seq1 = pF1KE3660.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KE3660/gi568815592f_16029323.tfa (gi568815592f:16029323_16246748), 217426 bp

>pF1KE3660 1335
>gi568815592f:16029323_16246748 (Chr6)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-278  (101235-101425)   100% ->
279-464  (112303-112488)   100% ->
465-662  (113698-113895)   100% ->
663-827  (114377-114541)   100% ->
828-1248  (115575-115995)   99% ->
1249-1335  (117340-117426)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTGTTATGTGACGAGGCCGGACGCGGTGCTGATGGAGGTGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTGTTATGTGACGAGGCCGGACGCGGTGCTGATGGAGGTGGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGCGAAAGCCAACGGCGAGGACTGCCTCAACCAG         GTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GGAGGCGAAAGCCAACGGCGAGGACTGCCTCAACCAGGTG...TAGGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAGGCGACTGGGAATCATAGAAGTTGACTATTTTGGACTGCAGTTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101239 GCAGGCGACTGGGAATCATAGAAGTTGACTATTTTGGACTGCAGTTTACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTAGCAAAGGTGAAAGTTTATGGCTAAACCTGAGAAACCGGATCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101289 GGTAGCAAAGGTGAAAGTTTATGGCTAAACCTGAGAAACCGGATCTCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGATGGATGGGCTAGCCCCTTACAGGCTTAAACTTAGAGTCAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101339 GCAGATGGATGGGCTAGCCCCTTACAGGCTTAAACTTAGAGTCAAGTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCGTGGAGCCTCATCTCATCTTACAGGAGCAGACTAG         GCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101389 TCGTGGAGCCTCATCTCATCTTACAGGAGCAGACTAGGTA...CAGGCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCTTTTTCTTGCACATCAAGGAGGCCCTCTTGGCAGGCCACCTCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112307 ATCTTTTTCTTGCACATCAAGGAGGCCCTCTTGGCAGGCCACCTCTTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCCCCAGAGCAGGCAGTGGAACTCAGTGCCCTCCTGGCCCAGACCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112357 TTCCCCAGAGCAGGCAGTGGAACTCAGTGCCCTCCTGGCCCAGACCAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGGAGACTACAACCAGAACACTGCCAAGTATAACTATGAGGAGCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112407 TTGGAGACTACAACCAGAACACTGCCAAGTATAACTATGAGGAGCTCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCAAGGAGCTCTCCTCTGCCACCTTGAACAG         CATTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112457 GCCAAGGAGCTCTCCTCTGCCACCTTGAACAGGTG...CAGCATTGTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAAACATAAGGAGTTGGAGGGGACCAGCCAGGCTTCAGCTGAATACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113707 AAAACATAAGGAGTTGGAGGGGACCAGCCAGGCTTCAGCTGAATACCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTTTGCAGATTGTGTCGGCAATGGAAAACTATGGCATAGAATGGCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113757 TTTTGCAGATTGTGTCGGCAATGGAAAACTATGGCATAGAATGGCATTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGCGGGATAGCGAAGGGCAGAAACTGCTCATTGGGGTTGGACCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113807 GTGCGGGATAGCGAAGGGCAGAAACTGCTCATTGGGGTTGGACCTGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AATCTCAATTTGTAAAGATGACTTTAGCCCAATTAATAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113857 AATCTCAATTTGTAAAGATGACTTTAGCCCAATTAATAGGTA...TAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAGCTTATCCTGTGGTGCAGATGGCCACCCAGTCAGGAAAGAATGTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114379 TAGCTTATCCTGTGGTGCAGATGGCCACCCAGTCAGGAAAGAATGTATAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTGACGGTCACCAAGGAATCTGGGAACAGCATCGTGCTCTTGTTTAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114429 TTGACGGTCACCAAGGAATCTGGGAACAGCATCGTGCTCTTGTTTAAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GATCAGCACCAGGGCGGCCAGCGGGCTCTACCGAGCGATAACAGAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114479 GATCAGCACCAGGGCGGCCAGCGGGCTCTACCGAGCGATAACAGAGACGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACGCATTCTACAG         GTGTGACACAGTGACCAGCGCCGTGATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 114529 ACGCATTCTACAGGCA...CAGGTGTGACACAGTGACCAGCGCCGTGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATGCAGTATAGCCGTGACTTGAAGGGCCACTTGGCATCTCTGTTTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115603 ATGCAGTATAGCCGTGACTTGAAGGGCCACTTGGCATCTCTGTTTCTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGAAAACATTAACCTTGGCAAGAAATATGTCTTTGATATTAAAAGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115653 TGAAAACATTAACCTTGGCAAGAAATATGTCTTTGATATTAAAAGAACAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CAAAGGAGGTGTATGACCATGCCAGGAGGGCTCTGTACAATGCTGGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115703 CAAAGGAGGTGTATGACCATGCCAGGAGGGCTCTGTACAATGCTGGCGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTGGACCTCGTTTCAAGAAACAACCAGAGCCCTTCACACTCGCCTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115753 GTGGACCTCGTTTCAAGAAACAACCAGAGCCCTTCACACTCGCCTCTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GTCCTCAGAAAGCAGCATGAACTGCAGCAGCTGCGAGGGCCTCAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115803 GTCCTCAGAAAGCAGCATGAACTGCAGCAGCTGCGAGGGCCTCAGCTGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGCAGACCCGGGTGCTGCAGGAGAAGCTACGCAAGCTGAAGGAAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115853 AGCAGACCCGGGTGCTGCAGGAGAAGCTACGCAAGCTGAAGGAAGCCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTGTGCATGGTGTGCTGCGAGGAGGAAATCAACTCCACCTTCTGTCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 115903 CTGTGCATGGTGTGCTGCGAGGAGGAGATCAACTCCACCTTCTGTCCCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGGCCACACTGTGTGCTGTGAGAGCTGCGCCGCCCAGCTACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 115953 TGGCCACACTGTGTGCTGTGAGAGCTGCGCCGCCCAGCTACAGGTA...C

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1249   TCATGTCCCGTCTGCAGGTCGCGTGTGGAGCATGTCCAGCACGTCTAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117338 AGTCATGTCCCGTCTGCAGGTCGCGTGTGGAGCATGTCCAGCACGTCTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1297 CTGCCAACGCACACCAGTCTTCTCAATCTGACTGTAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117388 CTGCCAACGCACACCAGTCTTCTCAATCTGACTGTAATC