seq1 = pF1KE3659.tfa, 525 bp
seq2 = pF1KE3659/gi568815581f_42661262.tfa (gi568815581f:42661262_42862849), 201588 bp

>pF1KE3659 525
>gi568815581f:42661262_42862849 (Chr17)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-163  (100573-100638)   100% ->
164-272  (101094-101202)   100% ->
273-525  (101336-101588)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCGCTCCGGGTGGAGCGCGCCGGCGGCCCGCGTCTCCCTAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCGCTCCGGGTGGAGCGCGCCGGCGGCCCGCGTCTCCCTAGGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGAGTCGGGCGGCCGGCAGCGCTCCGCCTCCTCCTCCTGCTGGGCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 CCGAGTCGGGCGGCCGGCAGCGCTCCGCCTCCTCCTCCTGCTGGGCGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       CTGTCCTGAATCCCCACGAGGCCCTGGCTCAGCCTCTTCCCACC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGCTGTCCTGAATCCCCACGAGGCCCTGGCTCAGCCTCTTCCCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGGCACACCAGGGTCAGAAG         GGGGGACGGTGAAGAACTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100617 ACAGGCACACCAGGGTCAGAAGGTG...CAGGGGGGACGGTGAAGAACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAGACAGCTGTCCAATTTTGCTGGAATCATTATAAGGATCAAATGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101113 TGAGACAGCTGTCCAATTTTGCTGGAATCATTATAAGGATCAAATGGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTATCGAAAAGGATTGGTGCGACTGGGCCATGATTAGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101163 CTATCGAAAAGGATTGGTGCGACTGGGCCATGATTAGCAGGTA...TAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCTTATAGCACCCTGCGAGATTGCCTGGAGCACTTTGCAGAGTTGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101337 CCTTATAGCACCCTGCGAGATTGCCTGGAGCACTTTGCAGAGTTGTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGGGCTTCCCCAATCCCTTGGCAGAGAGGATCATCTTTGAGACTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101387 CCTGGGCTTCCCCAATCCCTTGGCAGAGAGGATCATCTTTGAGACTCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGATCCACTTTGCCAACTGCTCCCTGGTGCAGCCCACCTTCTCTGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101437 AGATCCACTTTGCCAACTGCTCCCTGGTGCAGCCCACCTTCTCTGACCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAGAGGATGTACTCCTGGCCATGATCATAGCCCCCATCTGCCTCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101487 CCAGAGGATGTACTCCTGGCCATGATCATAGCCCCCATCTGCCTCATCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCCTCATCACTCTTGTAGTATGGAGGAGTAAAGACAGTGAGGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101537 CTTCCTCATCACTCTTGTAGTATGGAGGAGTAAAGACAGTGAGGCCCAGG

    550 
    524 CC
        ||
 101587 CC