seq1 = pF1KE3641.tfa, 1509 bp
seq2 = pF1KE3641/gi568815579r_40592038.tfa (gi568815579r:40592038_40814632), 222595 bp

>pF1KE3641 1509
>gi568815579r:40592038_40814632 (Chr19)

(complement)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-222  (100236-100355)   100% ->
223-289  (100500-100566)   100% ->
290-367  (104497-104574)   100% ->
368-453  (109452-109537)   100% ->
454-594  (110778-110918)   100% ->
595-676  (111011-111092)   100% ->
677-770  (111940-112033)   100% ->
771-912  (114182-114323)   100% ->
913-1020  (114459-114566)   100% ->
1021-1086  (118579-118644)   100% ->
1087-1173  (121596-121682)   100% ->
1174-1509  (122260-122595)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCTGAAGGTGGGGGGCCTACTTCGGGGGACCGGTGGACAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCTGAAGGTGGGGGGCCTACTTCGGGGGACCGGTGGACAGCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGACTGTTGGTTGGCCTTGTGGGGCCCTGGGGCCTGGGCCCCACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGACTGTTGGTTGGCCTTGTGGGGCCCTGGGGCCTGGGCCCCACCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GG         GGACCATGTGGAGGTTCTTGGGCCCAAAAGTTTTACCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGTA...CAGGGACCATGTGGAGGTTCTTGGGCCCAAAAGTTTTACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGGGCCTGGGAGAGGCCTGGGTGAGGAGGACATTCGCAGGGCACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100275 GATGGGCCTGGGAGAGGCCTGGGTGAGGAGGACATTCGCAGGGCACGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCCGTCCCAGGAAGACACCCCGGCCCCAG         CTGAGTGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100325 GGCCCGTCCCAGGAAGACACCCCGGCCCCAGGTA...CAGCTGAGTGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTCTCGAGAACGCAAGGTGCCTGCCTCCCGCATCAGCCGCTTGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100510 GCTCTCGAGAACGCAAGGTGCCTGCCTCCCGCATCAGCCGCTTGGCCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGGGG         GACTGGCTGTGGGCTTGGGGCTAGGAGTACTGGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100560 TTTGGGGGTA...CAGGACTGGCTGTGGGCTTGGGGCTAGGAGTACTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGAGATGGCTAAGAAGTCCATGCCAGGAGGTCGTCTGCAGTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104531 CGAGATGGCTAAGAAGTCCATGCCAGGAGGTCGTCTGCAGTCAGGTG...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    368    ACAACAGCTTCATCAGCCCTCAGCTGCAGCACATCTTTGAGCGGGTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109449 AAGACAACAGCTTCATCAGCCCTCAGCTGCAGCACATCTTTGAGCGGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGCCAGAGCGCCGACTTCATGCCCCGCTGGCAGATGCTG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 109499 CGCCAGAGCGCCGACTTCATGCCCCGCTGGCAGATGCTGGTG...CAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGTTCTTGAAGAGGAGCTCGGCAGGGACTGGCAGGCCAAGGTGGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110780 AGTTCTTGAAGAGGAGCTCGGCAGGGACTGGCAGGCCAAGGTGGCCTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGAGGAGGTGCCCTTTGCCGCTGCCTCAATTGGGCAGGTGCACCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110830 TGGAGGAGGTGCCCTTTGCCGCTGCCTCAATTGGGCAGGTGCACCAGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGCTGAGGGACGGGACGGAGGTGGCCGTGAAGATCCAG         TA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110880 CTGCTGAGGGACGGGACGGAGGTGGCCGTGAAGATCCAGGTG...CAGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCCCGGCATAGCCCAGAGCATTCAGAGCGATGTCCAGAACCTGCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111013 CCCCGGCATAGCCCAGAGCATTCAGAGCGATGTCCAGAACCTGCTGGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TACTCAAGATGAGCGCGGCCCTGCCCGCGG         GCCTGTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111063 TACTCAAGATGAGCGCGGCCCTGCCCGCGGGTG...CAGGCCTGTTTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAGCAGAGCCTGCAGGCCTTGCAGCAGGAGCTGGCTTGGGAGTGTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111951 GAGCAGAGCCTGCAGGCCTTGCAGCAGGAGCTGGCTTGGGAGTGTGACTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCGTCGTGAGGCGGCTTGTGCCCAGAATTTCAG         GCAGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112001 CCGTCGTGAGGCGGCTTGTGCCCAGAATTTCAGGTG...CAGGCAGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGGCAAATGACCCCTTCTTCCGGGTCCCAGCCGTGGTTAAGGAGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114190 TGGCAAATGACCCCTTCTTCCGGGTCCCAGCCGTGGTTAAGGAGCTGTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACGACACGGGTGCTGGGCATGGAGCTGGCTGGAGGGGTCCCCCTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114240 ACGACACGGGTGCTGGGCATGGAGCTGGCTGGAGGGGTCCCCCTGGACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTGCCAGGGCCTAAGCCAGGACCTGCGGAACCAG         ATTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114290 GTGCCAGGGCCTAAGCCAGGACCTGCGGAACCAGGTA...CAGATTTGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCCAGCTCCTGACGCTGTGTCTGCGGGAGCTGTTTGAGTTCCGATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114466 TCCAGCTCCTGACGCTGTGTCTGCGGGAGCTGTTTGAGTTCCGATTCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGACTGACCCCAACTGGGCCAACTTCCTGTATGATGCCTCCAGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114516 CAGACTGACCCCAACTGGGCCAACTTCCTGTATGATGCCTCCAGCCACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 G         GTGACCCTGCTGGACTTTGGTGCAAGCCGGGAGTTTGGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114566 GGTT...CAGGTGACCCTGCTGGACTTTGGTGCAAGCCGGGAGTTTGGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CAGAGTTCACAGACCATTACATCGAG         GTGGTGAAGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118619 CAGAGTTCACAGACCATTACATCGAGGTG...CAGGTGGTGAAGGCTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GCTGATGGAGACAGAGACTGTGTCCTGCAGAAGTCCAGGGACCTCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121611 GCTGATGGAGACAGAGACTGTGTCCTGCAGAAGTCCAGGGACCTCAAATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCTCACAGGCTTTGAAACCAAG         GCATTCTCCGACGCCCACG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 121661 CCTCACAGGCTTTGAAACCAAGGTG...CAGGCATTCTCCGACGCCCACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TGGAGGCAGTGATGATCCTGGGGGAGCCTTTCGCCACCCAGGGCCCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122279 TGGAGGCAGTGATGATCCTGGGGGAGCCTTTCGCCACCCAGGGCCCTTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GACTTTGGGTCGGGGGAAACGGCCCGCCGCATACAGGACCTCATCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122329 GACTTTGGGTCGGGGGAAACGGCCCGCCGCATACAGGACCTCATCCCGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GCTGCTGCGGCACCGGCTGTGTCCCCCACCCGAGGAGACCTATGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122379 GCTGCTGCGGCACCGGCTGTGTCCCCCACCCGAGGAGACCTATGCCCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ACCGCAAGCTGGCAGGGGCTTTCCTGGCCTGTGCCCACCTCCGAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122429 ACCGCAAGCTGGCAGGGGCTTTCCTGGCCTGTGCCCACCTCCGAGCCCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ATCGCCTGCAGGGACCTCTTCCAGGACACCTACCACCGCTACTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122479 ATCGCCTGCAGGGACCTCTTCCAGGACACCTACCACCGCTACTGGGCCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TCGCCAGCCAGACGCAGCCACTGCCGGCAGCCTCCCCACCAAAGGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122529 TCGCCAGCCAGACGCAGCCACTGCCGGCAGCCTCCCCACCAAAGGGGACT

   1600     .    :    .
   1493 CCTGGGTGGATCCCTCA
        |||||||||||||||||
 122579 CCTGGGTGGATCCCTCA