seq1 = pF1KE3538.tfa, 2457 bp
seq2 = pF1KE3538/gi568815582r_46607707.tfa (gi568815582r:46607707_46848193), 240487 bp

>pF1KE3538 2457
>gi568815582r:46607707_46848193 (Chr16)

(complement)

1-477  (100001-100477)   100% ->
478-568  (108047-108137)   98% ->
569-1001  (110051-110483)   100% ->
1002-1462  (115526-115986)   100% ->
1463-1568  (117496-117601)   100% ->
1569-1662  (118507-118600)   100% ->
1663-1772  (119061-119170)   100% ->
1773-1914  (120817-120958)   100% ->
1915-1985  (127001-127071)   100% ->
1986-2114  (135418-135546)   100% ->
2115-2267  (137405-137557)   100% ->
2268-2400  (138523-138655)   100% ->
2401-2457  (140431-140487)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGGAACCTCCAAGGAGAGTCTGGGGCATGGGGGGCTGCCAGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGGAACCTCCAAGGAGAGTCTGGGGCATGGGGGGCTGCCAGGGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCAAGACCTGCTTAACAACCATGGACACAAAGCTGAACATGCTGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCAAGACCTGCTTAACAACCATGGACACAAAGCTGAACATGCTGAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGGTGGACCAGCTCCTGCACTTCCAAGAAGATGTCACAGAGAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAGGTGGACCAGCTCCTGCACTTCCAAGAAGATGTCACAGAGAAGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGAGCATGTGCCGAGACATGGGCCACCTGGAGCGGGGCCTGCACAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGAGCATGTGCCGAGACATGGGCCACCTGGAGCGGGGCCTGCACAGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGGCCTCCCGGGCACCGGGCCCGGGCGGGGCTGATGGGGTTCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGGCCTCCCGGGCACCGGGCCCGGGCGGGGCTGATGGGGTTCCCCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGACACCCAGGCTGGGTGGCCCGAGGTCCTGGAGCTGGTGAGGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGACACCCAGGCTGGGTGGCCCGAGGTCCTGGAGCTGGTGAGGGCCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGCAGGATGCGGCCCAGCACGGTGCCAGGCTGGAGGCCCTCTTCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGCAGGATGCGGCCCAGCACGGTGCCAGGCTGGAGGCCCTCTTCAGGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGGCTGCGGTGGACAGGGCCATCGCTTTGGTGGGGGCCACGTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGGCTGCGGTGGACAGGGCCATCGCTTTGGTGGGGGCCACGTTCCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AATCAAAGGTGGCGGATTTCCTCATGCAGGGGCGTGTGCCCTGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AATCAAAGGTGGCGGATTTCCTCATGCAGGGGCGTGTGCCCTGGAGGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCAGCCCAGGTGACAGCCCTGAGGAG         AATAAAGAGCGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100451 GGCAGCCCAGGTGACAGCCCTGAGGAGGTT...TAGAATAAAGAGCGAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGAAGAAGAGGGAGGAAAACCAAAGCATGTGCTGAGCACCAGTGGGTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 108061 GGAAGAAGAGGGAGGAAAACCAAAGCATGTGCTGAGCACCAGTGGGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGTCTGATGCCAGGGAGCCTGGGGAAG         AGAGCCAGAAGGCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108111 AGTCTGATGCCAGGGAGCCTGGGGAAGGTG...TAGAGAGCCAGAAGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACGTGCTGGAGGGGACAGCGGAGAGGCTGCCCCCCATCAGAGCGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110065 GACGTGCTGGAGGGGACAGCGGAGAGGCTGCCCCCCATCAGAGCGTCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTGGGAGCTGACCCCGCCCAGGCAGTGGTCTCACCGGGCCAGGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110115 GCTGGGAGCTGACCCCGCCCAGGCAGTGGTCTCACCGGGCCAGGGAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTGTTCCTGGCCCAGCCCAGGCATTCCCTGGCCACCTGCCCCTGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110165 GTGTTCCTGGCCCAGCCCAGGCATTCCCTGGCCACCTGCCCCTGCCCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAGGTGGAAGCCAAGGCTCCTGAGACACCCAGCGAGAACCTCAGGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110215 AAGGTGGAAGCCAAGGCTCCTGAGACACCCAGCGAGAACCTCAGGACTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCTGGAATTGGCTCCAGCACCCGGCAGGGTCAATGTGGTCTCCCCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110265 CCTGGAATTGGCTCCAGCACCCGGCAGGGTCAATGTGGTCTCCCCGAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGGAGGTTGCACCAGGTGCAGGACAAGGAGCATCGTCCAGCAGGCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110315 TGGAGGTTGCACCAGGTGCAGGACAAGGAGCATCGTCCAGCAGGCCTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCTGAGCCCTTAGAGGAAGGCACGAGGCTGACTCCAGGGCCTGGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110365 CCTGAGCCCTTAGAGGAAGGCACGAGGCTGACTCCAGGGCCTGGCCCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GTGCCCAGGGCCTCCAGGGCTGCCAGCCCAGGCCAGGGCAACCCACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110415 GTGCCCAGGGCCTCCAGGGCTGCCAGCCCAGGCCAGGGCAACCCACAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTGGAGAAACACCTCCAAG         GATCTCCATCCACATACAAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110465 GTGGAGAAACACCTCCAAGGTA...CAGGATCTCCATCCACATACAAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ATGGATACTCCTGGGGAGATGCTGATGACAGGCAGGGGCAGCCTTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115548 ATGGATACTCCTGGGGAGATGCTGATGACAGGCAGGGGCAGCCTTGGACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CACCCTCACCACAGAGGCTCCAGCAGCTGCCCAGCCAGGCAAGCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115598 CACCCTCACCACAGAGGCTCCAGCAGCTGCCCAGCCAGGCAAGCAGGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CACCTGGGACCGGGCGCTGCCTCCAAGCCCCTGGGACTGAGCCCGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115648 CACCTGGGACCGGGCGCTGCCTCCAAGCCCCTGGGACTGAGCCCGGAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CAGACCCCTGAAGGAGCCAGAGAGCTCTCCCCGCTGCAGGAGAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115698 CAGACCCCTGAAGGAGCCAGAGAGCTCTCCCCGCTGCAGGAGAGCAGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CCCCGGGGGAGTGAAGGCAGAGGAGGAGCAAAGGGCTGGGGCCGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115748 CCCCGGGGGAGTGAAGGCAGAGGAGGAGCAAAGGGCTGGGGCCGAGCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GCACGAGACCAAGCTTGGCCAGGAGTGACGACAATGACCACGAGGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115798 GCACGAGACCAAGCTTGGCCAGGAGTGACGACAATGACCACGAGGTTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GCCCTGGGCCTGCAGCAGGGCAAAAGCCCAGGGGCGGGAAACCCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115848 GCCCTGGGCCTGCAGCAGGGCAAAAGCCCAGGGGCGGGAAACCCTGAGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TGAGCAGGACTGTGCAGCCAGGGCTCCGGTGAGAGCTGAAGCAGTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115898 TGAGCAGGACTGTGCAGCCAGGGCTCCGGTGAGAGCTGAAGCAGTAAGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GGATGCCCCCAGGCGCCGAGGCTGGCAGCGTGGTTCTGG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 115948 GGATGCCCCCAGGCGCCGAGGCTGGCAGCGTGGTTCTGGGTA...CAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GACAGTCCGGCCCCACCAGCTCCTTTTGAACACCGGGTAGTGAGCGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117498 GACAGTCCGGCCCCACCAGCTCCTTTTGAACACCGGGTAGTGAGCGTCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GGAGACCTCCATCTCTGCGGGTTACGAGGTGTGCCAGCACGAAGTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117548 GGAGACCTCCATCTCTGCGGGTTACGAGGTGTGCCAGCACGAAGTCTTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GAGG         GGGTCGGTTTGGCCAGGTCCACAGGTGCACAGAGAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117598 GAGGGTA...CAGGGGTCGGTTTGGCCAGGTCCACAGGTGCACAGAGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 TCCACAGGCCTCCCACTGGCTGCCAAGATCATCAAAGTGAAGAGCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118544 TCCACAGGCCTCCCACTGGCTGCCAAGATCATCAAAGTGAAGAGCGCCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 GGACCGG         GAGGACGTGAAGAACGAGATCAACATCATGAACC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118594 GGACCGGGTG...AAGGAGGACGTGAAGAACGAGATCAACATCATGAACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 AGCTCAGCCACGTGAACCTGATCCAGCTCTATGACGCCTTCGAGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119095 AGCTCAGCCACGTGAACCTGATCCAGCTCTATGACGCCTTCGAGAGCAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CACAGCTGCACCCTTGTCATGGAGTA         CGTGGACGGGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119145 CACAGCTGCACCCTTGTCATGGAGTAGTG...CAGCGTGGACGGGGGTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GCTCTTCGACCGGATCACAGATGAGAAGTACCACCTGACTGAGCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120832 GCTCTTCGACCGGATCACAGATGAGAAGTACCACCTGACTGAGCTGGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TGGTCCTGTTCACCAGGCAGATCTGTGAGGGTGTGCATTACCTGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120882 TGGTCCTGTTCACCAGGCAGATCTGTGAGGGTGTGCATTACCTGCACCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 CACTACATCCTGCACCTGGACCTCAAG         CCGGAGAACATATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 120932 CACTACATCCTGCACCTGGACCTCAAGGTG...CAGCCGGAGAACATATT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 GTGCGTCAATCAGACAGGACATCAAATTAAGATCATTGACTTTGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127015 GTGCGTCAATCAGACAGGACATCAAATTAAGATCATTGACTTTGGGCTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 CCAGAAG         GTACAAGCCTCGAGAGAAGCTGAAGGTGAACTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127065 CCAGAAGGTA...CAGGTACAAGCCTCGAGAGAAGCTGAAGGTGAACTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GGCACTCCTGAGTTCCTGGCCCCAGAAGTCGTCAATTATGAGTTTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135452 GGCACTCCTGAGTTCCTGGCCCCAGAAGTCGTCAATTATGAGTTTGTCTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 ATTCCCCACAGACATGTGGAGTGTGGGAGTCATCACCTACATGCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 135502 ATTCCCCACAGACATGTGGAGTGTGGGAGTCATCACCTACATGCTGTG..

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115     ACTCAGTGGCTTGTCCCCATTTCTAGGGGAAACAGATGCAGAGACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135552 .TAGACTCAGTGGCTTGTCCCCATTTCTAGGGGAAACAGATGCAGAGACC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 ATGAATTTCATTGTAAACTGTAGCTGGGATTTTGATGCTGACACCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137451 ATGAATTTCATTGTAAACTGTAGCTGGGATTTTGATGCTGACACCTTTGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 AGGGCTCTCGGAGGAGGCCAAGGACTTTGTTTCCCGGTTGCTGGTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137501 AGGGCTCTCGGAGGAGGCCAAGGACTTTGTTTCCCGGTTGCTGGTCAAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 AGAAGAG         CTGCAGAATGAGTGCCACACAGTGCCTGAAACAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137551 AGAAGAGGTA...CAGCTGCAGAATGAGTGCCACACAGTGCCTGAAACAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 GAGTGGCTGAATAATTTGCCTGCCAAAGCTTCAAGATCCAAAACTCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138557 GAGTGGCTGAATAATTTGCCTGCCAAAGCTTCAAGATCCAAAACTCGTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 CAAATCCCAACTACTGCTGCAGAAATACATAGCTCAAAGAAAATGGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 138607 CAAATCCCAACTACTGCTGCAGAAATACATAGCTCAAAGAAAATGGAAGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401         AAACATTTCTATGTGGTGACTGCTGCCAACAGGTTAAGGAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138657 TA...AAGAAACATTTCTATGTGGTGACTGCTGCCAACAGGTTAAGGAAA

   2550     .    :    .
   2443 TTTCCAACTTCTCCC
        |||||||||||||||
 140473 TTTCCAACTTCTCCC