seq1 = pF1KE3595.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KE3595/gi568815597r_109503357.tfa (gi568815597r:109503357_109712870), 209514 bp

>pF1KE3595 1062
>gi568815597r:109503357_109712870 (Chr1)

(complement)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-161  (102364-102406)   100% ->
162-303  (102690-102831)   100% ->
304-461  (104083-104240)   100% ->
462-590  (106435-106563)   99% ->
591-720  (106772-106901)   100% ->
721-874  (108767-108920)   100% ->
875-1062  (109327-109514)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAGTGGAGCCAGTGCTGAGGACAAAGAACTGGCCAAGAGGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAAGTGGAGCCAGTGCTGAGGACAAAGAACTGGCCAAGAGGTCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCTAGAAAAGAAGCTGCAGGAGGATGCTGATAAGGAAGCCAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCTAGAAAAGAAGCTGCAGGAGGATGCTGATAAGGAAGCCAAGACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAAGCTGCTACTGCTGG         GTGCTGGGGAGTCAGGAAAGAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 TCAAGCTGCTACTGCTGGGTG...CAGGTGCTGGGGAGTCAGGAAAGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCATCGTCAAACAGATGAA         GATCATTCACCAGGATGGCTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102387 ACCATCGTCAAACAGATGAAGTG...CAGGATCATTCACCAGGATGGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTCACCAGAAGAATGCCTGGAGTTCAAGGCTATCATCTATGGAAATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102711 TTCACCAGAAGAATGCCTGGAGTTCAAGGCTATCATCTATGGAAATGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCAGTCCATCCTGGCTATCATCCGGGCCATGACCACACTGGGCATCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102761 TGCAGTCCATCCTGGCTATCATCCGGGCCATGACCACACTGGGCATCGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGCTGAACCAAGCTGTGCG         GATGACGGGCGACAGCTCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102811 TATGCTGAACCAAGCTGTGCGGTA...CAGGATGACGGGCGACAGCTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAACCTGGCTGACTCCATTGAGGAGGGAACCATGCCTCCTGAGCTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104103 CAACCTGGCTGACTCCATTGAGGAGGGAACCATGCCTCCTGAGCTCGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGTCATTAGGAGGTTGTGGAAGGATGGTGGGGTGCAAGCCTGCTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104153 AGGTCATTAGGAGGTTGTGGAAGGATGGTGGGGTGCAAGCCTGCTTCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGAGCTGCAGAATACCAGCTTAATGACTCCGCATCTTA         CTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104203 AGAGCTGCAGAATACCAGCTTAATGACTCCGCATCTTAGTA...TAGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGAACCAATTAGAACGAATTACAGACCCTGAGTACCTCCCTAGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106438 CCTGAACCAATTAGAACGAATTACAGACCCTGAGTACCTCCCTAGTGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGATGTGCTCCGATCCAGAGTCAAAACCACAGGCATCATTGAAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 106488 AAGATGTGCTCCGATCCAGAGTCAAAACCACGGGCATCATTGAAACCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTTCCGTCAAAGACTTGAATTTCAG         GATGTTTGATGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 106538 TTTTCCGTCAAAGACTTGAATTTCAGGTA...CAGGATGTTTGATGTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGGGCAGAGATCCGAGAGAAAGAAGTGGATCCACTGCTTCGAGGGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106787 AGGGCAGAGATCCGAGAGAAAGAAGTGGATCCACTGCTTCGAGGGAGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTGCATCATTTTCTGTGCAGCCCTCAGTGCCTATGATATGGTGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106837 CCTGCATCATTTTCTGTGCAGCCCTCAGTGCCTATGATATGGTGCTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAGATGACGAAGTG         AATCGTATGCATGAGTCTTTGCATCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106887 GAAGATGACGAAGTGGTG...TAGAATCGTATGCATGAGTCTTTGCATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTCAACAGCATATGTAACCACAAATTCTTTGCGGCTACTTCCATTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108793 GTTCAACAGCATATGTAACCACAAATTCTTTGCGGCTACTTCCATTGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCTTTCTCAACAAGAAGGACCTCTTTGAGGAAAAAATCAAGAAAGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108843 TCTTTCTCAACAAGAAGGACCTCTTTGAGGAAAAAATCAAGAAAGTCCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTCAGCATTTGTTTTCCAGAGTATGATG         GTAACAACTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108893 CTCAGCATTTGTTTTCCAGAGTATGATGGTA...CAGGTAACAACTCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGATGATGCGGGGAATTACATAAAGAGCCAGTTCCTTGACCTCAATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109340 TGATGATGCGGGGAATTACATAAAGAGCCAGTTCCTTGACCTCAATATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GAAAAGATGTCAAAGAAATCTACAGTCACATGACCTGTGCTACAGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109390 GAAAAGATGTCAAAGAAATCTACAGTCACATGACCTGTGCTACAGATACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAGAATGTCAAATTTGTGTTTGATGCAGTTACAGATATTATCATCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109440 CAGAATGTCAAATTTGTGTTTGATGCAGTTACAGATATTATCATCAAAGA

   1100     .    :    .    :    .
   1038 AAACCTCAAGGACTGCGGCCTCTTC
        |||||||||||||||||||||||||
 109490 AAACCTCAAGGACTGCGGCCTCTTC