seq1 = pF1KE3426.tfa, 1779 bp
seq2 = pF1KE3426/gi568815595f_46783560.tfa (gi568815595f:46783560_47003653), 220094 bp

>pF1KE3426 1779
>gi568815595f:46783560_47003653 (Chr3)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-178  (110348-110450)   100% ->
179-313  (112176-112310)   100% ->
314-424  (114296-114406)   100% ->
425-543  (114515-114633)   100% ->
544-638  (114819-114913)   100% ->
639-834  (115103-115298)   100% ->
835-988  (115744-115897)   100% ->
989-1049  (117466-117526)   100% ->
1050-1116  (117855-117921)   100% ->
1117-1211  (118207-118301)   100% ->
1212-1353  (118967-119108)   100% ->
1354-1395  (119190-119231)   97% ->
1396-1779  (119711-120094)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGACCGCCCGGATCGCACCCGGCCTGGCGCTCCTGCTCTGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGACCGCCCGGATCGCACCCGGCCTGGCGCTCCTGCTCTGCTGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGCTCAGCTCCGCGTACGCGCTG         GTGGATGCAGATGACG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 CGTGCTCAGCTCCGCGTACGCGCTGGTG...CAGGTGGATGCAGATGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCATGACTAAAGAGGAACAGATCTTCCTGCTGCACCGTGCTCAGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110364 TCATGACTAAAGAGGAACAGATCTTCCTGCTGCACCGTGCTCAGGCCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCGAAAAACGGCTCAAGGAGGTCCTGCAGAGGCCAG         CCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110414 TGCGAAAAACGGCTCAAGGAGGTCCTGCAGAGGCCAGGTG...CAGCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATAATGGAATCAGACAAGGGATGGACATCTGCGTCCACATCAGGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112180 CATAATGGAATCAGACAAGGGATGGACATCTGCGTCCACATCAGGGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAGGAAAGATAAGGCATCTGGGAAGCTCTACCCTGAGTCTGAGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112230 CCAGGAAAGATAAGGCATCTGGGAAGCTCTACCCTGAGTCTGAGGAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGGAGGCACCCACTGGCAGCAGGTACCGAG         GGCGCCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 112280 AAGGAGGCACCCACTGGCAGCAGGTACCGAGGTA...CAGGGCGCCCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTGCCGGAATGGGACCACATCCTGTGCTGGCCGCTGGGGGCACCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114306 TCTGCCGGAATGGGACCACATCCTGTGCTGGCCGCTGGGGGCACCAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGTGGTGGCTGTGCCCTGTCCGGACTACATTTATGACTTCAATCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114356 AGGTGGTGGCTGTGCCCTGTCCGGACTACATTTATGACTTCAATCACAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 G         GCCATGCCTACCGACGCTGTGACCGCAATGGCAGCTGGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114406 GGTG...CAGGCCATGCCTACCGACGCTGTGACCGCAATGGCAGCTGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTGGTGCCTGGGCACAACAGGACGTGGGCCAACTACAGCGAGTGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114555 GCTGGTGCCTGGGCACAACAGGACGTGGGCCAACTACAGCGAGTGTGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATTTCTCACCAATGAGACTCGTGAACGG         GAGGTGTTTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114605 AATTTCTCACCAATGAGACTCGTGAACGGGTG...CAGGAGGTGTTTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGCCTGGGCATGATTTACACCGTGGGCTACTCCGTGTCCCTGGCGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114831 CGCCTGGGCATGATTTACACCGTGGGCTACTCCGTGTCCCTGGCGTCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACCGTAGCTGTGCTCATCCTGGCCTACTTTAG         GCGGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 114881 CACCGTAGCTGTGCTCATCCTGGCCTACTTTAGGTG...CAGGCGGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACTGCACGCGCAACTACATCCACATGCACCTGTTCCTGTCCTTCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115111 ACTGCACGCGCAACTACATCCACATGCACCTGTTCCTGTCCTTCATGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGCGCCGTGAGCATCTTCGTCAAGGACGCTGTGCTCTACTCTGGCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115161 CGCGCCGTGAGCATCTTCGTCAAGGACGCTGTGCTCTACTCTGGCGCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTTGATGAGGCTGAGCGCCTCACCGAGGAGGAGCTGCGCGCCATCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115211 GCTTGATGAGGCTGAGCGCCTCACCGAGGAGGAGCTGCGCGCCATCGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGCGCCCCCGCCGCCTGCCACCGCCGCTGCCGGCTAC         GCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 115261 AGGCGCCCCCGCCGCCTGCCACCGCCGCTGCCGGCTACGTG...TAGGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGCTGCAGGGTGGCTGTGACCTTCTTCCTTTACTTCCTGGCCACCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115747 GGCTGCAGGGTGGCTGTGACCTTCTTCCTTTACTTCCTGGCCACCAACTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTACTGGATTCTGGTGGAGGGGCTGTACCTGCACAGCCTCATCTTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115797 CTACTGGATTCTGGTGGAGGGGCTGTACCTGCACAGCCTCATCTTCATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTTCTTCTCAGAGAAGAAGTACCTGTGGGGCTTCACAGTCTTCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115847 CCTTCTTCTCAGAGAAGAAGTACCTGTGGGGCTTCACAGTCTTCGGCTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 G         GTCTGCCCGCTGTCTTCGTGGCTGTGTGGGTCAGTGTCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115897 GGTA...CAGGTCTGCCCGCTGTCTTCGTGGCTGTGTGGGTCAGTGTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGCTACCCTGGCCAACACCGG         GTGCTGGGACTTGAGCTCCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 117506 AGCTACCCTGGCCAACACCGGGTA...CAGGTGCTGGGACTTGAGCTCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGAACAAAAAGTGGATCATCCAGGTGCCCATCCTGGCCTCCATTGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 117875 GGAACAAAAAGTGGATCATCCAGGTGCCCATCCTGGCCTCCATTGTGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1117       CTCAACTTCATCCTCTTCATCAATATCGTCCGGGTGCTCGCCAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117925 ...CAGCTCAACTTCATCCTCTTCATCAATATCGTCCGGGTGCTCGCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CAAGCTGCGGGAGACCAACGCCGGCCGGTGTGACACACGGCAGCAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118251 CAAGCTGCGGGAGACCAACGCCGGCCGGTGTGACACACGGCAGCAGTACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 G         GAAGCTGCTCAAATCCACGCTGGTGCTCATGCCCCTCTTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118301 GGTG...CAGGAAGCTGCTCAAATCCACGCTGGTGCTCATGCCCCTCTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGCGTCCACTACATTGTCTTCATGGCCACACCATACACCGAGGTCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119007 GGCGTCCACTACATTGTCTTCATGGCCACACCATACACCGAGGTCTCAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GACGCTCTGGCAAGTCCAGATGCACTATGAGATGCTCTTCAACTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119057 GACGCTCTGGCAAGTCCAGATGCACTATGAGATGCTCTTCAACTCCTTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AG         GGATTTTTTGTCGCAATCATATACTGTTTCTGCAACGGC
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 119107 AGGTG...CAGGGATTTTTTGTCGCAATCATATACTGTTTCTGCAATGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAG         GTACAAGCTGAGATCAAGAAATCTTGGAGCCGCTGGAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119229 GAGGTA...AAGGTACAAGCTGAGATCAAGAAATCTTGGAGCCGCTGGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 ACTGGCACTGGACTTCAAGCGAAAGGCACGCAGCGGGAGCAGCAGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119749 ACTGGCACTGGACTTCAAGCGAAAGGCACGCAGCGGGAGCAGCAGCTATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GCTACGGCCCCATGGTGTCCCACACAAGTGTGACCAATGTCGGCCCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119799 GCTACGGCCCCATGGTGTCCCACACAAGTGTGACCAATGTCGGCCCCCGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GTGGGACTCGGCCTGCCCCTCAGCCCCCGCCTACTGCCCACTGCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119849 GTGGGACTCGGCCTGCCCCTCAGCCCCCGCCTACTGCCCACTGCCACCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CAACGGCCACCCTCAGCTGCCTGGCCATGCCAAGCCAGGGACCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119899 CAACGGCCACCCTCAGCTGCCTGGCCATGCCAAGCCAGGGACCCCAGCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGGAGACCCTCGAGACCACACCACCTGCCATGGCTGCTCCCAAGGACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119949 TGGAGACCCTCGAGACCACACCACCTGCCATGGCTGCTCCCAAGGACGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGGTTCCTCAACGGCTCCTGCTCAGGCCTGGACGAGGAGGCCTCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119999 GGGTTCCTCAACGGCTCCTGCTCAGGCCTGGACGAGGAGGCCTCTGGGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1734 TGAGCGGCCACCTGCCCTGCTACAGGAAGAGTGGGAGACAGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120049 TGAGCGGCCACCTGCCCTGCTACAGGAAGAGTGGGAGACAGTCATG