seq1 = pF1KE3523.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KE3523/gi568815596f_201707524.tfa (gi568815596f:201707524_201980167), 272644 bp

>pF1KE3523 1047
>gi568815596f:201707524_201980167 (Chr2)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-215  (100335-100429)   100% ->
216-295  (104960-105039)   100% ->
296-390  (115286-115380)   100% ->
391-453  (116142-116204)   100% ->
454-577  (126325-126448)   100% ->
578-698  (128120-128240)   100% ->
699-792  (139858-139951)   100% ->
793-856  (147351-147414)   100% ->
857-905  (164755-164803)   100% ->
906-1047  (172505-172645)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTCATTTCACCCCAGGGGACTTCAAGCTGCCCGTGCCCAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTTCATTTCACCCCAGGGGACTTCAAGCTGCCCGTGCCCAGAAGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGAGTAAAAGGCCACGGAGTAACAGTGATTGTTTTCAGGAAGAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGAGTAAAAGGCCACGGAGTAACAGTGATTGTTTTCAGGAAGAGGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAGGCAGGGTTTTCAGTGG         AGGAAGAGCCTCCCTTTTGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 TGAGGCAGGGTTTTCAGTGGGTG...CAGAGGAAGAGCCTCCCTTTTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGCCTCATCTTACTTGAACTTGGAGAAGCTGGGTGAAGGCTCTTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100356 GCAGCCTCATCTTACTTGAACTTGGAGAAGCTGGGTGAAGGCTCTTATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACAGTTTACAAGGGGATTAGCAG         AATAAATGGACAACTAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100406 GACAGTTTACAAGGGGATTAGCAGGTG...TAGAATAAATGGACAACTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGCTTTAAAAGTCATCAGCATGAATGCAGAGGAAGGAGTCCCATTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104977 TGGCTTTAAAAGTCATCAGCATGAATGCAGAGGAAGGAGTCCCATTTACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTATCCGAGAAG         CTTCTCTCCTGAAGGGTTTGAAACATGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105027 GCTATCCGAGAAGGTA...TAGCTTCTCTCCTGAAGGGTTTGAAACATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAATATTGTGCTCCTGCATGACATAATCCACACCAAAGAGACACTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115314 CAATATTGTGCTCCTGCATGACATAATCCACACCAAAGAGACACTGACAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCGTTTTTGAATACATG         CACACAGACCTGGCCCAGTATATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 115364 TCGTTTTTGAATACATGGTG...TAGCACACAGACCTGGCCCAGTATATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTCAGCATCCAGGAGGGCTTCATCCTCATAATGTCAGA         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 116166 TCTCAGCATCCAGGAGGGCTTCATCCTCATAATGTCAGAGTG...CAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTTCATGTTTCAACTTTTGCGGGGCCTGGCGTACATCCACCACCAACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126327 TTTCATGTTTCAACTTTTGCGGGGCCTGGCGTACATCCACCACCAACACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTCTTCACAGGGACCTGAAACCTCAGAACTTACTCATCAGTCACCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126377 TTCTTCACAGGGACCTGAAACCTCAGAACTTACTCATCAGTCACCTGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGCTCAAACTGGCTGATTTTG         GTCTTGCCCGGGCCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 126427 GAGCTCAAACTGGCTGATTTTGGTA...CAGGTCTTGCCCGGGCCAAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CATTCCCAGCCAGACATACTCTTCAGAAGTCGTGACCCTCTGGTACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128139 CATTCCCAGCCAGACATACTCTTCAGAAGTCGTGACCCTCTGGTACCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCCCTGATGCTTTGCTGGGAGCCACTGAATATTCCTCTGAGCTGGACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128189 CCCCTGATGCTTTGCTGGGAGCCACTGAATATTCCTCTGAGCTGGACATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TG         GGGTGCAGGCTGCATCTTTATTGAAATGTTCCAGGGTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128239 TGGTA...TAGGGGTGCAGGCTGCATCTTTATTGAAATGTTCCAGGGTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ACCTTTGTTTCCTGGGGTTTCCAACATCCTTGAACAGCTGGAGAAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139897 ACCTTTGTTTCCTGGGGTTTCCAACATCCTTGAACAGCTGGAGAAAATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGGAG         GTGCTGGGAGTCCCTACAGAGGATACTTGGCCGGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139947 GGGAGGTA...TAGGTGCTGGGAGTCCCTACAGAGGATACTTGGCCGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTCTCCAAGCTACCTAACTACAATCCAG         AATGGTTCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 147387 GTCTCCAAGCTACCTAACTACAATCCAGGTA...CAGAATGGTTCCCACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCCTACGCCTCGAAGCCTTCATGTTGTCTGGAACAG         GCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 164768 GCCTACGCCTCGAAGCCTTCATGTTGTCTGGAACAGGTG...CAGGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GCAGGGTTCCTGAAGCTGAAGACCTGGCCTCCCAGATGCTAAAAGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172510 GCAGGGTTCCTGAAGCTGAAGACCTGGCCTCCCAGATGCTAAAAGGCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CCCAGAGACCGCGTCTCCGCCCAGGAAGCACTTGTTCATGATTATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172560 CCCAGAGACCGCGTCTCCGCCCAGGAAGCACTTGTTCATGATTATTTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1011 CGCCCTGCCATCTCAGCTGTACCAGCTTCCTGATGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||-|
 172610 CGCCCTGCCATCTCAGCTGTACCAGCTTCCTGATG G