seq1 = pF1KE3425.tfa, 1626 bp
seq2 = pF1KE3425/gi568815597r_50318668.tfa (gi568815597r:50318668_50521435), 202768 bp

>pF1KE3425 1626
>gi568815597r:50318668_50521435 (Chr1)

(complement)

1-559  (99900-100458)   100% ->
560-1626  (101702-102768)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGCGCTCGGAGCTGCCCAGCGTGCCCGGCGCGGCGACGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99900 ATGGAGCTGCGCTCGGAGCTGCCCAGCGTGCCCGGCGCGGCGACGGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGGCAACAGCGACGGGGCCGCCTGTGGCGTCGGTGGCGTCGGTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99950 GGCGGCAACAGCGACGGGGCCGCCTGTGGCGTCGGTGGCGTCGGTGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCCGCGGCGGCCGCTGCATCGCTACCGGTGAGCGTGGCAGGCGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 CAGCCGCGGCGGCCGCTGCATCGCTACCGGTGAGCGTGGCAGGCGGCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCGGGGGCCGCCACTGTTGCTGCGGGCAGCCGAGAAGTACCCGCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100050 CTGCGGGGGCCGCCACTGTTGCTGCGGGCAGCCGAGAAGTACCCGCGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCAAGTGCGCGCGCTGTCGCAACCATGGCGTGGTGTCGGCCCTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100100 CCCCAAGTGCGCGCGCTGTCGCAACCATGGCGTGGTGTCGGCCCTCAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCACAAACGCTACTGTCGCTGGAAGGACTGCCTGTGCGCCAAGTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100150 GCCACAAACGCTACTGTCGCTGGAAGGACTGCCTGTGCGCCAAGTGCACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCATCGCGGAGCGCCAGCGTGTCATGGCGGCGCAGGTGGCGCTGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100200 CTCATCGCGGAGCGCCAGCGTGTCATGGCGGCGCAGGTGGCGCTGCGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGCAGGCGCAGGAGGAGAACGAGGCGCGCGAGCTGCAGCTGCTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100250 GCAGCAGGCGCAGGAGGAGAACGAGGCGCGCGAGCTGCAGCTGCTCTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCACTGCCGAGGGGCTGGCGCTGGCCGCCGCCAACGGCATCATCCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100300 GCACTGCCGAGGGGCTGGCGCTGGCCGCCGCCAACGGCATCATCCCCCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGGCCCGCCTACGAGGTCTTCGGTTCAGTGTGCGCCGCCGACGGCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100350 AGGCCCGCCTACGAGGTCTTCGGTTCAGTGTGCGCCGCCGACGGCGGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACCTGGAGCGGGAGCGCCCGCGGGGACCGGAGGCGGAGCAGCTGGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 ACCTGGAGCGGGAGCGCCCGCGGGGACCGGAGGCGGAGCAGCTGGCGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGGGCTCAG         AGGCCAAGTTGCAGAAGTTTGACCTGTTTCCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 GGGGCTCAGGTG...CAGAGGCCAAGTTGCAGAAGTTTGACCTGTTTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGACGCTGCTGCAGGCAGGCCGCCCGGGCAGCCCGCTGCCGCCGCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101734 AAGACGCTGCTGCAGGCAGGCCGCCCGGGCAGCCCGCTGCCGCCGCCGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GAAGCCCTTATCACCCGACGGCGCAGACTCGGGGCCCGGGACGTCGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101784 GAAGCCCTTATCACCCGACGGCGCAGACTCGGGGCCCGGGACGTCGTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CAGAGGTGCGGCCCGGCTCAGGCTCGGAGAACGGCGATGGCGAGTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101834 CAGAGGTGCGGCCCGGCTCAGGCTCGGAGAACGGCGATGGCGAGTCCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCTGGTTCGCCCCTAGCTCGGGCCTCCAAAGAGGCAGGTGGCAGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101884 TCTGGTTCGCCCCTAGCTCGGGCCTCCAAAGAGGCAGGTGGCAGCTGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGGCAGCGCTGGCCCTGGCGGCGGCGGCGAGGAGGACAGCCCGGGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101934 AGGCAGCGCTGGCCCTGGCGGCGGCGGCGAGGAGGACAGCCCGGGCTCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTAGCCCTCTGGGCTCTGAATCCGGTTCAGAGGCTGACAAAGAAGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101984 CTAGCCCTCTGGGCTCTGAATCCGGTTCAGAGGCTGACAAAGAAGAGGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAGGCCGCGCCGGCGCCAGGGCTGGGCGGAGGCTCGGGTCCACGGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102034 GAGGCCGCGCCGGCGCCAGGGCTGGGCGGAGGCTCGGGTCCACGGCAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GACGCCGCTGGATATCTTGACACGCGTGTTCCCAGGCCACCGGCGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102084 GACGCCGCTGGATATCTTGACACGCGTGTTCCCAGGCCACCGGCGAGGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCCTGGAGCTGGTGTTGCAGGGCTGCGGCGGCGACGTGGTGCAGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102134 TCCTGGAGCTGGTGTTGCAGGGCTGCGGCGGCGACGTGGTGCAGGCCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAGCAGGTGCTGAACCACCACCGTGGGGGCCTGGCGGCCGGCCTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102184 GAGCAGGTGCTGAACCACCACCGTGGGGGCCTGGCGGCCGGCCTGGGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TGCGGCGCCCCCAGATAAGGCCGCCGTGGGTGCTGCAGCAGCTGCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102234 TGCGGCGCCCCCAGATAAGGCCGCCGTGGGTGCTGCAGCAGCTGCAGACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACGCGTGGCCCAGCCGCGTCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 102284 ACGCGTGGCCCAGCCGCGTCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GGGGGGCCTGGGCTGCCTGCGCCGCTGCAGGCGGGGCCCGCCGCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102334 GGGGGGCCTGGGCTGCCTGCGCCGCTGCAGGCGGGGCCCGCCGCACCTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GCACCACAGACCCTTGCTGGCCGGCGCCATGGCGCCTGGGGCGCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102384 GCACCACAGACCCTTGCTGGCCGGCGCCATGGCGCCTGGGGCGCTGGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CGCTGAGCAGCCGCTCGGCCTTCTCGCCGCTGCAGCCCAACGCCAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102434 CGCTGAGCAGCCGCTCGGCCTTCTCGCCGCTGCAGCCCAACGCCAGTCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TTCGGTGCCGACGCGGGCGCCTACCCGCTGGGCGCGCCGCTCGGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102484 TTCGGTGCCGACGCGGGCGCCTACCCGCTGGGCGCGCCGCTCGGCCTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CCCCCTGCGCCTGGCCTACTCCGCGGCGGCGGCGCACAGCCGCGGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102534 CCCCCTGCGCCTGGCCTACTCCGCGGCGGCGGCGCACAGCCGCGGTCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CCTTCATGGCGCCCTACTCCACTGCCGGCTTGGTGCCCACGCTCGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102584 CCTTCATGGCGCCCTACTCCACTGCCGGCTTGGTGCCCACGCTCGGCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 CGCCCACCCATGGACTACGCCTTTAGCGATCTCATGCGTGACCGCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102634 CGCCCACCCATGGACTACGCCTTTAGCGATCTCATGCGTGACCGCTCGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CGCCGCTGCTGCGGCGGTGCACAAGGAGCCGACCTACGGCGGCGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102684 CGCCGCTGCTGCGGCGGTGCACAAGGAGCCGACCTACGGCGGCGGCCTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1592 ACGGGCCTATGGTCAACGGCGCTCCGGAGAAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102734 ACGGGCCTATGGTCAACGGCGCTCCGGAGAAGCAG