seq1 = pF1KE3617.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KE3617/gi568815595r_48419750.tfa (gi568815595r:48419750_48656777), 237028 bp

>pF1KE3617 1407
>gi568815595r:48419750_48656777 (Chr3)

(complement)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-214  (106544-106660)   100% ->
215-311  (106818-106914)   100% ->
312-378  (113132-113198)   100% ->
379-453  (117007-117081)   100% ->
454-510  (117468-117524)   98% ->
511-632  (118159-118280)   100% ->
633-840  (120315-120522)   100% ->
841-987  (121120-121266)   100% ->
988-1092  (131109-131213)   100% ->
1093-1222  (132948-133077)   100% ->
1223-1285  (133179-133241)   100% ->
1286-1350  (134728-134792)   100% ->
1351-1407  (136972-137028)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCCCACGGGAATTGACACAGAACCCCCTGAAGAAGATCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCCCCACGGGAATTGACACAGAACCCCCTGAAGAAGATCTGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCATACAGCAATGGGCGGCCCGCTCTGCACGCTTGCCAGCGCGGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 GCCATACAGCAATGGGCGGCCCGCTCTGCACGCTTGCCAGCGCGGTGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       TGTGCATGACCAACTGCCCAACTCTCATTGTCATGGTGGGCCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...TAGTGTGCATGACCAACTGCCCAACTCTCATTGTCATGGTGGGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCGCCAGGGGCAAGACCTACATCTCCAAGAAGCTGACTCGATACCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106588 CCCGCCAGGGGCAAGACCTACATCTCCAAGAAGCTGACTCGATACCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGGATTGGTGTGCCCACTCGGG         AGTTCAATGTTGGCCAGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106638 CTGGATTGGTGTGCCCACTCGGGGTG...CAGAGTTCAATGTTGGCCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCGCCGGGACGTGGTCAAGACCTACAAATCTTTTGAATTTTTTCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106836 ATCGCCGGGACGTGGTCAAGACCTACAAATCTTTTGAATTTTTTCTCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACAATGAAGAGGGCCTGAAAATCAGGAA         GCAGTGTGCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106886 GACAATGAAGAGGGCCTGAAAATCAGGAAGTA...AAGGCAGTGTGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCAGCCCTCCGTGACGTCCGGCGGTTCCTTAGTGAGGAGGGGGGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113144 GGCAGCCCTCCGTGACGTCCGGCGGTTCCTTAGTGAGGAGGGGGGACATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGCG         GTTTTTGATGCCACAAACACCACCCGAGAACGGAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113194 TGGCGGTG...TAGGTTTTTGATGCCACAAACACCACCCGAGAACGGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCGACCATCTTTAATTTTGGAGAACAGAATGGCTACAAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 117043 GCGACCATCTTTAATTTTGGAGAACAGAATGGCTACAAGGTG...CAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTTTTTGTCGAGTCCATCTGTGTGGATCCTGAGGTCATAGCTGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117470 CTTTTTTGTCGAGTCCATCTGTGTGGATCCTGAGGTCATAGCTGCCAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCATG         CAAGTGAAACTGGGCAGCCCTGACTATGTCAACCGC
        || ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117520 TCGTGGTG...CAGCAAGTGAAACTGGGCAGCCCTGACTATGTCAACCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACAGTGATGAGGCTACGGAGGACTTCATGAGGCGCATTGAGTGCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118195 GACAGTGATGAGGCTACGGAGGACTTCATGAGGCGCATTGAGTGCTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAACTCCTACGAGTCGCTAGATGAGGACCTGGATAG         GGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 118245 GAACTCCTACGAGTCGCTAGATGAGGACCTGGATAGGTG...CAGGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGTCCTATATCAAGATCATGGATGTGGGCCAGAGCTACGTGGTGAACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120320 TGTCCTATATCAAGATCATGGATGTGGGCCAGAGCTACGTGGTGAACCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTGGCTGACCACATCCAGAGCCGCATCGTATATTACCTCATGAACATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120370 GTGGCTGACCACATCCAGAGCCGCATCGTATATTACCTCATGAACATCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGTGACCCCCCGCTCCATCTACCTCTGCCGGCACGGGGAGAGCGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120420 CGTGACCCCCCGCTCCATCTACCTCTGCCGGCACGGGGAGAGCGAGCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACCTCAAGGGCCGGATTGGCGGGGACCCAGGACTGTCCCCTCGGGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120470 ACCTCAAGGGCCGGATTGGCGGGGACCCAGGACTGTCCCCTCGGGGCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAG         TTTGCCAAGAGTCTAGCCCAGTTCATCAGTGACCAAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120520 GAGGTC...CAGTTTGCCAAGAGTCTAGCCCAGTTCATCAGTGACCAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TATCAAGGATCTGAAGGTCTGGACAAGCCAGATGAAGAGGACAATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121158 TATCAAGGATCTGAAGGTCTGGACAAGCCAGATGAAGAGGACAATCCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CGGCTGAGGCACTGGGTGTGCCCTATGAACAGTGGAAGGTCCTCAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121208 CGGCTGAGGCACTGGGTGTGCCCTATGAACAGTGGAAGGTCCTCAACGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATCGATGCG         GGCGTCTGTGAGGAAATGACCTACGAGGAAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 121258 ATCGATGCGGTA...TAGGGCGTCTGTGAGGAAATGACCTACGAGGAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCAGGATAATTATCCACTGGAGTTCGCCCTGCGGGACCAGGACAAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131141 TCAGGATAATTATCCACTGGAGTTCGCCCTGCGGGACCAGGACAAGTACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGTACCGGTACCCTAAAGGGGAG         TCCTACGAGGACCTGGTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 131191 GGTACCGGTACCCTAAAGGGGAGGTA...CAGTCCTACGAGGACCTGGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CAGAGACTGGAGCCTGTCATCATGGAGCTGGAGAGGCAAGAGAATGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132966 CAGAGACTGGAGCCTGTCATCATGGAGCTGGAGAGGCAAGAGAATGTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGTCATCTGCCACCAGGCTGTGATGCGCTGCCTGCTGGCCTACTTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133016 GGTCATCTGCCACCAGGCTGTGATGCGCTGCCTGCTGGCCTACTTCCTCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACAAGGCAGCAG         AACAGCTGCCCTACCTCAAGTGTCCGCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 133066 ACAAGGCAGCAGGTG...CAGAACAGCTGCCCTACCTCAAGTGTCCGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CACACAGTCCTGAAGCTGACTCCTGTGGCATATG         GTTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 133208 CACACAGTCCTGAAGCTGACTCCTGTGGCATATGGTA...CAGGTTGTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGTGGAGTCCATATTCCTGAACGTGGCTGCTGTGAACACGCACCGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134735 AGTGGAGTCCATATTCCTGAACGTGGCTGCTGTGAACACGCACCGGGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GGCCTCAG         AACGTGGACATCTCAAGACCTCCAGAGGAAGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 134785 GGCCTCAGGTA...CAGAACGTGGACATCTCAAGACCTCCAGAGGAAGCC

   1500     .    :    .    :
   1384 CTTGTCACGGTGCCTGCTCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||
 137005 CTTGTCACGGTGCCTGCTCACCAG