seq1 = pF1KE3658.tfa, 492 bp
seq2 = pF1KE3658/gi568815587f_63439515.tfa (gi568815587f:63439515_63646236), 206722 bp

>pF1KE3658 492
>gi568815587f:63439515_63646236 (Chr11)

9-118  (100001-100110)   100% ->
119-387  (105107-105375)   100% ->
388-492  (106635-106739)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 GCCACACCAAGAGCCCAAACCTGGAGACCTGATTGAGATTTTCCGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GCCACACCAAGAGCCCAAACCTGGAGACCTGATTGAGATTTTCCGCCTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 GCTATGAGCACTGGGCCCTGTATATAGGAGATGGCTACGTGATCCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTATGAGCACTGGGCCCTGTATATAGGAGATGGCTACGTGATCCATCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109 GCTCCTCCAA         GTGAGTACCCCGGGGCTGGCTCCTCCAGTGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCCTCCAAGTA...CAGGTGAGTACCCCGGGGCTGGCTCCTCCAGTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 CTTCTCAGTCCTGAGCAACAGTGCAGAGGTGAAACGGGAGCGCCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105138 CTTCTCAGTCCTGAGCAACAGTGCAGAGGTGAAACGGGAGCGCCTGGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 ATGTGGTGGGAGGCTGTTGCTATCGGGTCAACAACAGCTTGGACCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105188 ATGTGGTGGGAGGCTGTTGCTATCGGGTCAACAACAGCTTGGACCATGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 TACCAACCACGGCCCGTGGAGGTGATCATCAGTTCTGCGAAGGAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105238 TACCAACCACGGCCCGTGGAGGTGATCATCAGTTCTGCGAAGGAGATGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 TGGTCAGAAGATGAAGTACAGTATTGTGAGCAGGAACTGTGAGCACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105288 TGGTCAGAAGATGAAGTACAGTATTGTGAGCAGGAACTGTGAGCACTTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 TCACCCAGCTGAGATATGGCAAGTCCCGCTGTAAACAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105338 TCACCCAGCTGAGATATGGCAAGTCCCGCTGTAAACAGGTA...CAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 GAAAAGGCCAAGGTTGAAGTCGGTGTGGCCACGGCGCTTGGAATCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106638 GAAAAGGCCAAGGTTGAAGTCGGTGTGGCCACGGCGCTTGGAATCCTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 TGTTGCTGGATGCTCTTTTGCGATTAGGAGATACCAAAAAAAAGCGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106688 TGTTGCTGGATGCTCTTTTGCGATTAGGAGATACCAAAAAAAAGCGACAG

    500 
    491 CC
        ||
 106738 CC