seq1 = pF1KE3605.tfa, 1374 bp
seq2 = pF1KE3605/gi568815583f_49070323.tfa (gi568815583f:49070323_49428156), 357834 bp

>pF1KE3605 1374
>gi568815583f:49070323_49428156 (Chr15)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-142  (130840-130928)   100% ->
143-266  (146868-146991)   100% ->
267-357  (165529-165619)   100% ->
358-504  (168899-169045)   100% ->
505-603  (211665-211763)   100% ->
604-756  (213244-213396)   100% ->
757-967  (222005-222215)   100% ->
968-1169  (249282-249483)   99% ->
1170-1374  (257630-257834)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTACAGAGAGCCCTGCTACGCGTCGGGTCCAGGTGGCAGAACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTACAGAGAGCCCTGCTACGCGTCGGGTCCAGGTGGCAGAACATCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAG         GTTACTGAAGCTAAAGGAGATGTTTAACTCCAAGTTTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGGTG...CAGGTTACTGAAGCTAAAGGAGATGTTTAACTCCAAGTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GATCTATTCCCAAGTTTTATGTTCGAGCACCAGGAAGAGTCAACATAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130878 GATCTATTCCCAAGTTTTATGTTCGAGCACCAGGAAGAGTCAACATAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 G         GAGAGCATATAGATTATTGTGGATATTCTGTTCTTCCTAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130928 GGTA...TAGGAGAGCATATAGATTATTGTGGATATTCTGTTCTTCCTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCTGTAGAACAAGATGTGCTAATAGCTGTAGAACCTGTGAAAACGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146908 GGCTGTAGAACAAGATGTGCTAATAGCTGTAGAACCTGTGAAAACGTACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCTCCAACTGGCCAATACAAATCCCTTGTATCC         GGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 146958 CTCTCCAACTGGCCAATACAAATCCCTTGTATCCGTG...CAGGGACTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGTACTAGTGCTAATAACATCCAGATTGATAAAACCAAGCCTTTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165536 AGTACTAGTGCTAATAACATCCAGATTGATAAAACCAAGCCTTTGTGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAACTATTTCTTATGTGGACTTAAAGGAATTCAG         GAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 165586 CAACTATTTCTTATGTGGACTTAAAGGAATTCAGGTA...TAGGAACACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTGGTCTTAGTAACCTGACTGGAATGAACTGCCTGGTAGATGGAAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168906 TTGGTCTTAGTAACCTGACTGGAATGAACTGCCTGGTAGATGGAAATATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCACCAAGTTCTGGCCTCTCCAGCTCCAGTGCTTTGGTCTGTTGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168956 CCACCAAGTTCTGGCCTCTCCAGCTCCAGTGCTTTGGTCTGTTGTGCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTGGTGACGCTCACAGTGCTGGGAAGGAATCTATCCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 169006 CTTGGTGACGCTCACAGTGCTGGGAAGGAATCTATCCAAGGTA...CAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGAACTTGCAGAAATCTGTGCCAAGAGTGAGCGTTACATTGGCACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211666 TGGAACTTGCAGAAATCTGTGCCAAGAGTGAGCGTTACATTGGCACTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGAGGAGGCATGGACCAGTCTATATCATTTCTTGCAGAAGAAGGAACT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 211716 GGAGGAGGCATGGACCAGTCTATATCATTTCTTGCAGAAGAAGGAACTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604        GCCAAGTTGATAGAATTTAGTCCTCTGAGGGCAACCGATGTAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211766 A...CAGGCCAAGTTGATAGAATTTAGTCCTCTGAGGGCAACCGATGTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACTCCCAAGTGGAGCAGTGTTTGTGATTGCCAACAGTTGTGTGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213287 AACTCCCAAGTGGAGCAGTGTTTGTGATTGCCAACAGTTGTGTGGAGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AATAAGGCAGCAACTTCCCATTTCAATATCAGGGTGATGGAGTGTCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213337 AATAAGGCAGCAACTTCCCATTTCAATATCAGGGTGATGGAGTGTCGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGCTGCGAAG         CTCCTGGCTAAATACAAAAGCTTGCAATGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 213387 GGCTGCGAAGGTA...CAGCTCCTGGCTAAATACAAAAGCTTGCAATGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACAAAGTACTGAGGCTGGAGGAGGTGCAGGCTAAACTAGGGATTAGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222036 ACAAAGTACTGAGGCTGGAGGAGGTGCAGGCTAAACTAGGGATTAGTCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAAGAAATGCTGTTGGTCACAGAAGATGCCCTTCATCCTGAACCCTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222086 GAAGAAATGCTGTTGGTCACAGAAGATGCCCTTCATCCTGAACCCTATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCCTGAGGAGATCTGCAGGTGTCTGGGAATTAGCCTGGAGGAACTCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222136 CCCTGAGGAGATCTGCAGGTGTCTGGGAATTAGCCTGGAGGAACTCCGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCCAAATCCTGAGTCCAAACACTCAAGATG         TGCTCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 222186 CCCAAATCCTGAGTCCAAACACTCAAGATGGTG...CAGTGCTCATCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAACTCTATCAGTGGGCAAAGCATGTGTACAGCGAGGCTGCGCGAGTGCT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249293 AAACTCTATCAGCGGGCAAAGCATGTGTACAGCGAGGCTGCGCGAGTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCAGTTTAAGAAGATATGTGAAGAAGCACCTGAAAACATGGTCCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249343 CCAGTTTAAGAAGATATGTGAAGAAGCACCTGAAAACATGGTCCAGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGGGAGAGTTGATGAACCAGAGCCACATGAGCTGCCGGGACATGTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249393 TGGGAGAGTTGATGAACCAGAGCCACATGAGCTGCCGGGACATGTATGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGCAGCTGCCCCGAGCTGGATCAGCTGGTGGACATCTGTCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 249443 TGCAGCTGCCCCGAGCTGGATCAGCTGGTGGACATCTGTCGGTG...TAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAAGTTTGGGGCTCAAGGGTCACGACTTACTGGAGCAGGATGGGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257630 GAAGTTTGGGGCTCAAGGGTCACGACTTACTGGAGCAGGATGGGGAGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTACAGTATCAATGGTACCTGCGGACAAGCTGCCCAGCTTTCTAGCAAAT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257680 GCACAGTATCAATGGTACCTGCGGACAAGCTGCCCAGCTTTCTAGCAAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGCACAAAGCTTATTACCAGAGGAGTGATGGAAGCTTAGCACCGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257730 GTGCACAAAGCTTATTACCAGAGGAGTGATGGAAGCTTAGCACCGGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCAAAGTTTGTTTGCTACCAAACCTGGAGGTGGGGCTTTGGTTTTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257780 GCAAAGTTTGTTTGCTACCAAACCTGGAGGTGGGGCTTTGGTTTTGCTTG

   1450     .
   1370 AGGCC
        |||||
 257830 AGGCC