seq1 = pF1KE3639.tfa, 1137 bp
seq2 = pF1KE3639/gi568815586r_64951352.tfa (gi568815586r:64951352_65221191), 269840 bp

>pF1KE3639 1137
>gi568815586r:64951352_65221191 (Chr12)

(complement)

1-148  (100001-100148)   100% ->
149-288  (100636-100775)   98% ->
289-397  (143338-143446)   100% ->
398-538  (152288-152428)   99% ->
539-634  (153402-153497)   100% ->
635-730  (154456-154551)   100% ->
731-826  (158616-158711)   100% ->
827-922  (165066-165161)   100% ->
923-1018  (165979-166074)   100% ->
1019-1137  (169722-169840)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGGAGGAGCGCCTTCCCTGCCGCCGCGCTCTGGCTCTGGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGGAGGAGCGCCTTCCCTGCCGCCGCGCTCTGGCTCTGGAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCCTGTGCCTGCTGGCACTGCGGGCGGAGGCCGGGCCGCCGCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCCTGTGCCTGCTGGCACTGCGGGCGGAGGCCGGGCCGCCGCAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGCCTGTACCTATGGATCGATGCTCACCAGGCAAGAGTACTCATAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100101 AGAGCCTGTACCTATGGATCGATGCTCACCAGGCAAGAGTACTCATAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149        GATTTGAAGAAGATATCCTGATTGTTTCGGAGGGGAAAATGGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100151 A...CAGGATTTGAAGAAGATATCCTGATTGTTTCAGAGGGGAAAATGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCTTTTACACATGATTTCAGAAAAGCGCAACAGAGAATGCCAGCTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100679 ACCTTTTACACATGATTTCAGAAAAGCACAACAGAGAATGCCAGCTATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGTCAATATCCATTCCATGAATTTTACCTGGCAAGCTGCAGGGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100729 CTGTCAATATCCATTCCATGAATTTTACCTGGCAAGCTGCAGGGCAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       GCAGAATACTTCTATGAATTCCTGTCCTTGCGCTCCCTGGATAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100779 ...TAGGCAGAATACTTCTATGAATTCCTGTCCTTGCGCTCCCTGGATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGCATCATGGCAGATCCAACCGTCAATGTCCCTCTGCTGGGAACAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143382 AGGCATCATGGCAGATCCAACCGTCAATGTCCCTCTGCTGGGAACAGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCACAAGGCATCAG         TTGTTCAAGTTGGTTTCCCATGTCTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 143432 CTCACAAGGCATCAGGTG...TAGTTGTTCAAGTTGGTTTCCCATGTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAAAACAGGATGGGGTGGCAGCATTTGAAGTGGATGTGATTGTTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152314 GGAAAACAGGATGGGGTGGCAGCATTTGAAGTGGATGTGATTGTTATGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTCTGAAGGCAACACCATTCTCAAAACACCTCAAAATGCTATCTTCTTTA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 152364 TTCTGAAGGCAACACCATTCTCCAAACACCTCAAAATGCTATCTTCTTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAACATGTCAACAAG         CTGAGTGCCCAGGCGGGTGCCGAAAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 152414 AAACATGTCAACAAGGTA...AAGCTGAGTGCCCAGGCGGGTGCCGAAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAGGCTTTTGTAATGAAAGACGCATCTGCGAGTGTCCTGATGGGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153428 GGAGGCTTTTGTAATGAAAGACGCATCTGCGAGTGTCCTGATGGGTTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGGACCTCACTGTGAGAAAG         CCCTTTGTACCCCACGATGTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 153478 CGGACCTCACTGTGAGAAAGGTA...AAGCCCTTTGTACCCCACGATGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGAATGGTGGACTTTGTGTGACTCCTGGTTTCTGCATCTGCCCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154477 TGAATGGTGGACTTTGTGTGACTCCTGGTTTCTGCATCTGCCCACCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTCTATGGAGTGAACTGTGACAAAG         CAAACTGCTCAACCAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 154527 TTCTATGGAGTGAACTGTGACAAAGGTA...CAGCAAACTGCTCAACCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTGCTTTAATGGAGGGACCTGTTTCTACCCTGGAAAATGTATTTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158632 CTGCTTTAATGGAGGGACCTGTTTCTACCCTGGAAAATGTATTTGCCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGGACTAGAGGGAGAGCAGTGTGAAATCA         GCAAATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 158682 CAGGACTAGAGGGAGAGCAGTGTGAAATCAGTG...CAGGCAAATGCCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAACCCTGTCGAAATGGAGGTAAATGCATTGGTAAAAGCAAATGTAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165077 CAACCCTGTCGAAATGGAGGTAAATGCATTGGTAAAAGCAAATGTAAGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTCCAAAGGTTACCAGGGAGACCTCTGTTCAAAGC         CTGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 165127 TTCCAAAGGTTACCAGGGAGACCTCTGTTCAAAGCGTA...TAGCTGTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCGAGCCTGGCTGTGGTGCACATGGAACCTGCCATGAACCCAACAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165985 GCGAGCCTGGCTGTGGTGCACATGGAACCTGCCATGAACCCAACAAATGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAATGTCAAGAAGGTTGGCATGGAAGACACTGCAATAAAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 166035 CAATGTCAAGAAGGTTGGCATGGAAGACACTGCAATAAAAGTG...CAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTACGAAGCCAGCCTCATACATGCCCTGAGGCCAGCAGGCGCCCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169723 GTACGAAGCCAGCCTCATACATGCCCTGAGGCCAGCAGGCGCCCAGCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGCAGCACACGCCTTCACTTAAAAAGGCCGAGGAGCGGCGGGATCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169773 GGCAGCACACGCCTTCACTTAAAAAGGCCGAGGAGCGGCGGGATCCACCT

   1200     .    :    .
   1120 GAATCCAATTACATCTGG
        ||||||||||||||||||
 169823 GAATCCAATTACATCTGG