seq1 = pF1KE3631.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE3631/gi568815595r_112432702.tfa (gi568815595r:112432702_112661528), 228827 bp

>pF1KE3631 942
>gi568815595r:112432702_112661528 (Chr3)

(complement)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-114  (103112-103153)   100% ->
115-164  (108200-108249)   100% ->
165-235  (111267-111337)   100% ->
236-343  (112889-112996)   100% ->
344-393  (117423-117472)   100% ->
394-475  (119645-119726)   100% ->
476-510  (123349-123383)   100% ->
511-666  (123639-123794)   100% ->
667-794  (124927-125054)   100% ->
795-863  (127192-127260)   100% ->
864-942  (128749-128827)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAATGTGATTAATACTGTGAAGGGAAAGGCACTGGAAGTGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGAATGTGATTAATACTGTGAAGGGAAAGGCACTGGAAGTGGCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACCTGACCCCGGTCCTCAAG         GAATCAAAGTTTAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 GTACCTGACCCCGGTCCTCAAGGTA...TAGGAATCAAAGTTTAAGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGGTGTAATTACCCCAGAAGAG         TTTGTGGCAGCTGGAGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103131 CAGGTGTAATTACCCCAGAAGAGGTG...TAGTTTGTGGCAGCTGGAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CACCTAGTCCACCACTGTCCAACATGGCAATG         GGCTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108218 CACCTAGTCCACCACTGTCCAACATGGCAATGGTA...AAGGGCTACAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GGAAGAATTGAAAGTGAAGGCATACCTACCAACAGGCAAACAATTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111276 GGAAGAATTGAAAGTGAAGGCATACCTACCAACAGGCAAACAATTTTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TAACCAAAAATG         TGCCGTGCTATAAGCGGTGCAAACAGATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111326 TAACCAAAAATGGTA...TAGTGCCGTGCTATAAGCGGTGCAAACAGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAATATTCAGATGAATTGGAAGCTATCATTGAAGAAGATGATGGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112918 GAATATTCAGATGAATTGGAAGCTATCATTGAAGAAGATGATGGTGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CGGATGGGTAGATACATATCACAACACAG         GTATTACAGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112968 CGGATGGGTAGATACATATCACAACACAGGTA...TAGGTATTACAGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TAACGGAAGCCGTTAAAGAGATCACACTGGAAAATAAG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117435 TAACGGAAGCCGTTAAAGAGATCACACTGGAAAATAAGGTA...AAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 AATATAAGGCTTCAAGATTGCTCAGCACTATGTGAAGAGGAAGAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119648 AATATAAGGCTTCAAGATTGCTCAGCACTATGTGAAGAGGAAGAAGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 AGATGAAGGAGAAGCTGCAGATATGGAAG         AATATGAAGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 119698 AGATGAAGGAGAAGCTGCAGATATGGAAGGTA...CAGAATATGAAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 GTGGATTGTTGGAAACAGATGAG         GCTACCCTAGATACAAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 123361 GTGGATTGTTGGAAACAGATGAGGTT...CAGGCTACCCTAGATACAAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 AAAATAGTAGAAGCTTGTAAAGCCAAAACTGATGCTGGCGGTGAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123657 AAAATAGTAGAAGCTTGTAAAGCCAAAACTGATGCTGGCGGTGAAGATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 TATTTTGCAAACCAGAACTTATGACCTTTACATCACTTATGATAAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123707 TATTTTGCAAACCAGAACTTATGACCTTTACATCACTTATGATAAATATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 ACCAGACTCCACGATTATGGTTGTTTGGCTATGATGAG         CAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123757 ACCAGACTCCACGATTATGGTTGTTTGGCTATGATGAGGTA...CAGCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 CGGCAGCCTTTAACAGTTGAGCACATGTATGAAGACATCAGTCAGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124930 CGGCAGCCTTTAACAGTTGAGCACATGTATGAAGACATCAGTCAGGATCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TGTGAAGAAAACAGTGACCATTGAAAATCACCCTCATCTGCCACCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124980 TGTGAAGAAAACAGTGACCATTGAAAATCACCCTCATCTGCCACCACCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CCATGTGTTCAGTTCACCCATGCAG         GCATGCTGAGGTGATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 125030 CCATGTGTTCAGTTCACCCATGCAGGTC...TAGGCATGCTGAGGTGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 AAGAAAATCATTGAGACTGTTGCAGAAGGAGGGGGAGAACTTGGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127208 AAGAAAATCATTGAGACTGTTGCAGAAGGAGGGGGAGAACTTGGAGTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TAT         GTATCTTCTTATTTTCTTGAAATTTGTACAAGCTGTCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127258 TATGTA...TAGGTATCTTCTTATTTTCTTGAAATTTGTACAAGCTGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    902 TTCCAACAATAGAATATGACTACACAAGACACTTCACAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128787 TTCCAACAATAGAATATGACTACACAAGACACTTCACAATG