAGGTG...CAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGACGAGGAGGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGGAAGAGGAGGCAGAGGAAAAGAAAGAGAAAATCCTTCTGCCTCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101882 AGGAAGAGGAGGCAGAGGAAAAGAAAGAGAAAATCCTTCTGCCTCCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGCCCCTGAGAGAGAAGAGCTCCGCAGACCTGAAGGAGAGGAGGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101932 AAGCCCCTGAGAGAGAAGAGCTCCGCAGACCTGAAGGAGAGGAGGGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCCCAGGGCCCAAGGG         GAGACCTGGGAAGCCCTGACCCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101982 GGCCCAGGGCCCAAGGGGTG...CAGGAGACCTGGGAAGCCCTGACCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CACCGAAACCTCTGCGTGTTAGGAATAAGGAAGCTCCAGCAGGGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102955 CACCGAAACCTCTGCGTGTTAGGAATAAGGAAGCTCCAGCAGGGGAGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCAAGATGAGAAAGACCAAGAAGAAAG         GGTCTGGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103005 ACCAAGATGAGAAAGACCAAGAAGAAAGGTG...CAGGGTCTGGGGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CGACAAGGACCCCTCAGGGAGCCCAGCCAGTGCGAGGAAGAGCCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103122 CGACAAGGACCCCTCAGGGAGCCCAGCCAGTGCGAGGAAGAGCCCAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCATGTTTCTGGTTGGGGAAGGCAGTCCTGACAAGAAAGCCCTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103172 CCATGTTTCTGGTTGGGGAAGGCAGTCCTGACAAGAAAGCCCTGAAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAAG         GCACTCCCAAAGGCGCGAGGAAGGAGGAAGAAGAGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103222 AAAGGTG...CAGGCACTCCCAAAGGCGCGAGGAAGGAGGAAGAAGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGAGGAGGCAGCTACGGTGATAAAGAACAGCAATCAAAAGGGCAAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 103584 GGAGGAGGCAGCTACGGTGATAAAGAAGAGCAATCAAAAGGGCAAAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGGAAAAGGCAAAAAG         AAAGCGAAGGAGGAGAGGGCCCCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>------||||||||||||||||||
 103634 AAGGAAAAGGCAAAAAGGTT...CAG      AAGGAGGAGAGGGCCCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCTCCCCCCGTGGAGGTGGACGAACCCCGGGAGTTTGTGCTCCGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106704 TCTCCCCCCGTGGAGGTGGACGAACCCCGGGAGTTTGTGCTCCGGCCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCCCCAGGGCCGCACGGTGCGCTGCCGGCTGACCCGGGACAAAAAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106754 CCCCCAGGGCCGCACGGTGCGCTGCCGGCTGACCCGGGACAAAAAGGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGATCGAGGCATGTATCCCTCCTACTTCCTGCACCTGGACACGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106804 TGGATCGAGGCATGTATCCCTCCTACTTCCTGCACCTGGACACGGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAG         GTGTTCCTCTTGGCTGGCAGGAAACGAAAACGGAGCAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106854 AAGGTG...CAGGTGTTCCTCTTGGCTGGCAGGAAACGAAAACGGAGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GACAGCCAATTACCTCATCTCCATCGACCCTACCAATCTGTCCCGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107044 GACAGCCAATTACCTCATCTCCATCGACCCTACCAATCTGTCCCGAGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGGAGAATTTCATCGGGAAGCTGAG         GTCCAACCTCCTGGGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107094 GGGAGAATTTCATCGGGAAGCTGAGGTG...CAGGTCCAACCTCCTGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AACCGCTTCACGGTCTTTGACAACGGGCAGAACCCACAGCGTGGGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109027 AACCGCTTCACGGTCTTTGACAACGGGCAGAACCCACAGCGTGGGTACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CACTAATGTGGCAAGCCTTCGGCAGGAGCTGGCAGCTGTGATCTAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109077 CACTAATGTGGCAAGCCTTCGGCAGGAGCTGGCAGCTGTGATCTATGTG.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1066      GAAACCAACGTGCTGGGCTTCCGTGGCCCCCGGCGCATGACCGTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109127 ..CAGGAAACCAACGTGCTGGGCTTCCGTGGCCCCCGGCGCATGACCGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATCATTCCTGGCATGAGTGCGGAGAACGAGAGGGTCCCCATCCGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109247 ATCATTCCTGGCATGAGTGCGGAGAACGAGAGGGTCCCCATCCGGCCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAAT         GCTAGTGACGGCCTGCTGGTGCGCTGGCAGAACAAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109297 AAATGTG...CAGGCTAGTGACGGCCTGCTGGTGCGCTGGCAGAACAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CGCTGGAGAGCCTCATAGAACTGCACAACAAGCCACCTGTCTGGAACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112744 CGCTGGAGAGCCTCATAGAACTGCACAACAAGCCACCTGTCTGGAACGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GACAGTGGCTCCTACACCCTCAACTTCCAAGGCCGGGTCACCCAGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112794 GACAGTGGCTCCTACACCCTCAACTTCCAAGGCCGGGTCACCCAGGCCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGTCAAGAACTTCCAGATTGTCCACGCTGATGACC         CCGACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112844 AGTCAAGAACTTCCAGATTGTCCACGCTGATGACCGTG...TAGCCGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATATCGTGCTGCAGTTCGGCCGCGTGGCGGAGGACGCCTTCACCCTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114405 ATATCGTGCTGCAGTTCGGCCGCGTGGCGGAGGACGCCTTCACCCTAGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TACCGGTACCCGCTGTGCGCCCTGCAGGCCTTCGCCATCGCCCTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114455 TACCGGTACCCGCTGTGCGCCCTGCAGGCCTTCGCCATCGCCCTCTCCAG

   1550     .    :    .    :    .
   1443 TTTCGACGGGAAGCTGGCCTGCGAG
        |||||||||||||||||||||||||
 114505 TTTCGACGGGAAGCTGGCCTGCGAG