seq1 = pF1KE3585.tfa, 1593 bp
seq2 = pF1KE3585/gi568815579r_39285994.tfa (gi568815579r:39285994_39490864), 204871 bp

>pF1KE3585 1593
>gi568815579r:39285994_39490864 (Chr19)

(complement)

1-47  (100001-100047)   100% ->
48-77  (100576-100605)   100% ->
78-170  (100704-100796)   100% ->
171-292  (101104-101225)   100% ->
293-359  (101319-101385)   100% ->
360-461  (101482-101583)   100% ->
462-567  (101667-101772)   100% ->
568-636  (101850-101918)   100% ->
637-740  (102000-102103)   100% ->
741-857  (102189-102305)   100% ->
858-986  (102398-102526)   100% ->
987-1092  (104066-104171)   100% ->
1093-1183  (104293-104383)   100% ->
1184-1593  (104462-104871)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCCACCATCCAGACCCAGGCCCAGCGGGAGGATGGCCACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100001 ATGGCGCCCACCATCCAGACCCAGGCCCAGCGGGAGGATGGCCACAGGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     48       GCCCAATTCCCACCGGACTCTGCCTGAGAG         GTCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 ...TAGGCCCAATTCCCACCGGACTCTGCCTGAGAGGTG...TAGGTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GAGTGGTCTGCCGAGTCAAGTACTGCAATAGCCTCCCTGATATCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100709 GAGTGGTCTGCCGAGTCAAGTACTGCAATAGCCTCCCTGATATCCCCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GACCCCAAGTTCATCACCTACCCCTTCGACCAGAACAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100759 GACCCCAAGTTCATCACCTACCCCTTCGACCAGAACAGGTG...CAGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CGTCCAGTACAAAGCCACTTCCTTGGAGAAACAGCACAAACATGACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101107 CGTCCAGTACAAAGCCACTTCCTTGGAGAAACAGCACAAACATGACCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGACTGAGCCAGACCTGGGGGTCACCATCGATCTCATCAATCCTGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101157 TGACTGAGCCAGACCTGGGGGTCACCATCGATCTCATCAATCCTGACACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TACCGCATCGACCCCAATG         TTCTTCTAGATCCAGCTGATGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101207 TACCGCATCGACCCCAATGGTG...TAGTTCTTCTAGATCCAGCTGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GAAACTTTTGGAAGAGGAGATTCAGGCCCCCACCAGCTCCAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101341 GAAACTTTTGGAAGAGGAGATTCAGGCCCCCACCAGCTCCAAGAGGTG..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    360     ATCCCAGCAGCACGCGAAGGTGGTGCCATGGATGCGAAAGACAGAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101391 .CAGATCCCAGCAGCACGCGAAGGTGGTGCCATGGATGCGAAAGACAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TACATCTCCACTGAGTTCAACCGTTATGGCATCTCCAATGAGAAGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101528 TACATCTCCACTGAGTTCAACCGTTATGGCATCTCCAATGAGAAGCCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGTCAA         GATTGGGGTTTCTGTGAAGCAGCAGTTTACCGAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101578 GGTCAAGTA...TAGGATTGGGGTTTCTGTGAAGCAGCAGTTTACCGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAGAAATATACAAAGACAGGGATAGCCAGATCACAGCCATTGAGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101702 AAGAAATATACAAAGACAGGGATAGCCAGATCACAGCCATTGAGAAGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTTGAGGATGCCCAGAAATCA         ATCTCACAGCATTACAGCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101752 TTTGAGGATGCCCAGAAATCAGTA...CAGATCTCACAGCATTACAGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 ACCCCGAGTCACACCGGTGGAGGTCATGCCTGTCTTCCCAGACTTTAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101870 ACCCCGAGTCACACCGGTGGAGGTCATGCCTGTCTTCCCAGACTTTAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    637         ATGTGGATCAATCCATGTGCTCAGGTGATCTTTGACTCAGAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101920 TC...TAGATGTGGATCAATCCATGTGCTCAGGTGATCTTTGACTCAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCAGCCCCCAAGGACACGAGTGGTGCAGCTGCGTTGGAGATGATGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102042 CCAGCCCCCAAGGACACGAGTGGTGCAGCTGCGTTGGAGATGATGTCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GGCCATGATTAG         GGGCATGATGGATGAGGAAGGGAACCAGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102092 GGCCATGATTAGGTA...CAGGGGCATGATGGATGAGGAAGGGAACCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TTGTGGCCTATTTCCTGCCTGTAGAAGAGACGTTGAAGAAACGAAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102218 TTGTGGCCTATTTCCTGCCTGTAGAAGAGACGTTGAAGAAACGAAAGCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GACCAGGAGGAGGAGATGGACTATGCACCAGATGATGT         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102268 GACCAGGAGGAGGAGATGGACTATGCACCAGATGATGTGTG...CAGGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TGACTACAAAATTGCTCGGGAGTACAACTGGAACGTGAAGAACAAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102401 TGACTACAAAATTGCTCGGGAGTACAACTGGAACGTGAAGAACAAAGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GCAAGGGCTATGAGGAAAACTACTTCTTCATCTTCCGAGAGGGTGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102451 GCAAGGGCTATGAGGAAAACTACTTCTTCATCTTCCGAGAGGGTGACGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GTTTACTACAATGAGTTGGAAACCAG         GGTCCGCCTTAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102501 GTTTACTACAATGAGTTGGAAACCAGGTA...CAGGGTCCGCCTTAGTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GCGCCGGGCCAAGGCTGGGGTTCAGTCAGGCACCAACGCCCTGCTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104081 GCGCCGGGCCAAGGCTGGGGTTCAGTCAGGCACCAACGCCCTGCTTGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TCAAACATCGGGACATGAATGAGAAGGAACTGGAAGCTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104131 TCAAACATCGGGACATGAATGAGAAGGAACTGGAAGCTCAGGTA...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GAGGCACGGAAGGCCCAGCTAGAAAACCACGAACCGGAGGAGGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104293 GAGGCACGGAAGGCCCAGCTAGAAAACCACGAACCGGAGGAGGAAGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 AGAGGAGATGGAGACAGAAGAGAAAGAAGCTGGGGGCTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104343 AGAGGAGATGGAGACAGAAGAGAAAGAAGCTGGGGGCTCAGGTA...CAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 ATGAGGAGCAGGAGAAGGGCAGCAGCAGTGAGAAGGAGGGCAGTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104462 ATGAGGAGCAGGAGAAGGGCAGCAGCAGTGAGAAGGAGGGCAGTGAAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GAGCACTCGGGCAGCGAGAGTGAACGGGAGGAAGGTGACAGGGACGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104512 GAGCACTCGGGCAGCGAGAGTGAACGGGAGGAAGGTGACAGGGACGAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CAGTGACAAGAGTGGCAGTGGTGAGGACGAGAGCAGCGAGGATGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104562 CAGTGACAAGAGTGGCAGTGGTGAGGACGAGAGCAGCGAGGATGAGGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GGGCTGCCCGTGACAAAGAGGAGATCTTTGGCAGTGATGCTGATTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104612 GGGCTGCCCGTGACAAAGAGGAGATCTTTGGCAGTGATGCTGATTCTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GACGATGCCGACTCTGATGATGAGGACAGAGGACAGGCCCAAGGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104662 GACGATGCCGACTCTGATGATGAGGACAGAGGACAGGCCCAAGGTGGCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGACAATGATTCAGACAGCGGCAGCAATGGGGGTGGCCAGCGGAGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104712 TGACAATGATTCAGACAGCGGCAGCAATGGGGGTGGCCAGCGGAGCCGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GCCACAGCCGCAGCGCCAGTCCCTTCCCCAGTGGCAGCGAGCACTCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104762 GCCACAGCCGCAGCGCCAGTCCCTTCCCCAGTGGCAGCGAGCACTCGGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CAGGAGGATGGCAGTGAAGCTGCAGCTTCTGATTCCAGTGAAGCTGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104812 CAGGAGGATGGCAGTGAAGCTGCAGCTTCTGATTCCAGTGAAGCTGATAG

   1700     .    :
   1584 TGACAGTGAC
        ||||||||||
 104862 TGACAGTGAC