seq1 = pF1KE3647.tfa, 297 bp
seq2 = pF1KE3647/gi568815587f_116730583.tfa (gi568815587f:116730583_116932881), 202299 bp

>pF1KE3647 297
>gi568815587f:116730583_116932881 (Chr11)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-179  (100191-100314)   100% ->
180-297  (102182-102299)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCCCCGGGTACTCCTTGTTGTTGCCCTCCTGGCGCTCCTGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCCCCGGGTACTCCTTGTTGTTGCCCTCCTGGCGCTCCTGGCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCC         GAGCTTCAGAGGCCGAGGATGCCTCCCTTCTCAGCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCCGTA...CAGGAGCTTCAGAGGCCGAGGATGCCTCCCTTCTCAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCATGCAGGGTTACATGAAGCACGCCACCAAGACCGCCAAGGATGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100227 TCATGCAGGGTTACATGAAGCACGCCACCAAGACCGCCAAGGATGCACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCAGCGTGCAGGAGTCCCAGGTGGCCCAGCAGGCCAG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100277 AGCAGCGTGCAGGAGTCCCAGGTGGCCCAGCAGGCCAGGTA...TAGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGGGTGACCGATGGCTTCAGTTCCCTGAAAGACTACTGGAGCACCGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102185 CTGGGTGACCGATGGCTTCAGTTCCCTGAAAGACTACTGGAGCACCGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGACAAGTTCTCTGAGTTCTGGGATTTGGACCCTGAGGTCAGACCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102235 AGGACAAGTTCTCTGAGTTCTGGGATTTGGACCCTGAGGTCAGACCAACT

    300     .    :    .
    283 TCAGCCGTGGCTGCC
        |||||||||||||||
 102285 TCAGCCGTGGCTGCC